Местная уральская власть в лице Совдепа напряженно следила за узниками, понимая, что ситуация в любую минуту может выйти из-под контроля. В отряде Кобылинского, созданного Временным правительством, появилась группа солдат-большевиков. 1 апреля на Президиуме ВЦИК заслушали сообщение большевика Лупина, делегата тобольского отряда особого назначения, об охране бывшего Царя и постановили: «1. Просить отряд продолжать нести охрану впредь до присылки подкрепления. 2. В случае возможности немедленно перевести всех арестованных в Москву». Через неделю Президиум ВЦИК вернулся к этому вопросу: «В дополнение к ранее принятому постановлению поручить т. Свердлову снестись по прямому проводу с Екатеринбургом и Омском о назначении подкрепления отряду, охраняющему Николая Романова, и о переводе всех арестованных на Урал…» На Украине и в Сибири в это время распространялись слухи о готовящемся монархистами освобождении Царя.
22 апреля из Москвы в Тобольск прибыл с чрезвычайными полномочиями комиссар Яковлев В. В. Его мандат был подписан Лениным и Свердловым, а кроме того, он вез письмо Свердлова от 9 апреля 1918 г. в Уральский Совдеп: «Дорогие товарищи! Сегодня по прямому проводу предупреждал вас о поездке к вам ходателя (?!) т. Яковлева. Мы поручили ему перевезти Николая на Урал. Наше мнение: пока поселите его в Екатеринбурге. Решите сами, устроить ли его в тюрьме или же приспособить какой-либо особняк. Без нашего прямого указания из Екатеринбурга никуда не увозите. Задача Яковлева — доставить Николая в Екатеринбург живым и сдать или Председателю Белобородову, или Голощекину. Яковлеву даны самые точные и подробные инструкции. Все, что необходимо, сделайте. Сговоритесь о деталях с Яковлевым. С тов. прив. Я. Свердлов». Почему ВЦИК переменил адрес перевозки царской семьи с Москвы на Екатеринбург, неизвестно. Возможно, потому, что процесс над Царем был не готов, а Уральская власть рвалась расправиться с Царем самостоятельно. Ей Свердлов мог довериться вполне, т. к. это были его люди по революционным делам. В воспоминаниях Белобородова, датированных 1923 г., имеется: «…мы считали, что, пожалуй, нет даже надобности доставлять Николая в Екатеринбург, что, если предоставятся благоприятные условия… он должен быть расстрелян».
По версии следователя Н. А. Соколова, ген. Гурко и других современников драмы, Яковлев был связан с немцами и должен был вывезти семью на Запад по германской инициативе. Однако в действительности немцы не проявили интереса к судьбе побежденного противника. Малочисленные монархические группки установили связь с Царем в Тобольске через Татищева и Долгорукова, в основном, с целью получения и передачи информации. С другой стороны, их представители гр. Нейгардт и бар. Будберг обратились к послу Германии гр. Мирбаху. Они передали ему 7 мая личное письмо бывшего обер-гофмаршала гр. Бенкендорфа с изложением опасной для жизни царской семьи ситуации. Письмо не имело просительного тона, т. к. обращались все же к воюющей стороне, и в то же время оно не носило политического характера, дабы не связывать Николая II какими-либо обязательствами. Бенкендорф исходил из того, что немцы могут предпринять реальные действия по долгу чести, а иначе они окажутся в роли попустителей преступления. Посол Мирбах высокомерно процитировал Бисмарка: «Побежденным следует оставить лишь глаза, чтобы они могли оплакать свое несчастье. Вам, господа, мы этого не говорим… речь идет о родственной семье. Германия от нее не отстранится». Затем он прочитал ответ Берлина на свой запрос: «Его Величество желает, чтобы продолжались усилия, направленные на освобождение семьи и вывоз ее в рейх. При любых обстоятельствах немецкая принцесса и ее дети, в том числе наследник, как неотделимый от матери, не могут быть оставлены на произвол судьбы. Фон Кюльман».
На демарш Мирбаха Чичерин ответил молчанием. Еще долго его дипломаты Иоффе, Радек будут морочить голову немцам и врать, что царская семья жива. Обращение монархистов к бывшим союзникам Англии и Франции также дало нулевой результат. Практически это означало, что Николай II обречен на смерть. Брошенный и преданный аристократами, непонятый народом, который под влиянием пропаганды все более ненавидел Царя, находясь во власти своих заклятых врагов, Царь двигался к своей Голгофе.
Прибывшие из Омска, а затем из Екатеринбурга отряды красноармейцев представляли угрозу жизни Государя. В этих условиях Яковлев повел себя в отношении солдат отряда Кобылинского как искусный дипломат, пообещав им деньги и расхвалив их. После этого он сообщил узкому кругу — отрядному комитету, что увозит царскую семью. Яковлев серьезно опасался, что солдаты не выдадут ему Царя. В конце концов была сформирована группа сопровождения, куда вошли и обольшевичившиеся солдаты, и умеренные люди Кобылинского. С Государем Яковлев был почтителен, имел с ним разговоры с глазу на глаз, понравился Николаю II, в связи с чем Царь назвал его даже «недурным, прямым человеком». Несмотря на наличие высокого мандата, можно предположить, что Яковлев не был посвящен во все детали близкой перспективы.
26 апреля Яковлев увозит из Тобольска в Тюмень на сибирских «кошевах» — плетеных корзинах с полозьями — Царя с Александрой Федоровной и В. Кн. Марией Николаевной. В эти дни у Цесаревича отнялись ноги, и он с сестрами остался в Тобольске. В Тюмени пленники пересели на поезд и двинулись на запад. Не доезжая до Екатеринбурга, Яковлев узнал, что состав будет арестован. Он меняет маршрут, возвращается в Тюмень и едет на восток, к Омску. Что означали эти маневры Яковлева — неизвестно. На ближайшей к Омску станции Куломзино поезд задерживают красные и сообщают Яковлеву, что за попытку увезти Царя за границу Екатеринбург объявил его вне закона. Яковлеву удается связаться по телефону с Москвой, и он получает приказ ехать в Екатеринбург. В Екатеринбурге 30 апреля царскую семью препровождают в дом Ипатьева. Яковлев после переговоров с Совдепом выезжает в Москву. Следователь Соколов считает, что Яковлев втайне был враждебен большевикам. 23 мая в Екатеринбург привезли трех Великих Княжон — Ольгу, Татьяну, Анастасию и Наследника Алексея.
Из Москвы пришло предписание: «Предлагаю содержать Николая самым строгим порядком… прислать смету всех расходов, считая караулы. Сообщить подробности нового содержания. Председатель ВЦИК Свердлов». Белобородов ответил: «Секретно, Председателю ВЦИК Свердлову. Ответ на Вашу записку. Романовы содержатся под строгим арестом, свидания не разрешаются. Челядь и Боткин на одном положении с арестованными. Князь Василий Долгоруков, епископ Гермоген нами арестованы; никаких заявлений, жалоб ихних ходатаев не удовлетворяйте… С Яковлевым произошли довольно крупные объяснения, в результате расстались холодно. Мы резолюцией его реабилитировали от обвинений в контрреволюционности, признав наличие излишней нервности… Смету пришлем. Белобородов».
Арест был строгим, содержание фактически тюремным. Охранники подобрались рьяные. Отношение их к членам семьи было хамским, часто издевательским. Грубые, распоясанные, с папиросками в зубах, с наглыми ухватками и манерами, они вызывали ужас и отвращение. Прогулки по двору сократили с 20 минут до 5 один раз в день. Когда Княжны шли в уборную, красноармейцы, якобы для караула, шли за ними. По ночам горланили песни. Семья подвергалась моральному террору. Поскольку охрана в значительной части состояла из обольшевичившихся уголовников, то сразу же началось воровство. Крали все. Сначала золото, серебро, потом белье и обувь. Первым комендантом Ипатьевского дома был Авдеев А. Д., митинговый крикун, бестолковый и невежественный, пьяница и вор. Его сменил еврей Юровский Я. Х., вкрадчивый, скрытный, жестокий и настойчивый человек. Отец Юровского был уголовным преступником, осужденным в Сибирь за кражу. Сам Юровский представлял собой тип революционного фанатика с полутораклассным образованием. Он сразу же начал подготовку к убийству.
Во внутреннюю охрану были введены «латыши» из интернациональной бригады Первого Камышловского полка. «Латышами» называли всех солдат, навербованных большевиками из австро-венгерских пленных. Юровский начал проводить с ними политзанятия, где внушал им ненависть к Царю, взял на учет все драгоценности Августейшей семьи, стал подыскивать с Ермаковым П. З. место будущего захоронения и подбирать команду убийц. Заместителем Юровского был Никулин Г. П. Среди будущих убийц Царя Ермаков П. З. являлся своего рода аналогом Федьки-каторжника из «Бесов» Достоевского. Он любил и умел убивать людей. Ему поручат уничтожение трупов. Все эти люди — низший слой участников расстрела Царской семьи.
