Бургундское герцогство, несмотря на то, что оно было одной из самых богатых сельскохозяйственных провинций Франции, до сих пор очень мало пострадало от войны. Жакерия почти не коснулась его. Англичане не проникали туда до набегов Николаса Тамворта в начале 1360 года. В марте 1360 года герцогство откупилось от армии Эдуарда III за 200.000 мутондоров, чего не смогла бы сделать ни одна другая провинция Франции, кроме Лангедока. Тем не менее, политические условия там менялись. Зимой 1361–62 гг. во внутренних делах Бургундии наступил серьезный кризис. Королева Жанна Булонская, управлявшая герцогством от имени пятнадцатилетнего герцога Филиппа I Руврского, умерла от чумы в сентябре 1361 года. Два месяца спустя, 21 ноября, Филипп I сам умер от травм, полученных в результате несчастного случая при падении с лошади. У Филиппа I не было ни детей, ни братьев и сестер. Не было и очевидного наследника. В некотором смысле это было повторением ситуации в Бретани в 1341 году, за которым последовало двадцать лет гражданской войны. Советники покойной королевы старались сохранить смерть герцога в тайне, пока могли. "Компании повсюду вокруг нас…, — говорили они, — каждый дворянин удалился в свой замок. Никто не знает, кому он подотчетен и кто является господином земли". Существовало два основных претендента. Одним из них был король, который, хотя и состоял в дальнем родстве с умершим герцогом, был его ближайшим родственником по мужской линии. Другим был Карл Наваррский, который был столь же дальним родственником но по женской линии. Могла возникнуть сложная юридическая проблема. Но вопрос о престолонаследии решался, как и в Бретани, политикой, а не правом. Иоанн II объявил герцогство присоединенным к короне и в конце ноября 1361 года послал своего камергера Жана де Танкарвиля вступить во владение им. За два дня до Рождества король совершил свой торжественный въезд в Дижон в гнетущей атмосфере. В регионе свирепствовала чума, дворянство было возмущено угрозой своей древней независимости,  а отряды Великой компании пробирались на север из Лангедока и уже проникли в нескольких местах на южные границы герцогства[790].

Угроза Бургундии спровоцировала правительство Иоанна II на самую катастрофическую из его конфронтаций с Великими компаниями. 20 января 1362 года Иоанн II издал в Дижоне приказ, предписывавший жителям сельской местности перенести свое имущество за стены ближайших крепостей, что всегда было первым сигналом к чрезвычайной ситуации. Вскоре после этого пять восточных провинций — Шампань, Бургундия, Маконне, Лионне и Форез — были объединены в единое военное командование. Жан де Танкарвиль, достаточно компетентный военачальник, был назначен королевским лейтенантом во всей области и ему была поручена ее оборона от наступающих компаний. Он энергично взялся за дело. В феврале и марте 1362 года со всех уголков Бургундии и Шампани были созваны войска. Различные части армии собрались вместе в Отёне примерно в середине марта. Когда они начали свой поход на юг, к ним присоединились войска из соседних областей. Арно де Серволь пришел с людьми из Ниверне и отрядом бретонцев, которых он набрал в свою частную компанию. Другой солдат удачи 1350-х годов, Брокар де Фенетранж, явился с отрядом лотарингцев. Жак де Бурбон прибыл с людьми из Лионне, Бурбонне, Оверни и Ла Марш, а Луи, граф де Форез — с ополчением своего графства. Другие контингенты были предоставлены графом Савойским. Вся армия насчитывала около 4.000 человек. Командирам не приходило в голову, что такого войска может не хватить, тем более, что оно может быть разбито на поле боя[791].

На третьей неделе марта армия прибыла в небольшой замок Бринье, расположенный примерно в 8 милях к юго-западу от Лиона, который был занят отрядом компании Пти Мешина. Само по себе это место не представляло особой ценности для обеих сторон. Но командиры Великой компании не могли проигнорировать вызов. Им грозила опасность оказаться между армией Жана де Танкарвиля, наступавшей с севера, и армией Арнуля д'Одрегема, наступавшей с юга из Лангедока. Капитаны Великой компании ответили на этот вызов замечательным проявлением дисциплины и организованности. В течение марта 1362 года Пти Мешин собрал вместе большинство крупных независимых компаний, действовавших в центральной и восточной Франции. Его собственная компания, части которой были разбросаны по обширной территории от Роны у Лиона до границ Оверни, теперь была сосредоточена в Форезе. В долине реки Соны действовало несколько банд под командованием Арно де Таллебарда (известного как Таллебардон). Они собрались к северу от Лиона. Различные группы, ранее признававшие власть Сегена де Бадефоля, были собраны вместе его бывшим заместителем Гарсиотом дю Шателем. Англо-бретонская компания Амори и Крессвелла прибыла из Руэрга. Перрен Буа и его люди, которых в конце марта Арнуль д'Одрегем изгнал из Сог, присоединились к остальным в начале апреля. Общая численность армии рутьеров составляла около 5.000 человек, что было больше, чем в армии французского правительства.

Армия, расположившаяся вокруг Бринье, была совершенно не готова к контратаке такого масштаба. Рассказ Фруассара об этой кампании столь же ненадежен, как и все, что он написал, но он вполне мог быть прав, говоря, что в правительственных войсках разведка была поставлена из рук вон плохо. Танкарвиль и Бурбон, командовавшие отрядами, не поддерживали их боеспособность. Они не предприняли мер для защиты своего лагеря от нападения с тыла. Когда ранним утром 6 апреля 1362 года рутьеры неожиданно атаковали их, бой был не более чем беспорядочным побоищем. Многие из людей Танкарвиля даже еще не успели вооружиться. Большинство из них не понимали, что происходит. Около 1.000 из них были взяты в плен, а остальные были убиты или обращены в бегство. Среди пленных были Танкарвиль и Арно де Серволь. Граф де Жуаньи, командовавший контингентом из Шампани, был убит. Погиб и граф де Форез. Жак де Бурбон  умер позже от полученных ран[792].

Битва при Бринье была впечатляющим подвигом рутьеров и ужасным потрясением для правительства Иоанна II. Она вызвала кратковременную, но сильную панику во всей восточной Франции, но почти не имела политических последствий. Сами компании с трудом могли поверить в то, что они совершили, а их краткое единство испарилось вместе с победой. Обычные логистические проблемы не позволили бы им продолжить начатое, даже если бы у них было желание. Их большое количество создавало неразрешимые проблемы со снабжением и жесткую конкуренцию за добычу. Они не могли действовать вместе в течение длительного времени, если не продолжали двигаться. В то же время они не могли разделиться на свои составные части, не подвергая себя опасности быть уничтоженными поодиночке. Армия Арнуля д'Одрегема все еще находилась на севере Веле, а остатки разбитой армии Танкарвиля вновь собрались в Лионе. Поэтому, вместо того чтобы попытаться разгромить оставшиеся силы правительства, как от них ожидали, капитаны Великой компании отпустили Танкарвиля и договорились о коротком перемирии до 26 мая 1362 года для переговоров[793]. Затем, когда этот срок истек, армия рутьеров распалась. Летом 1362 года победители при Бринье действовали уже двумя основными группами. Большая из них отступила в Овернь, а меньшая ушла на север в Бургундию, где разбрелась по всей провинции, захватывая замки и живя за счет грабежа. Ущерб довершили наемники Арно де Серволя, которые сражались вместе с Танкарвилем при Бринье, но присоединились к своим бывшим врагам в грабеже, как только оказались без работы[794].

Танкарвиль не терял надежды заключить соглашение, которое позволило бы окончательно избавиться от компаний. В течение нескольких недель после Бринье был возрожден старый проект их изгнания в Испанию. Мир между Арагоном и Кастилией, сорвавший этот проект, потерпел неудачу, и Педро IV Арагонский снова был заинтересован в услугах компаний. В июне 1362 года он прибыл в Перпиньян, чтобы обсудить это представителями Иоанна II в Лангедоке[795]. Однако настоящим автором нового плана был не Педро IV и не Танкарвиль. Это был один из самых замечательных авантюристов конца XIV века, Энрике Трастамарский.