В религиозной политике главной целью Якова II было улучшение положения католиков в Британии и Ирландии. Помимо личных убеждений в данном случае у короля также имелся политический расчет. Во время Английской революции середины XVII в. католики показали себя наиболее твердыми сторонниками монархии, и Яков II рассматривал их в качестве фракции британского общества, на которую он мог твердо положиться. Но в конце XVII в. католическая община была слишком малочисленна, чтобы послужить надежной опорой короне, поэтому с приходом к власти Яков II начал искать новых союзников. В первой половине своего правления он пытался создать союз католиков и «высоких тори», которых король рассматривал в качестве второй наиболее надежной опоры своей власти, поскольку торийская партия помогла ему преодолеть «исключительный кризис» 1679–1681 гг. и фактически привела к власти в 1685 г. Однако в 1687 г. Яков II вынужден был резко сменить курс. С одной стороны, он убедился в том, что англикане не пойдут на союз с католиками, и, более того, именно государственная церковь является главным препятствием на пути усиления позиций его единоверцев в Британии. С другой стороны, король, во многом под влиянием своих вигских советников, решил сделать ставку не на социальные слои, связанные с земельными интересами, а на новые коммерческие круги. Объявление королем политики всеобщей веротерпимости фактически означало объединение вокруг монарха всех противников государственной церкви — как католиков, так и протестантских нонконформистов.
В 1687–1688 гг. основной линией короля стала постепенная ликвидация привилегированного положения англиканской церкви во всех областях общественной жизни: духовной сфере, образовании, управлении, судопроизводстве. Огромное значение Яков II придавал созыву парламента, который должен был отменить карательные законы и «Тест-Акты». Британские политики опасались, что отмена этих законов позволит Якову II создать новую (альтернативную) элиту, опираясь на которую король постепенно оттеснит от власти всех, кто препятствовал его реформам. В условиях общественной истерии 1680-х гг. религиозная политика Якова II была негативно воспринята широкими слоями населения, что умело использовала оппозиция, интерпретировав ее как стремление короны добиться полного восстановления на Британских островах былых позиций католической церкви и, в конечном счете, уничтожения результатов Реформации. В умах современников Якова II тенденция к централизации власти и реставрация католицизма были лишь двумя сторонами одного процесса — создания католического абсолютистского государства, ярким примером которого для британцев того времени выступала французская монархия Людовика XIV.
Специфика внутриполитического курса Якова II заключалась и в том, что в отличие от ряда своих предшественников, он уделял больше внимания Ирландии и Шотландии, что явилось одним из факторов, способствовавших развитию якобитизма прежде всего на этих территориях.
Хотя Яков II придерживался в целом консервативного политического курса, следует, однако, отметить, что его главной целью был не возврат к прошлому, а приспособление монархии к новым политическим, социальным и экономическим реалиям. В этой связи во многих аспектах своей политической деятельности он выступал как новатор и реформатор, и выдвинул идеи, которые в значительной степени предвосхищали требования своего времени. Яков II одним из первых британских политиков осознал, что «Высокая англиканская церковь», стоящая на позициях «королевской Реформации» XVI в., будет неуклонно терять свое влияние в обществе. Своими мерами по эмансипации своих единоверцев Яков II почти на двести лет предвосхитил британских политиков, которые законодательно полностью прекратили притеснения католиков только в XIX в. Король внес значительный вклад в формирование профессиональной сухопутной армии, без которой Британия не могла поддерживать статус одной из ведущих держав Европы. Наконец, Яков II был практически единственным британским политиком XVII в., который выступил за смягчение политики в отношении Ирландии. Впоследствии британские правители неоднократно были вынуждены обращаться к реформам, намеченным еще Яковом II. Примечательно, что Вильгельм III во многих направлениях внутренней политики в Британии и Ирландии был вынужден продолжить отдельные начинания своего предшественника.
В период правления Якова II во всех трех британских королевствах в политику выдвинулся широкий круг новых лиц из дворян, сановников, юристов, профессиональных военных, опираясь на которых, король стремился проводить свою политику. Они образовали достаточно сплоченную группу, которая в ходе «Славной революции» была оттеснена от власти. Лица, выдвинувшиеся при Якове II, были столь тесно с ним связаны, что не могли рассчитывать на высокие посты при новой власти, а многие из них в силу своего невысокого социального статуса не имели иной опоры во властных кругах, кроме свергнутого короля. Для этих политиков единственным способом вернуться во власть была реставрация Якова II. Следует учитывать также и фактор личной преданности: многие представители высшего духовенства, военные и политики открыто отказались перейти на сторону Вильгельма Оранского, хотя им были сделаны выгодные предложения. Именно эти люди образовали ядро якобитского движения, которое начало складываться уже в ходе «Славной революции». В связи с этим можно утверждать, что якобитское движение берет свое начало не в восстаниях 1689–1691 гг., а ранее — уже с первых попыток ближайшего окружения Якова II противостоять Вильгельму Оранскому и его сторонникам в декабре 1688 — феврале 1689 г. Именно тогда впервые заявили о себе будущие лидеры якобитов.
Якобитизм возник как движение сторонников Якова II Стюарта, свергнутого во время «Славной революции». Его основой являлась верность низложенному монарху, а целью — добиться его реставрации на британском престоле. С 1689 по 1701 г. тактика движения претерпела значительную эволюцию. Изначально (в январе-апреле 1689 г.) якобиты пытались действовать легальными методами: они выступали в защиту прав Якова II на престол в представительных органах, созванных в Британии в период «Славной революции», ими была развернута пропагандистская кампания. Однако вследствие своей малочисленности, недостатка сплоченности и решительности, слабой внутренней организации и взаимных противоречий сторонники Якова II потерпели поражение в парламентской борьбе. Их патрон, находившийся в это время сначала во Франции, а затем в Ирландии, скептически относился к мирным средствам борьбы и не поддержал своих сторонников среди британских парламентариев. Потерпев поражение в парламентской борьбе, весной 1689 г. якобиты перешли к вооруженному сопротивлению. В Шотландии основу восстания составили кланы горцев. В целом, оно ограничилось Хайлендом и северо-восточными Равнинами страны, и, несмотря на ряд предпринятых попыток, якобитам так и не удалось пробиться к экономическим и политическим центрам Шотландии. В Ирландии борьба за реставрацию Якова II приняла характер полномасштабной войны: с обеих сторон участвовали регулярные войска, возглавляемые военачальниками, официально носившими монаршие титулы (Яков II — короля Ирландии, Вильгельм III — Англии и Шотландии). В то же время, противостояние в Ирландии в 1689–1691 гг. в значительной степени приобрело черты гражданской войны (как и в Шотландии), поскольку Яков II и его приверженцы закрепились на «Изумрудном острове» благодаря широкой помощи, оказанной им коренным населением и англо-ирландской знатью. Одна из причин победы оранжистов в Ирландии заключалась в том, что, опираясь на протестантских переселенцев в Ольстере, они смогли создать на севере острова плацдарм для наступления на противника. В Англии в этот период возник целый ряд реставрационных заговоров, однако без поддержки соратников из Ирландии и Шотландии английские якобиты так и не решились на активные действия. К концу 1691 г. сторонники Якова II сложили оружие на территории всех Британских островов. Их поражение было обусловлено рядом факторов. Во-первых, Якову II не удалось привлечь на свою сторону большинство нобилитета и широких слоев населения Англии и Шотландии — основная масса британцев предпочла остаться в стороне от борьбы, чтобы затем встать на сторону тех, кто победит. В итоге, якобиты смогли закрепиться лишь на окраинах, в то время как оранжисты контролировали политические и экономические центры Британии — Лондон и Эдинбург. Во-вторых, совокупные ресурсы Англии и Нидерландов, находившиеся в руках Вильгельма Оранского, значительно превосходили те, которыми Стюарт располагал в Ирландии и Шотландии. В Англии якобитизм оказался наиболее слаб, нерешителен и несостоятелен, а помощь Франции Якову II и его сторонникам была нерегулярной и недостаточной. Тем не менее, борьба якобитов в 1689–1691 гг. как парламентскими, так и вооруженными методами способствовала консолидации их лагеря и выявлению потенциальных союзников. Используя ошибки правительства Вильгельма III и противоречия в среде британской политической элиты, сторонники Якова II расширили ряды своего движения за счет вхождения в него церковных «раскольников», отдельных группировок «высоких тори» и радикальных вигов. После «Славной революции» Якова II стали поддерживать даже некоторые бывшие республиканцы. В итоге, к 1692 г. якобитское движение объединило практически все политические силы, оппозиционные новому режиму.
