Тем не менее скрыть новые факты не удалось; сначала за границей, а потом и в самой Франции появляется все больше публикаций, требующих пересмотреть дело. У Дрейфуса возникают все новые и новые сторонники. При этом в стане противников пересмотра дела позиции тоже радикализируются: в 1896 году подполковник Анри, офицер из службы разведки, в порыве патриотизма фабрикует фальшивый документ, который должен окончательно доказать виновность Дрейфуса (позже Анри будет арестован и покончит с собой в тюрьме, а в деле будет обнаружено множество других подложных документов). Новая комиссия заново рассматривает дело. Но надежды на справедливое решение не оправдались: наказание, назначенное Дрейфусу, не было отменено, более того, полковник Пикар, последовательный защитник капитана, заключен в тюрьму.

13 января 1898 года, на следующий день после несправедливого решения, Эмиль Золя публикует свое знаменитое «Я обвиняю» — открытое письмо президенту Феликсу Фору, в котором высказывается в поддержку невиновности Дрейфуса. Пруст, который внимательно следит за развитием событий, вместе со многими своими знакомыми подписывает манифест в поддержку капитана. Однако ни манифест, ни заявление писателя-натуралиста не только не приводят к пересмотру решений комиссии, но и провоцируют начало нового расследования и обвинение в клевете самого Золя. Заседания суда по его делу носят открытый характер. Они длятся две недели, по их итогам Золя приговорен к году заключения и к штрафу в три тысячи франков. Чтобы избежать наказания, Золя вынужден бежать в Англию.

Марсель Пруст присутствовал на заседаниях, и именно их он описал в романе «Жан Сантей». В основе судебного разбирательства, представленного Прустом, находится противопоставление двух участников процесса: генерала Буадеффра (начальника Генерального штаба и противника Дрейфуса) и полковника Пикара (его защитника). Сам Дрейфус упомянут под именем Дальтоцци. Особенно интересен образ полковника Пикара, который построен Прустом на контрасте между его внешностью и содержанием его поступков. Жан Сантей заранее представляет себе Пикара в облике вдохновенного борца за справедливость. Но оказывается, что у полковника самая обычная внешность, ничем не выдающая его страстной привязанности к истине, ради которой он готов отправиться в тюремное заключение. Таким образом, в описании процесса Эмиля Золя Пруст делает акцент на исследовании психологии участников, а также особенностей видения Жаном Сантеем происходящих вокруг него событий. Этот интерес к психологии, и в частности к психологии восприятия, является одной из главных особенностей письма Пруста, которое принимает в его юношеском романе все более близкие к зрелому стилю формы.

Восхищение полковником Пикаром выразится у Пруста не только в художественной форме. В сентябре 1898 года он будет собирать подписи под требованием выпустить капитана на свободу. Когда же петицию опубликуют, но без его фамилии, Марсель напишет в редакцию письмо с требованием исправить ошибку. Он объяснит свою позицию так: конечно, его имя ничего не добавит к списку, объединившему таких известных личностей, но зато присутствие в списке добавит что-то важное к его собственному имени.

По всей видимости, Пруст был в курсе того, что капитан Дрейфус невиновен, с 1897 года благодаря своей близости к мадам Строс, которая получила информацию о махинациях, приведших к обвинению капитана, от Жозефа Рейнаха, журналиста, убежденного в невиновности Дрейфуса с 1894 года. Среди сторонников Дрейфуса было много прежних одноклассников Пруста по лицею Кондорсе: Даниэль Галеви, Жак Бизе, Робер Дрейфюс. В собственной семье убеждения Марселя разделяли его мать и брат. А вот отец, слишком близкий к правящим кругам, не посмел занять оппозиционную к правительству позицию.

Как видим, наибольший интерес у молодого автора вызвал процесс Золя. В дальнейшем внимание Пруста отчасти переключилось на другие сюжеты, хотя дело Дрейфуса навсегда останется для него одним из важнейших событий в его собственной биографии. Когда в 1899 году во время очередного пересмотра дела на адвоката Лабори будет совершенно покушение, Пруст отправит юристу телеграмму поддержки. Он также будет регулярно подписывать разнообразные манифесты и письма в помощь капитану.

В конце концов, в 1906 году, в момент принятия решения о реабилитации Дрейфуса, Пруста даже охватит что-то вроде ностальгии по тому периоду, когда правда и ложь имели такие определенные очертания, когда было совершенно ясно, что́ нужно изменить, чтобы восстановить справедливость. Все более погруженный в исследование психологических закономерностей, все более удаляющийся от прямого описания исторических событий, Пруст даже приходит к парадоксальному выводу, что, может быть, капитан Дрейфус и полковник Пикар, видевшие в своей жизни столько страданий, все же счастливее многих других людей. Ведь несчастья других, объясняет Пруст в письме к мадам Строс, базируются на психологических законах, которые невозможно изменить, тогда как причиной трагических событий в биографии Дрейфуса и Пикара является юридическая ошибка, которую вполне можно исправить.

Для исследователя биографии Пруста роман «Жан Сантей» интересен, с одной стороны, тем, что он имеет автобиографический характер и позволяет больше узнать о том, что происходило в жизни Пруста. С другой стороны, роман, как и сборник «Утехи и дни», может рассматриваться в качестве варианта «Поисков утраченного времени», варианта, в котором автобиографическая информация еще не получила такой глубокой переработки, как в «Поисках».

Незаконченное произведение Пруста представляет собой собрание отдельных эпизодов, которые не имеют единой интриги. Имена и характеры персонажей еще не совсем определены: они иногда меняются от сцены к сцене, а события, в которых они участвуют, иногда противоречат друг другу. Несмотря на отсутствие связи между отрывками и героями, в тексте все-таки может быть найдена объединяющая его основа. Роман описывает часть жизненного пути молодого и литературно одаренного человека, которого зовут Жан Сантей. Бернар де Фалуа, который при издании романа первым столкнулся с его разорванной композицией, объединил повествование, опираясь на изменение возраста героя — от детства к юности. Этот подход с небольшими уточнениями будет использоваться и впоследствии.

Роман открывается прологом: двое друзей получают доступ к манускрипту писателя К. Все описанные далее события являются частью этого документа. «Жан Сантей» начинается с описания первых лет жизни героя и сцены с поцелуем матери, а также эпизодов с каникулами в Илье, с волшебным фонарем, с прогулками, с распорядком дня в воскресенье. К детскому же периоду относятся сцены, связанные с определением призвания главного героя. Важное место занимает описание влюбленности в мадемуазель Косищев, которая отражает историю детского увлечения Пруста Марией Бенардаки. Читатель переносится также в лицей Генриха IV, в котором учится Жан. Здесь Пруст концентрируется на описании дружбы с Анри де Ревейоном, молодым человеком, имеющим блестящее аристократическое происхождение. Родители запрещают Жану выходить вместе с Анри в свет, что вызывает яростное сопротивление их сына. Следующий эпизод описывает визит главного героя в замок Ревейон, принадлежащий родителям Анри. Один из разделов «Жана Сантея» посвящен путешествию в Бег-Мэль, за которым следует вторая поездка в Ревейон. После рассказа о путешествиях читатель знакомится с главой, которая отдана описанию военного гарнизона, она напоминает о военной службе самого Марселя. Затем Пруст переходит к исторической части: он описывает дело Мари (являющееся трансформацией скандала с Панамским каналом) и дело Дрейфуса.

Тематическое сходство с романом «В поисках утраченного времени» заставляет задаться вопросом, почему, если основные темы «Поисков» уже присутствовали в «Жане Сантее», он был заброшен писателем. Как случилось, что один из двух романов, построенных на автобиографическом материале, был доведен Прустом до совершенства, а другой оставлен без продолжения?