Как видно из списка тем, к которым обращался Пруст, он пока еще не очень ясно себе представлял, в каком направлении он должен двигаться. Неудача с романом «Жан Сантей» заставила его сомневаться в том, что он способен написать полноценный художественный текст. Поэтому он размышлял о том, чтобы придать своему произведению более строгую форму критического или философского очерка. В одной из тетрадей, которые заполнялись им в 1908–1909 годах, Пруст прямо фиксировал свои сомнения. Он спрашивал себя, следует ли ему сделать из того, что им написано, роман или философское эссе, способен ли он вообще писать романы. С этим же вопросом Пруст обращался осенью 1908 года к своим знакомым: Жоржу де Лори и Анне де Ноай. Он спрашивал их о том, должен ли он предпочесть эссе в стиле Тэна или более оригинальную, более близкую к художественному тексту форму.

По всей видимости, Жорж де Лори посоветовал ему работать над эссе, однако Пруст, согласный с тем, что совет, данный другом, является более разумным, принял решение двигаться в другом направлении. В конце 1908 года Пруст купил большое количество тетрадей, которые будут использоваться им как черновики для его романа. Покупка говорит о том, что у Пруста возник план какого-то крупного произведения. Он начал работать над сочинением, которое явилось первым вариантом «Поисков утраченного времени» и которое сам он пока еще предполагал назвать «Против Сент-Бёва. Воспоминания одного утра». В середине августа 1909 года Пруст уже обратился в издательский дом «Меркюр де Франс» к его директору Альфреду Валлету с предложением опубликовать его новый роман. Пруст предположил, что в его произведении будет более четырехсот страниц. Однако Валлет отказался от публикации.

Несмотря на то что Пруст уже искал издателя, роман как единое целое не был написан. По крайней мере, такой вывод напрашивается из анализа черновиков Пруста. Можно только строить гипотезы о том, каким образом писатель предполагал объединить фрагменты. О сложности такой работы для исследователей творчества Пруста можно судить уже по тому, что в настоящий момент опубликованы три варианта этого произведения, подготовленные Бернаром де Фалуа, Пьером Клара и Луциусом Келлером. На основании анализа рукописей исследователь Жан-Ив Тадье дает свою версию того, каким виделся роман «Против Сент-Бёва» самому Прусту. По мнению биографа, сочинение должно было начинаться с того, что ночью главный герой, страдая от бессонницы, вспоминал прошлое. В первую очередь он возвращался к своим каникулам в провинции, к сцене с поцелуем матери перед сном, к двум сторонам (к Вильбону и Мезеглизу). Далее шел черед воспоминаний о путешествии к морю, в Нормандию, куда он ездил с бабушкой и где он познакомился с Монтаржи, блестящим светским молодым человеком, который позже превратится в Сен-Лу. На следующее утро главный герой вспоминал о своей поездке в Венецию с матерью. Он также слушал шумы парижского утра и размышлял о светской жизни. В этой части повествования уже появлялись такие герои, как Сван, Вердюрены и их клан, маркиз де Герси (будущий Шарлюс). Далее в комнату героя входила его мать, которая приносила ему газету «Фигаро» с его только что опубликованной статьей.

Роман заканчивался беседой с матерью по поводу биографического метода Шарля-Огюстена Сент-Бёва. Герой критиковал подходы одного из выдающихся литературных критиков середины XIX века, который в своих многотомных исследованиях дал развернутую и подробную панораму литературной жизни Франции начиная с XVI века. В основе его видения литературы было изучение всех деталей формирования характера писателя, основанное на анализе воспоминаний тех, кто был с ним лично знаком. Сент-Бёв включал в свои работы также и собственные впечатления о встречах с артистами. Пруст, вступая в конфликт с Сент-Бёвом, предложил свою теорию о двух личностях гениального творца: та, которая доступна для наблюдения в повседневной жизни, не соответствует другой, более глубоко спрятанной, которая ответственна за создание гениальных произведений. Именно это несоответствие, по мнению Пруста, делает бесполезными поверхностные биографические этюды Сент-Бёва.

Хотя работа над романом «В поисках утраченного времени» и была первоначально связана с критикой Сент-Бёва, этот автор отсутствует в окончательном тексте произведения. Поскольку Пруст не находил издателя для своего романа, он продолжал работу над рукописью. Беседа с матерью, которая должна была находиться в конце произведения, постепенно теряла свое значение и исчезла в своем первоначальном виде из текста «Поисков», в то время как главы, описывавшие события из жизни главного героя, занимали все большее место, трансформировались и превращались в полноценный роман. При этом Пруст сохранил круговую структуру произведения: только последние его главы объясняют то, что происходило на всем протяжении романа.

Пруст получил отрицательный ответ от Валлета в августе 1909 года, во время своей очередной поездки в Кабур. Такой же ответ был отправлен Прусту от издателя Кальмана-Леви. Однако неожиданную поддержку ему в очередной раз оказал главный редактор «Фигаро» Кальмет: он согласился публиковать «Сент-Бёва» по частям в виде романа с продолжением. Обнадеженный Пруст отдал начало сочинения, посвященное Комбре, машинистке, и уже осенью читал ее перепечатанный набело вариант своим друзьям Жоржу де Лори и Рейнальдо Ану. В ноябре 1909 года он посылает машинопись в «Фигаро». По неизвестным причинам Кальмет не сдержал своего обещания, текст Пруста остается без движения в редакции в течение нескольких месяцев. Однако проблемы с публикацией, которые, без сомнения, вызывали разочарование писателя, в конечном итоге оказали позитивное воздействие на генезис романа. Пруст принимается за переработку своего сочинения, которое вскоре сменит и название, и структуру.

Работая над текстом «Против Сент-Бёва», Пруст зимой 1908/09 года пишет проект предисловия к своему произведению. Это небольшое эссе включает в себя первое подробное описание метода непроизвольного воспоминания, которое станет основой романа «В поисках утраченного времени». В этом фундаментальном для истории творчества Марселя Пруста отрывке писатель противопоставляет два типа памяти: интеллектуальную и непроизвольную. Речь ведется от лица повествователя. По его мнению, то, что разум сохраняет под именем прошлого, не является достоверной копией происходившего. Он считает, что подлинные воспоминания не связаны с интеллектом. Воскресить прошлое помогает не он, а предметы: каждый час жизни человека соединен с какой-то вещью и с ощущением, которое она вызвала. Поскольку объекты, в которых «спрятано» минувшее, незначительны, незаметны, редко обращают на себя внимание, большая часть «законсервированного» в них существования потеряна навсегда. Однако изредка некоторые из этих магических предметов случайно встречаются на нашем жизненном пути и помогают спасти прошлое от забвения.

Далее повествователь приводит три примера таких непроизвольных воспоминаний, вызванных неожиданной встречей с забытым ощущением. Каждый из примеров в трансформированном виде будет присутствовать в «Поисках». Первый описывает, как продрогший повествователь возвращается холодным зимним вечером домой и никак не может согреться после прогулки. Его старая кухарка предлагает ему несколько кусочков поджаренного хлеба с горячим чаем, который он обычно никогда не пьет. Вкус того, что предложено кухаркой, возвращает герою воспоминание о сельском доме, где по утрам он спускался в комнату деда, который завтракал и угощал внука чаем и гренками. Благодаря этому совпадению ощущений из прошлого и настоящего повествователь получает доступ к тому, что уже не существует, он видит перед собой во всех подробностях и дом, и деда, и сад, окружающий дом.

Эпизод с хлебцами переписывался Прустом несколько раз: существует шесть рукописных его версий, а также машинописи и корректуры. В результате в 1913 году родилась знаменитая сцена с бисквитами Мадлен. В ходе работы Пруст заменил старую кухарку сначала служанкой Франсуазой, а потом матерью главного героя; его дед трансформировался в тетю Леонию; поджаренные хлебцы стали воздушными и имеющими форму раковин пирожными Мадлен. Пруст среди прочего заменил строчные буквы в названии печенья буквами прописными, подчеркивая важность этого «волшебного предмета» в его романе. Часть исследователей, кстати, видят в этом использовании прописных букв желание Пруста ввести в текст романа свои собственные инициалы М и П.