Тромп прекрасно видел требования сегодняшнего дня, однако он видел и более дальнюю перспективу. Он ратовал за создание постоянного сильного флота, готового немедленно отреагировать на любую угрозу. Но в этом адмирал успеха не имел.
Вскоре после того как в конце 1639 года военные действия завершились, Генеральные Штаты, советы отдельных провинций и их адмиралтейства немедленно забыли о флоте, отклонив предложения Тромпа. Лишь через 13 лет угроза войны с Англией заставила власти признать справедливость его аргументов в пользу содержания постоянного сильного военного флота. Тем не менее, Генеральные Штаты щедро наградили Тромпа, он получил значительную сумму и еще одну золотую цепь. Французский король Людовик XIII произвел его в рыцари. Бывший мальчик на побегушках попал в высшие слои общества. Однако на борту корабля он оставался тем же смелым, непритязательным моряком, каким был всегда.
Дважды вдовец Тромп имел 6 детей, о которых должен был заботиться. Теперь он женился в третий раз. 1 февраля 1640 года великолепный Маартен Харпертсзон женился на Корнелии Тединг ван Беркхаут из зажиточной, знатной и старой семьи из провинции Голландия. К несчастью, его успех принес ему столько же злобных недоброжелателей, сколько и искренних почитателей. Появились анонимные памфлеты, в которых он и его семья поливались грязью. Ставилась под сомнение даже его отвага. Тромп ответил клеветникам гордым молчанием.
Через некоторое время Тромп снова вернулся к морской службе, занявшись блокадой дюнкеркских пиратов, которые все еще оставались угрозой голландской морской торговле, хотя уже лишились поддержки испанского флота. Он и Витте де Витт постоянно убеждали адмиралтейства поддержать флот, но напрасно. По Вестфальскому миру 1648 года Испания формально признала независимость Семи Соединенных Провинций, которые образовали государство, однако их адмиралтейства дружно игнорировали проблемы флота. Советы провинций не смогли увидеть тех выгод, которые давало удачное географическое положение в центре Европы и ведущие позиции в мировой торговле, которые основывались на владении морем. После поражения Испании начали расти новые империи — на другом берегу Ла-Манша и на другом берегу Шельды, которые вскоре пожелали бросить вызов маленькой, но могущественной республике. Не видеть этого мог только слепой. В октябре 1651 года Англия провозгласила Первый Навигационный Акт, который наносил удар по голландской морской торговле и стал причиной трех тяжелых кровопролитных конфликтов, получивших название Англо-голландских войн. Дальновидный Тромп 15 марта 1652 года представил своим начальникам чрезвычайно важный меморандум «Соображения о настоящей ситуации на море». В нем он развивал дальше свои тактические идеи, основанные на принципе нанесения удара раньше, чем противник сможет действовать.
Первая Англо-голландская война (1652 — 54 годы) неофициально началась 29 мая, когда 40 военных кораблей под командованием Тромпа встретили возле Дувра 25 английских кораблей морского генерала Роберта Блейка. Тромп отказался спустить флаг перед английской эскадрой, как то предписывал Навигационный Акт, и Блейк дал два предупредительных выстрела под нос его корабля. На третий выстрел Тромп ответил залпом из всех орудий, и начался бой. Несмотря на численное преимущество, Тромп действовал довольно вяло. Его главной заботой была безопасность торгового конвоя, и он отошел, потеряв 2 корабля. В июле последовал обмен нотами с объявлением войны.
Для республики конфликт вращался вокруг защиты рыболовного флота и жизненно важной морской торговли с Балтикой, Средиземноморьем и Дальним Востоком. Сначала флот попытался защитить все это жалкими остатками боевых сил, спешно укрепленных коллекцией зафрахтованных кораблей. Позднее он был усилен несколькими прекрасными новыми кораблями, построенными согласно программе, представленной Тромпом в марте 1652 года. В конце концов, голландцы потерпели неудачу в Северном море и подписали мир. Республика согласилась соблюдать ограничения, наложенные Навигационным Актом. Ее неудачи были частично компенсированы победами на Дальнем Востоке и в Средиземном море. Однако Тромп не увидел окончания борьбы.
Через несколько недель после боя у Дувра Тромп вошел в Ла-Манш, чтобы прикрыть возвращающийся в Голландию конвой. Возле Даунса он встретил и атаковал маленькую английскую эскадру сэра Джона Эскью, однако ему помешал внезапный штиль. После этого Тромп отправился на Балтику, чтобы прикрыть переход тамошних конвоев. Английский флот Роберта Блейка несколько дней крейсировал в Северном море, охотясь за голландскими рыболовными судами на сельдяных промыслах. Однако флоты противников не встретились, и Тромп вернулся домой, где попал под огонь критиков за то, что не обеспечил безопасность рыбаков.
В игру вступили политики. 16 ноября 1650 года в возрасте всего 24 лет скончался штатгальтер Вильгельм II. Через неделю его вдова родила сына. Вместо того чтобы присягнуть ребенку, признавая права Оранской династии, голландская торговая олигархия, завидовавшая правителю, поспешила использовать благоприятную возможность для передачи власти регентскому совету. Репутация Тромпа как лояльного оранжиста в это время работала против него в глазах политиков, контролировавших Генеральные Штаты, и обладавшего большим влиянием городского правительства Амстердама.
Позорный результат не заставил себя ждать. В августе 1652 года Генеральные Штаты попросили Тромпа сдать командование, сохранив ему звание и все титулы. Оскорбленный до глубины души адмирал все-таки продолжал помогать правительству в качестве военного советника. Его способности были слишком велики, чтобы долго оставаться невостребованными, и в октябре его восстановили в звании командующего.
Тромп снова вышел в море, чтобы прикрыть в Ла-Манше приходящий и уходящий конвои. 10 декабря он нанес поражение более слабому флоту Блейка в бою у Дандженесса. Легенда говорит, что после боя Тромп повесил метлу на мачте своего флагмана, показывая, что он вымел врагов из Ла-Манша. Однако не сохранилось свидетельств современников об этом эпизоде, который вообще не соответствует характеру адмирала.
Англичане вскоре собрали значительные силы, и в феврале Блейк атаковал Тромпа, когда тот сопровождал в Ла-Манше конвой, возвращающийся в Голландию. Силы противников были почти равны, каждый имел около 70 кораблей, но английские корабли были мощнее. В ходе Трехдневного боя (также называемого боем у Портленда, 28 февраля — 2 марта 1653 года) противник, в конце концов, сумел прорваться сквозь прикрытие и уничтожить около 30 торговых судов. Тромп потерял еще и 11 военных кораблей, однако сумел спасти большую часть конвоя.
Повреждения, полученные обоими флотами, привели к паузе в морской войне. Однако в конце мая Тромп вышел в море, чтобы прикрыть конвой из 200 торговых судов, возвращающийся домой из Балтики. После этого он совершил рейд в Ла-Манш, где 12–13 июня потерпел поражение от более многочисленного английского флота под командованием морского генерала Джорджа Монка в бою у банки Габбард. Англичане использовали свою победу, начав блокаду голландского побережья.
Сначала Генеральные Штаты хотели просить мира, но тяжелые условия, предъявленные англичанами, заставили голландцев попытаться еще раз захватить господство на море. Для этого были снаряжены 2 эскадры: одна под командованием Тромпа во Флисингене, вторая под командованием де Витта в Текселе. Выйдя в море в начале августа, голландцы сумели, искусно маневрируя, объединить свои силы на виду у Монка, которому дали бой 10 августа. Каждый флот насчитывал более 100 военных кораблей. Англичане превосходили своего противника по численности и, что более важно, по силе кораблей. Это и решило исход боя у Шевенингена. Тромп был отброшен назад в порт, потеряв 15 кораблей. Обе стороны понесли тяжелые потери. Однако усилия голландцев были не напрасны. Потрепанный флот Монка вернулся домой для ремонта, что позволило ожить голландской морской торговле, и английское правительство смягчило условия мирного договора.
