Исцеленные пациенты плакали, уходя из Марфо-Мариинской больницы, расставаясь с «Великой матушкой» как они называли настоятельницу. При обители работала воскресная школа для работниц фабрики. Любой желающий мог пользоваться фондами прекрасной библиотеки. Действовала бесплатная столовая для бедных.

Настоятельница Марфо-Мариинской обители считала, что главное все же не больница, а помощь бедным и нуждающимся. Обитель получала до 12000 прошений в год. О чем только ни просили: устроить на лечение, найти работу, присмотреть за детьми, ухаживать за лежачими больными, отправить на учебу за границу.

Она находила возможности для помощи духовенству — давала средства на нужды бедных сельских приходов, которые не могли отремонтировать храм или построить новый. Она ободряла, укрепляла, помогала материально священникам-миссионерам, трудившимся среди язычников крайнего севера или инородцев окраин России.

Одним из главных мест бедности, которому Великая княгиня уделяла особое внимание, был Хитров рынок. Елизавета Федоровна в сопровождении своей келейницы Варвары Яковлевой или сестры обители княжны Марии Оболенской, неутомимо переходя от одного притона к другому, собирала сирот и уговаривала родителей отдать ей на воспитание детей. Все население Хитрова уважало ее, называя «сестрой Елисаветой» или «матушкой». Полиция постоянно предупреждала ее, что не в состоянии гарантировать ей безопасность.

В ответ на это Великая княгиня всегда благодарила полицию за заботу и говорила, что ее жизнь не в их руках, а в руках Божьих. Она старалась спасать детей Хитровки. Ее не пугали нечистоты, брань, потерявший человеческий облик лица обитателей. Она говорила: «Подобие Божье может быть иногда затемнено, но оно никогда не может быть уничтожено».

Мальчиков, вырванных из Хитровки, она устраивала в общежития. Из одной группы таких недавних оборванцев образовалась артель исполнительных посыльных Москвы. Девочек устраивала в закрытые учебные заведения или приюты, где также следили за их здоровьем, духовным и физическим.

Елизавета Федоровна организовала «Дома призрения» для сирот, инвалидов, тяжелобольных, находила время для посещения их, постоянно поддерживала материально, привозила подарки. Рассказывают такой случай: однажды Великая княгиня должна была приехать в приют для маленьких сирот. Все готовились достойно встретить свою благодетельницу. Девочкам сказали, что приедет Великая княгиня: нужно будет поздороваться с ней и поцеловать ручки. Когда Елизавета Федоровна приехала — ее встретили малютки в белых платьицах. Они дружно поздоровались и все протянули свои ручки Великой княгине со словами: «целуйте ручки». Воспитательницы ужаснулись: что же будет. Но Великая княгиня подошла к каждой из девочек и всем поцеловала ручки. Плакали при этом все — такое умиление и благоговение было на лицах и в сердцах.

«Великая матушка» надеялась, что созданная ею Марфо-Мариинская обитель милосердия расцветет большим плодоносным древом. Со временем она собиралась устроить отделения обители и в других городах России.

Великой княгине была присуща исконно русская любовь к паломничеству.

Не раз ездила она в Саров и с радостью спешила в храм, чтобы помолиться у раки преподобного Серафима. Ездила она в Псков, в Оптину пустынь, в Зосимову пустынь, была в Соловецком монастыре. Посещала и самые маленькие монастыри в захолустных и отдаленных местах России. Присутствовала на всех духовных торжествах, связанных с открытием или перенесением мощей угодников Божьих. Больным паломникам, ожидавшим исцеления от ново прославляемых святых, Великая княгиня тайно помогала, ухаживала за ними. В 1914 году она посетила монастырь в Алапаевске, которому суждено было стать местом ее заточения и мученической смерти.

Она была покровительницей русских паломников, отправлявшихся в Иерусалим. Через общества, организованные ею, покрывалась стоимость билетов паломников, плывущих из Одессы в Яффу. Она построила также большую гостиницу в Иерусалиме.

Еще одно славное деяние Великой княгини Елизаветы Федоровны — постройка русского православного храма в Италии в городе Бари, где покоятся мощи святителя Николая Ликийского.

В 1914 году был освящен нижний храм в честь святителя Николая и странно приемный дом.

В годы первой мировой войны трудов у Великой княгини прибавилось: необходимо было ухаживать за ранеными в лазаретах. Часть сестер обители были отпущены для работы в полевом госпитале. Первое время Елизавета Федоровна, побуждаемая христианским чувством, навещала и пленных немцев, но клевета о тайной поддержке противника заставила ее отказаться от этого.

В 1916 году к воротам обители подошла разъяренная толпа с требованием выдать германского шпиона — брата Елизаветы Федоровны, якобы скрывавшегося в обители. Настоятельница вышла к толпе одна и предложила осмотреть все помещения общины. Конный отряд полиции разогнал толпу.

Вскоре после Февральской революции к обители снова подошла толпа с винтовками, красными флагами и бантами. Сама настоятельница открыла ворота — ей объявили, что приехали, чтобы арестовать ее и предать суду как немецкую шпионку, к тому же хранящую в монастыре оружие.

На требование пришедших немедленно ехать с ними, Великая княгиня сказала, что должна сделать распоряжения и проститься с сестрами. Настоятельница собрала всех сестер в обители и попросила отца Митрофана служить молебен. Потом, обращаясь к революционерам, пригласила войти их в церковь, но оставить оружие у входа. Они нехотя сняли винтовки и последовали в храм.

Весь молебен Елизавета Федоровна простояла на коленях. После окончания службы она сказала, что отец Митрофан покажет им все постройки обители, и они могут искать то, что хотят найти. Конечно, ничего там не нашли, кроме келий сестер и госпиталя с больными. После ухода толпы Елизавета Федоровна сказала сестрам: «Очевидно, мы недостойны еще мученического венца».

Весной 1917 года к ней приехал шведский министр по поручению кайзера Вильгельма и предложил ей помощь в выезде за границу. Елизавета Федоровна ответила, что решила разделить судьбу страны, которую считает своей новой родиной и не может оставить сестер обители в это трудное время.

Никогда не было на богослужение в обители столько народа, как перед октябрьским переворотом. Шли не только за тарелкой супа или медицинской помощью, сколько за утешением и советом «Великой матушки». Елизавета Федоровна всех принимала, выслушивала, укрепляла. Люди уходили от нее умиротворенными и ободренными.

Первое время после Октябрьского переворота Марфо-Мариинскую обитель не трогали. Напротив, сестрам оказывали уважение, два раза в неделю к обители подъезжал грузовик с продовольствием: черный хлеб, вяленая рыба, овощи, немного жиров и сахара. Из медикаментов выдавали в ограниченном количестве перевязочный материал и лекарства первой необходимости.

Но все вокруг были напуганы, покровители и состоятельные дарители теперь боялись оказывать помощь обители. Великая княгиня во избежание провокаций не выходила за ворота, сестрам также было запрещено выходить на улицу. Однако установленный распорядок дня обители не менялся, только длиннее стали службы, горячее молитвы сестер. Отец Митрофан каждый день служил в переполненной церкви Божественную Литургию, было много причастников. Некоторое время в обители находилась чудотворная икона Божьей Матери «Державная», обретенная в подмосковном селе Коломенском в день отречения императора Николая Второго от престола. Перед иконой совершались соборные моления.

После заключения Брест-Литовского мира германское правительство добилось согласия советской власти на выезд Великой княгини Елизаветы Федоровны за границу. Посол Германии граф Мирбах дважды пытался увидеться с Великой княгиней, но она не приняла его и категорически отказалась уехать из России. Она говорила: «Я никому ничего дурного не сделала. Буди воля Господня!»

Спокойствие в обители было затишьем перед бурей. Сначала прислали анкеты — опросные листы для тех, кто проживал и находился на лечении: имя, фамилия, возраст, социальное происхождение и т. д. После этого были арестованы несколько человек из больницы. Затем объявили, что сирот переведут в детский дом. В апреле 1918 года на третий день Пасхи, когда Церковь празднует память «Иверской» иконы Божьей Матери, Елизавету Федоровну арестовали и немедленно вывезли из Москвы. В этот день святейший патриарх Тихон посетил Марфо-Мариинскую обитель, где служил Божественную Литургию и молебен. После службы патриарх до четырех часов дня находился в обители, беседовал с настоятельницей и сестрами. Это было последнее благословение и напутствие главы Российской Православной Церкви перед крестным путем Великой княгини на Голгофу.