На 1852–1859 гг. приходится заключительный этап национально-освободительной войны горцев. Сосредоточив на Кавказе после окончания Крымской войны огромную армию (более 200 тыс. чел.) во главе с князем А. И. Барятинским, царские власти начинают широкомасштабное и планомерное наступление на непокорные горные районы Дагестана и Чечни. После ожесточенных боев война завершилась в Гунибе. 25 августа 1859 г. царские войска окружили Гуниб, где укрепился Шамиль и 400 человек его сподвижников. Защитников крепости оставалось все меньше и меньше с каждым штурмом крепости. Не видя выхода из создавшегося трагического положения, Шамиль был вынужден сложить оружие.

Впоследствии, под неусыпным контролем местных властей, Шамиль был отправлен в Россию. Лишь в 1870 г. он получил возможность посетить Мекку. Скончался великий имам Шамиль 3 февраля 1871 г. и был похоронен в Медине.

Так завершилась Кавказская война, продемонстрировавшая всему миру примеры необычайного мужества и героизма горцев и главным образом аварцев. После окончания войны установить свою власть в Дагестане царское правительство сумело лишь в 1864 г. Окончательное присоединение Дагестана к России имело впоследствии и свои позитивные стороны, поскольку горские народы вели упорную борьбу не столько против присоединения к России, сколько против военно-колониальной политики царизма, проводившейся жестокими методами. Несмотря на преобладание колониальных, великодержавных, шовинистических элементов в российской политике на Кавказе, местные народы получили возможность экономически, политически и культурно развиваться в составе великого государства. В новых условиях горцы получили возможность покончить с феодальными междоусобицами, защиту от внешних вторжений в лице Российской империи, которая опережала по социально-экономическому и политическому развитию султанскую Турцию и шахский Ирак, пребывавшие в состоянии экономическою и политического кризиса.

Кавказская война заставила царскую администрацию тщательно изучать общественную организацию горцев дошамилевского периода и структуру имамата. Российская система управления, основанная на крепостном праве, была чужда традиционному образу жизни независимых горцев. Было решено «всеми средствами содействовать восстановлению адатов и сельского управления». Наместник Кавказа А. И. Барятинский отмечал, что «адат, не имея начала духовного, беспрепятственно покорится изменениям, тогда как изменения в шариате по самому его смыслу составляют уже вопрос совести и верованья мусульманина». Весь имевшийся опыт российской военной администрации на Кавказе применительно к Дагестану вылился в военно-народную систему управления, которая с незначительными изменениями существовала до 1877 г.

В Дагестане в целом и в Аварии в частности действовало специальное Положение об управлении Дагестанской областью и Закатальским округом от 5 апреля 1860 г. По новому положению страна получила статус отдельной области Кавказского края Российской империи, которая делилась на 4 военных отдела и 2 гражданских управления: Северный, Южный, Средний и Верхний Дагестан.

Управление Дагестанской области делилось на военное с местным населением и управление ханское и гражданское. Вся полнота административной власти принадлежала начальнику Дагестанской области, которому было «специально вменено держать народ в повиновении и пользоваться при этом в необходимом случае военными силами». Окружное управление составляли начальники округа, его помощник, военное управление, окружной суд (из депутатов от народа, кадия и делопроизводителя), врач или фельдшер. Округа делились на наибства. Наибами, как правило, назначались представители дагестанских национальностей из числа горцев-офицеров. Любое неподчинение властям каралось силой оружия, преданием военному суду, высылкой в административном порядке. Начальники отделов и округов должны были осуществлять строгий надзор «за расположением умов населения, за деятельностью судов, раскладкой повинностей и т. д. Сельское управление было основано на необходимости приспособления его к потребностям местной администрации. Сохранялись сельский сход (джамаат), сельский старшина, сельский кадий и суд».

Царская администрация довольно широко практиковал использование местных юридических и административных институтов, но вкладывала в них совершенно иное социальное содержание. Оказав сильное давление, царскому режиму удалось оформить отказ ханов от власти как «добровольный» шаг. В 1863 г., наряду с остальными, было ликвидировано Аварское ханство, а в 1867 г. и Мехтулинское ханство.

Феодалы, однако, не пострадали, поскольку получили крупные пенсии и единовременные пособия, крупные земельные участки и чины, сохранив при этом звания шамхалов, ханов. Ликвидации ханств способствовал рост крестьянского движения, вызванный злоупотреблениями и произволом местных феодалов.

К концу XIX в. в Дагестане было учреждено 9 округов: Аварский, Андийский, Гунибский, Даргинский, Казикумухский, Кюринский, Самурский, Темирханшуринский, а Хасавюртовский округ входил в состав Терской области (Дагестанский сборник. 1902).

Важным звеном военно-колониального управления был судебный институт. Судопроизводство осуществлялось по общероссийским законам. Горские «народные» суды, лишившись функций местного самоуправления, по существу превратились в придаток царской военной администрации в крае. В судах царили взяточничество, беззаконие и бюрократизм. Таким образом, военно-народное управление на местах представляло собой военно-бюрократический аппарат, основной целью которого было обеспечение политического и экономического господства над покоренными народами. Подобное управление обеспечивало сосредоточение всей полноты власти в руках военных начальников. Однако образование Дагестанской области и введение централизованного управления и судопроизводства, несмотря на их колониальный характер, способствовали устранению экономической и политической раздробленности страны и ее втягиванию в русло капиталистического развития России.

Отмена в 1861 г. крепостного права в России и буржуазные реформы 70-х годов затронули и местные народы. Несмотря на ограниченный характер реформы, она способствовала экономическому и социальному развитию дагестанских народов. Вместо воинской службы горцы облагались денежным налогом. Из местного населения была создана постоянная милиция и Дагестанский конно-регулярный полк, часто использовавшийся царской администрацией в борьбе с восставшими горцами.

После окончания Кавказской войны царские власти обещали народам Дагестана освобождение от налогов на 3 года, от поставки рекрутов, управление на основе шариата и адата, возможность заниматься торговлей и ремеслами на общих основаниях и т. д. Однако при первой же возможности на местах вводилась система податей, которая, по словам Великого князя Михаила Николаевича, «служит самым наглядным выражением окончательного подчинения побежденного победителю».

Население облагалось податями и повинностями постепенно, по мере расширения сферы влияния царского правительства. Горцы платили ежегодную подушную подать, поземельный и военный налоги, выполняли милицейскую, подводную, дорожную, квартирную повинности. В своем отчете за 1857–1859 гг. наместник Кавказа А. И. Барятинский вынужден был признать, что «натуральные повинности лежали до сих пор тяжелым бременем на всех податных сословиях края». Все эти налоги истощали хозяйства горцев.

Положение усугублялось еще и тем, что колониальные власти объявили собственностью казны значительное количество пастбищной и пахотной земли, леса и недра. К тому же много земли отводилось под строительство крепостей, раздавалось офицерам, чиновникам, феодалам, а также переселенцам из внутренних областей России. Только за участие в восстании 1877 г. было конфисковано и передано в казну более 37 400 десятин удобной земли, в том числе летние пастбища 35 селений Андийского округа площадью примерно в 16 ООО десятин. Переселенцы из России получали лучшие земли, освобождались на определенный срок (до 5 лет) от налогов. Одной из причин восстания в Закатальском округе в 1863 г. было и насильственное обращение в христианство местных жителей.