Констанций завершил военную реформу, начатую Диоклецианом и Константином. Назначая Галла цезарем Востока, он одновременно создал там самостоятельные магистратуры пехоты и конницы, подчинив их ему. После казни Галла и восстановления власти августа в восточной части Империи они сохранились. Позже такие же магистратуры были созданы в Галлии при отправке туда Юлиана. И наконец, в 359 г., уходя на Восток для войны с персами, Констанций назначил магистров пехоты и конницы в Иллирике, которому по-прежнему угрожали варвары. Таким образом, при Констанции были сформированы региональные командования. Теперь новая структура римской армии была создана окончательно.
И все же в центре внутренней политики Констанция стояли религиозные проблемы. Он, естественно, отменил все прежние распоряжения Магненция. Были запрещены не только ночные, но теперь и дневные языческие собрания. Официально было предписано закрыть все языческие храмы. Правда, на деле многие из них еще сохранились, особенно в Риме. Запрещались публичные жертвоприношения. Особенно преследовались всякого рода гадания и предсказания будущего. Император видел в этом непосредственную угрозу своему положению и самой своей жизни, поэтому все, совершавшие такого рода действия, должны были подвергаться смертной казни. Более того, наказывались и местные власти, если они не покарали уличенных в этих преступлениях. И все же главные удары Констанций наносил по своим идейным противникам внутри христианства. Являясь самодержавным правителем Империи, он полагал, что и Церковь должна ему подчиняться. Император сам себя объявлял епископом епископов и считал, что все то, что он хочет, и должно быть правилами Церкви. Стремясь пополнить казну, Констанций отменил введенное его отцом освобождение клириков от уплаты земельного налога.
Констанций был арианином, и все, кто не соглашался с арианством в его понимании, становились не только религиозными, но и политическими врагами. Он использовал всю мощь государства, чтобы разгромить никейское (православно-католическое) вероисповедание. Главным противником императора стал никеец Афанасий. Уступив в свое время брату и вернув его на епископскую кафедру в Александрии, Констанций снова выступил против него. Предлогом стало посещение Афанасия посольством Магненция. И хотя тот узурпатора не поддержал, Констанций использовал сам факт посещения его посланниками Магненция, чтобы обвинить его в измене. Еще в 352 г. собранный по требованию Констанция синод в Антиохии официально сместил Афанасия и назначил на его место каппадокийца Георгия. Но Афанасий пользовался большой популярностью в Александрии, и реализовать решение антиохийского синода не удалось. В 353 г. Констанций потребовал приезда Афанасия к себе в Медиолан, но тот решительно отказался. С этого времени отношение к Афанасию стало тестом на лояльность самому императору. Галльские епископы, сравнительно недавно, вероятнее всего, признавшие Магненция, теперь выражали всяческую преданность Констанцию и присоединились вольно или невольно к осуждению Афанасия. Папа Либерий отказался подписать осуждение опального александрийского епископа и был за это арестован и выслан из Рима. На римской кафедре его заменил диакон Феликс. Римские христиане были недовольны этим, и Констанций, как об этом упоминалось, вернул Либерия. И тот, сломленный тяжелыми условиями ссылки, согласился осудить Афанасия. После этого он в 358 г. вернулся в Рим. Приблизительно в это же время с помощью вооруженного отряда Афанасий, наконец, был снова изгнан из Александрии. Констанций мог торжествовать.
Афанасия Констанций явно считал своим личным врагом. Что же касается Церкви вообще и ее внутренних проблем, то во многом ему пришлось действовать скорее как политику. Как и Константин, он считал, что Церковь, находившаяся под его покровительством (к тому же он видел себя главой), должна быть единой. Видя невозможность полной победы арианства, он был вынужден искать компромисса. Собрав два собора: один — в Аримине, где присутствовали западные епископы, другой — в Селевкии, с участием восточных епископов, — Констанций навязал им новый символ веры, который, по его (вероятно, скорее его религиозных советников) мнению, должен был примирить обе «партии». В нем утверждалось: Сын подобен Отцу во всех отношениях, что было явным отступлением и от никейской, и от арианской доктрины. И хотя подавляющее большинство епископов под давлением императора было вынуждено принять его, на деле им были недовольны обе «партии». На Западе его решительным противником выступил епископ Пиктавиев в Галлии Хиларий, за что и был сослан в Малую Азию.
К концу 50-х гг. IV в. ситуация в Римской империи казалась совершенно стабильной и положение самого Констанция крепким, как никогда. Победы на Рейне и Дунае обезопасили имперские границы, узурпаторы были сломлены. Хотя добиться полной победы арианства император не смог, в восточной части Империи оно явно преобладало, а его противники в западной части предпочитали молчать. Даже кордубский епископ Оссий, в это время уже почти 100-летний старик, а ранее являвшийся душой Никейского собора и к тому же личный друг Афанасия, был вынужден присоединиться к его осуждению и признать компромиссный символ веры. Правда, некоторые решительные противники арианства, такие как епископ Каралиса Люцифер или медиоланский епископ Дионисий, еще пытались подать голос, но они оказались в явном меньшинстве. Однако именно в этот период резко осложнилось положение на Востоке.
К тому времени персидский царь Шапур II успешно справился с делами на востоке своей державы и снова обратился к западным проблемам. В 358 г. он направил посольство к Констанцию, требуя возвращения всей Месопотамии и Армении под власть персов. Еще будучи цезарем, Констанций одержал ряд побед на восточном фронте и, в частности, утвердил на армянском троне Аршака. Несколько позже он выдал за него Олимпиаду, дочь некогда всесильного Аблабия. Она была помолвлена с Константом, но после убийства Аблабия он разорвал помолвку, и теперь Олимпиада стала царицей Армении, играя в известной степени роль гаранта верности Аршака. Естественно, Констанций отказался выполнить требование персидского царя. Посольство, направленное им к Шапуру, предлагало заключить мир, который официально заключен так и не был, на условиях сохранения существовавшего положения. Это, разумеется, вызвало возражение персидского царя. Война стала неизбежной.
В 359 г. персидская армия вторглась в Армению. Войска Шапура взяли штурмом римскую крепость Амиду и разрушили ее. Попытка старого и опытного полководца Урсицина прийти на помощь крепости не удалась, и он был смещен со своего поста. Затем война продолжилась в Месопотамии, Теперь уже Констанций решил лично возглавить армию. Собрав значительные силы, он двинулся на Восток. Его главной базой стала Антиохия. Одновременно, чтобы еще более усилить свое войско, он потребовал от Юлиана прислать ему часть его армии, а с оставшейся частью своих войск тот должен был по-прежнему находиться в Галлии, дабы не допустить использования в своих интересах войны на Востоке зарейнскими германцами. На Рейне все было спокойно, и никакой необходимости держать в Галлии столь значительные силы Юлиана не было. Приказ Констанция вызвал резкое недовольство и солдат, не желавших покидать Галлию и идти на Восток воевать с персами, и Юлиана, хорошо знавшего нрав своего двоюродного брата и опасавшегося, что, лишившись значительной части своей армии, он может повторить судьбу Галла. Его опасения казались тем более обоснованными, что среди войск, которые надо было перебросить на Восток, были части палатинских схол, т. е. личной гвардии цезаря. Чтобы продемонстрировать необходимость сосредоточения на Западе значительных сил, Юлиан совершил несколько походов против германцев и направил часть войск под командованием магистра конницы Люпициана в Британию, чтобы отбить очередное нападение скоттов и пиктов на имперскую территорию. Однако Констанций был непреклонен, и это привело к развязке.
Солдаты, собранные в Цивитас Паризиорум, недовольные приказом покинуть Галлию, подняли мятеж. Они отказались повиноваться Констанцию и в феврале 361 г. провозгласили Юлиана августом. Следуя принятому «хорошему тону», тот сначала отверг этот титул, а затем якобы под давлением солдат, опасаясь за свою жизнь, согласился. Констанций, естественно, не признал переворота. Некоторое время обе стороны обменивались послами и письмами, надеясь не допустить новой гражданской войны. Юлиан предлагал признать его августом Запада, дать ему право назначать собственных высших чиновников, кроме префекта претория (его назначение он оставлял за дядей), но Констанций решительно отказался. Юлиан сумел привлечь на свою сторону галльских епископов. Хиларий, вернувшийся в Галлию из ссылки, публично объявил Констанция антихристом. Однако и Констанций, и Юлиан поначалу были заняты военными операциями и не могли немедленно развязать гражданскую войну. Констанций сумел, как и в борьбе с Магненцием, направить против Юлиана аламанов во главе с их королем Вадомаром (или Вадомарием), но тот разбил их. В это же время Констанций во главе своей армии воевал С персами. Первое большое сражение закончилось для него неудачей. Но и персы понесли такие потери, что Шапур был вынужден отказаться от активных действий. Воспользовавшись наступившим затишьем, Констанций стал готовиться к подавлению выступления Юлиана. После пребывания в Антиохии он в начале августа 361 г. двинулся на Запад. Юлиан, заранее мастерски спланировавший кампанию, выступил ему навстречу, и его армия вскоре была уже на Балканском полуострове. Казалось, война неминуема. Однако во время похода 3 ноября 361 г. Констанций умер в Киликии.
