Муссолини нашел общий язык с Рудольфом Раном, немецким послом в Итальянской Социалистической Республике, и регулярно виделся с ним в Гарньяно. Но был ряд вопросов, вызывавших серьезные трения с немцами. Итальянские солдаты, оставшиеся верными королю и Бадольо после перемирия 8 сентября 1943 года и взятые немцами в плен на Балканах и Додеканезских островах, отсылались в Германию, где их использовали на принудительных работах. Немцы обращались с ними очень жестоко, так как считали, что итальянцы их предали. Муссолини несколько раз писал Гитлеру об этом и просил позаботиться, чтобы условия их жизни были улучшены. Его вмешательство почти никакого эффекта не имело. Иногда Гитлер просто не отвечал на его письма.

После смерти Муссолини и победы союзников несколько сотрудников его штата написали книги и дали интервью итальянским газетам о своей работе с дуче в Гарньяно. Они пытались изобразить Муссолини жалкой жертвой немцев, бессильно протестовавшей против того, как те ведут себя в Италии. У этих авторов есть повод представлять Муссолини как невольного пособника немцев. Оправдывая его поведение в глазах итальянцев после 1945 года, они пытались оправдать себя.

Многие жалобы Муссолини, высказываемые им в то время в узком кругу, являлись всего-навсего едкими замечаниями, которыми часто попрекают друг друга союзники. Не больше и не меньше, чем те, которые высказывали английские генералы об американцах и американские об англичанах в 1944 году.

Однако иногда разногласия были очень серьезными. Так, возникли конфликты, когда немцы арестовали шефа полиции Муссолини, а полиция Муссолини арестовала чиновника, которого поддерживали немцы. Правда, и эти споры быстро улаживались. По был один вопрос, вызывавший резкий протест Муссолини. Это действия немецких военных властей. Члены антифашистского движения в оккупированной Италии убивали немецких солдат при каждой возможности. Немцы отвечали на это, как в любой оккупированной ими стране: брали заложников и объявляли, что расстреляют 50 или 100 человек за каждого убитого немца. Заложников хватали среди местного населения. 50 местных жителей расстреливали за одного немецкого солдата, убитого Сопротивлением в этом районе. Муссолини был возмущен. Расстрел 50 итальянцев за одного немца означал, что Германия считает Италию враждебной нацией. Муссолини настаивал, что итальянцы — верные союзники немцев, а убивают немецких солдат предатели. Он считал, что немцы должны наказывать только партизан и их политических сторонников.

23 марта 1944 года партизаны забросали бомбами колонну немецких солдат подразделения СС, направлявшихся маршем по Виа-Розелла к центру Рима. Было убито 32 немца и много ранено. Всем партизанам удалось скрыться. В качестве особого снисхождения к итальянцам Гитлера уговорили согласиться на расстрел всего по десяти заложников за каждого убитого немецкого солдата, хотя к общему их числу, 320, было добавлено 15, когда еще один раненый немец позже умер в госпитале. На следующий день по приказу фельдмаршала Кессельринга и Кепплера 335 итальянских заложников были привезены в Ардеатинские пещеры, заброшенные подземные каменоломни близ Рима, и расстреляны. 77 из них были евреями. Среди них был Финци, еврей, бывший в 1922 году членом первого правительства Муссолини и живший в последнее время в Риме.

По словам Рашели, Муссолини был страшно возмущен расстрелом заложников в Ардеатинских пещерах и подчеркивал, что немцы обращаются с итальянцами, как с поляками. Он выразил протест Кессельрингу против немецкого метода отбора заложников для казней. Протесты его возымели действие. 21 августа 1944 года Кессельринг издал приказ, что возмездию должны подвергаться только партизаны и их сторонники, а не все местное итальянское население без разбора. Этот приказ не всегда соблюдался, и в нескольких случаях Муссолини высказывал претензии относительно зверств, совершаемых немецкими войсками над итальянскими гражданскими лицами.

Однако когда речь заходила о партизанах, Муссолини был так же безжалостен, как и немцы. Так, он с Грациани издал приказ, согласно которому взятые в плен коммунисты из гарибальдийских бригад и другие партизаны-антифашисты расстреливались на месте. Как обычно в партизанской войне, между властями и партизанами время от времени происходил обмен пленными. Узнав об этом, Муссолини запретил подобные переговоры и приказал захваченных партизан всегда расстреливать.

Несмотря на все разногласия с немцами, Муссолини не сомневался, что Итальянская Социалистическая Республика должна оставаться союзником Германии. Он неоднократно подчеркивал это в своих публичных вступлениях, а также в подписанных и неподписанных газетных статьях, которые регулярно писал для «Корреспонденца републикана», новой официальной газеты республики. Он был уверен, что если союзники выиграют войну, то Европой и миром будут править Соединенные Штаты и Советский Союз, а с Италией как независимой державой будет покончено. Единственным ее шансом на выживание является победа стран Оси в войне. Когда Черчилль и Рузвельт на встрече в Касабланке в январе 1943 года провозгласили, что война будет продолжаться до безоговорочной капитуляции стран Оси, Муссолини написал, что этот лозунг о полной сдаче означает грядущее рабство Италии под пятой англо-американского еврейского капитализма.

По мере того как коммунистические партизанские отряды набирали в Италии силу, Муссолини несколько сдвинул прицел своей пропаганды и сделал основной упор на борьбу не с коммунизмом, а с угрозой англо-американской плутократии и еврейского капитализма. Верили или нет коммунисты-партизаны, рисковавшие жизнью, поддерживая правительство Бадольо и помогая англо-американским армиям, в то, что, выиграв войну, англо-американцы позволят установить в Италии коммунистический режим?

В марте 1944 года по Северной Италии прошла волна забастовок. 3 марта бастовало 207 тысяч рабочих, из них 119 тысяч в Милане. За несколько дней число бастующих увеличилось до 350 тысяч. Гитлер приказал генералу СС Вольфу арестовать каждого пятого забастовщика и отправить на принудительные работы в Германию. Вольф объяснил Гитлеру, что арестовать 70 тысяч забастовщиков легче приказать, чем исполнить. Муссолини попросил Гитлера дать ему шанс уговорить их вернуться к работе. Он обратился к бастующим рабочим с призывом, переданным по радио и опубликованным в газетах. Его распространили в Милане и других городах. Он говорил, что забастовки организует видный агент ныне распущенного Третьего Интернационала Эрколе Эрколи (псевдоним Пальмиро Тольятти), который родился в Турине, но долгие годы прожил в Москве и который в январе 1944 года проскользнул через границу из Швейцарии и теперь организует стачки, совпадающие по времени с наступлением англо-американцев, чтобы им легче было захватить Рим. Муссолини уверен: рабочие Турина и Милана не сознают, что стали невольными пособниками врага, который бомбит итальянские города и убивает тысячи мирных граждан, планируя подчинить Италию англо-американской плутократии. Он взывал к их патриотизму и их разуму. Стачки прекратились. Забастовщики в течение недели вернулись к работе. Муссолини утешался тем фактом, что в Британии тоже шли забастовки. Он, как всегда, был прекрасно осведомлен о событиях за рубежом. Он насмешливо писал в «Корреспонденца републикана» о забастовках кентских шахтеров, которые в либеральной Англии считались противозаконными, и об антивоенной деятельности в Британии агентов троцкистского Четвертого Интернационала.

Британские и американские военно-воздушные силы увеличили число и мощь авианалетов на итальянские города. Муссолини, аплодировавший итальянским воздушным рейдам в небе Эфиопии и Испании, теперь возмущенно клеймил убийц итальянских женщин и детей. Он писал, что непрекращающиеся бомбежки вызывают такие тяжелые потери среди гражданского населения, что их можно назвать ежедневным холокостом. Справедливости ради следует отметить, что слово «холокост» (массовое убийство) тогда еще не применялось к истреблению евреев нацистами в газовых камерах. Но Муссолини мог бы заметить, что гибель итальянского мирного населения во время воздушных налетов союзников — не единственный холокост, происходивший в Европе в 1944 году.