Разгром восстаний 1689–1691 гг. убедил якобитов в том, что внутренних ресурсов Британских островов недостаточно для победы в политической борьбе. Поэтому Яков II и его приверженцы сменили тактику и решили шире использовать иностранную военную помощь. Ставка была сделана на реставрацию путем иностранной интервенции. Провал первой же операции, подготовленной в 1692 г. при помощи французского правительства, показал, что, с одной стороны, вследствие неуступчивости и отсутствия у Якова II политической гибкости, европейские монархи не были готовы оказать ему поддержку, достаточную для реставрации на британском престоле; с другой — низложенный Стюарт и его окружение в эмиграции во Франции не представляли реальной ситуации в Британии, сложившейся после «Славной революции». В этих условиях многие сторонники Якова II в Англии и Шотландии решили взять инициативу в свои руки и начать действовать на свой страх и риск, независимо от указаний из Сен-Жермена. Однако тактика заговоров, к которой перешли британские якобиты, могла иметь успех лишь в случае достаточной поддержки внутри страны или иностранной помощи. Хотя Якову II симпатизировали многие представители британского духовенства и дворянства, тем не менее, лишь немногие были готовы ввергнуть страну в гражданскую войну ради восстановления низложенного Стюарта на британском престоле. После провала десантной экспедиции 1692 г. единственный союзник Якова II на континенте — Людовик XIV — с большим скепсисом стал относиться к политическому потенциалу якобитского движения. Последними актами борьбы Якова II и его сторонников за реставрацию стали подготовка франко-якобитской интервенции в Англию на рубеже 1695–1696 гг., заговор с целью убийства Вильгельма III 1696 г. и протесты Сен-Жерменского двора против заключения Рисвикского договора 1697 г.

Касаясь вопроса о причинах политического поражения якобитов следует упомянуть и личностный фактор. Вильгельм Оранский как политик, и как полководец превосходил Якова II. Вильгельм Оранский принадлежал к новому поколению политических деятелей, которые вернее уловили дух времени.

Огромное значение для становления движения сторонников Якова II имела якобитская эмиграция. Политические эмигранты, не принявшие режим, установившийся на Британских островах после «Славной революции», расселились почти по всей Европе. Самые крупные общины якобитов сложились в католических странах, так как большинство британских эмигрантов были единоверцами низложенного короля. Отдельные колонии якобитских эмигрантов возникли в Новом Свете. В начальный период существования движения якобитская эмиграция была представлена главным образом ближайшими соратниками Якова II, которые покинули Британские острова во время или вскоре после «Славной революции», а также участниками реставрационных восстаний 1689–1691 гг. в Шотландии и Ирландии, спасавшимися от преследования властей. Многие сторонники Якова II, покинувшие родину, смогли добиться высокого положения в правительствах, вооруженных силах и коммерческих структурах европейских стран и активно использовали свое влияние в целях восстановления власти низложенного Стюарта над Британскими островами. Со своей стороны, эмигрировавшая королевская чета Стюартов и их двор в Сен-Жермене обеспечили британским и ирландским якобитам иностранную военную, дипломатическую и финансовую помощь. Главным центром якобитской эмиграции стала Франция, где до 1716 г. находились двор и правительство Якова II, а затем его наследника. Вторым по значимости центром был Рим, однако здесь положение якобитов осложнялось двойственной позицией Римской курии, где против интересов Якова II действовала влиятельная прогабсбургская партия.

Определенным числом сторонников низложенный Стюарт располагал в России, где их признанным лидером стал Патрик Гордон. «Шкоцкий» фаворит Петра Великого заложил при русском дворе основы влияния партии якобитов, которое длилось до середины XVIII в. Сторонники Якова II в России делали все, что было в пределах их возможностей, для защиты интересов своего патрона. В частности, «русским якобитам» и, в первую очередь, Патрику Гордону удалось на два года задержать признание Россией Вильгельма III Оранского законным монархом Британии. Некоторые косвенные данные позволяют утверждать, что влияние этой партии в среде тогдашней политической элиты России стало одной из причин, удерживавших Петра I от открытых шагов в пользу британского правительства Вильгельма III в первой половине 1690-х гг. Группа сторонников низложенного Стюарта, проживавшая в России, не была изолированной общиной: она поддерживала интенсивные контакты со своими единомышленниками как в самой Британии, так и в крупнейших центрах якобитской эмиграции.

После провала одного из самых масштабных якобитских заговоров в Англии в 1696 г., заключения Рисвикского мира в 1697 г. и, наконец, смерти Якова II в 1701 г. в деятельности якобитов наступило временное затишье. Свергнутый Стюарт был не только одним из лидеров движения, но, что столь же важно, его символом. Вильгельм Оранский пережил своего соперника всего на полгода и умер бездетным. Однако с их кончиной якобитизм не сошел с исторической сцены. Новый яркий этап в развитии движения был связан с преемником и наследником Якова II — принцем Джеймсом Фрэнсисом Эдуардом Стюартом, которого якобиты провозгласили британским монархом Яковом III.