Между тем в принятом плане научной деятельности Академии наук СССР на 1939 год, в постановлении к протоколу общего собрания от 28–29 ноября 1938 года, на первое место были поставлены проблемы: атомное ядро, его свойства, строение и использование ядерных реакций. Намечая, таким образом, приоритетное развитие работ «в области самой ударной проблемы современной физики», Академия наук сочла необходимым в 1939 году осуществить и ряд мер «по объединению вокруг Академии всех работ, ведущихся по ядру, внесению планового начала и созданию в Москве экспериментальной базы с учетом постройки циклотрона».

В том же постановлении был поставлен вопрос о бдительности. Записано, что «в науку также проникла вредительская работа врагов народа, троцкистско-бухаринской группы. Эта вредительская группа нашла для себя благоприятные условия в той общей атмосфере академической оторванности от крупнейших народно-хозяйственных и культурных задач социализма, которая долго сохранялась в Академии наук СССР. При исключительной заботе и — действенной помощи нашей Партии и Правительства Академия наук вступила на путь очищения себя от всех последствий вредительства… СНК СССР обращает особое внимание Академии наук на борьбу с лженаучными теориями и на разработку теоретических основ крупнейших народно-хозяйственных проблем в 3-й пятилетке». Эти решения имели трагические последствия для многих ученых.

Причиной неизбрания Курчатова в члены Академии наук СССР стали не его личные качества, а создавшаяся вокруг ЛФТИ и его директора А. Ф. Иоффе сложная конъюнктурная обстановка. Институт входил тогда в систему Наркомтяжпрома, где акцент делался на исследованиях прикладного характера. Иоффе, беспокоясь за развитие фундаментальных исследований института и его будущее, пытался перевести его в систему Академии наук^[201]. Но в марте 1936 года, на специально созванной сессии АН СССР, институт был подвергнут жесточайшей критике именно за «отрыв от практики», от «нужд промышленности», за развитие «далеких» от жизни направлений, таких как ядерная физика^[202]. В такой обстановке Иоффе приходилось усиленно защищать работы «по ядру». По воспоминаниям академика А. П. Александрова, присутствовавшего на сессии, «Иоффе чувствовал ответственность перед Родиной, и его убеждение, что только фундаментальные исследования приводят к созданию новых областей техники, меняют направления научно-технического прогресса, давало ему силу отстоять развитие в институте этих принципиально новых направлений»^[203]. Опасения Иоффе, что он может лишиться ядерной лаборатории в ЛФТИ, возглавляемой Курчатовым, возможно, были обоснованными: ведь на сессии многие авторитетные академики выступали с заявлениями, что проблемы ядерной физики не профильны для ЛФТИ, потому что этот институт должен заниматься решением только технических, прикладных задач^[204].

В то время физические институты (ЛФТИ, УФТИ, РИАН, ФИАН) были подчинены разным ведомствам. Взаимодействие их усложнялось. Отпускаемые на науку финансовые средства распылялись. Только перед самой войной они были, наконец, объединены в системе Академии наук. Но ведомственные разногласия все-таки привели к задержке сооружения до начала войны циклотрона ЛФТИ. Это, безусловно, потребовало для ускорения в дальнейшем темпов развития отечественного атомного проекта от его научного руководителя и чрезвычайного его напряжения в начальный период решения проблемы в Москве.

К середине 1930-х годов обстановка научного творчества в стране и отношение правительства к ученым меняются. После переезда в 1936 году Академии наук из Ленинграда в Москву работа в ней перестраивается. Идет чистка кадров, связанная с общим нарастанием репрессий и тотальной шпиономанией.

Если в 1920-х научно-технические связи советских и иностранных ученых активно развивались, то впоследствии здесь появилось много трудностей, о чем К. Д. Синельников доверительно сообщает Курчатову в письмах как из Англии, так и из Харькова. Постепенно сворачиваются научные связи с заграницей. Синельников был отозван из Англии в 1930 году, подготовив, но так и не успев защитить диссертацию у Резерфорда. В начале 1934 года оттуда же отзывается уже всемирно известный П. Л. Капица, судьба которого сложилась драматически, как и у других талантливых физиков, не сумевших реализовать себя полностью в сложившейся обстановке. Немало крупных ученых не вернулись из-за границы: биолог Тимофеев-Ресовский, химики Чичибабин и Ипатьев, физик Гамов и др. Во второй половине 1930-х годов в результате репрессий начали «пропадать» талантливые ученые. Были арестованы крупные математики М. П. Бронштейн и В. А. Фок, год провел в заключении Л. Д. Ландау, оказался за решеткой выдающийся авиаконструктор А. Н. Туполев.

Ученых-естественников обвиняли в идеализме, и идейные обвинения легко перерастали в политические с тяжелыми последствиями. Трудно не согласиться с Г. А. Гамовым, который, вспоминая атмосферу научной деятельности в то время в стране, характеризует ее как сочетание щедрого материального стимулирования развития науки с принижением личности ученого, как диктатуру философии, шедшей непосредственно от сталинского понятия науки, разделившего науку на «пролетарскую» и «буржуазную». Для ученых наступили тяжелые времена — ревнители идейной чистоты могли обвинить любого из них в идеализме или «преклонении перед Западом». Развернулась критика теории относительности Эйнштейна, слышались требования отвергнуть ее. Академик Лысенко объявил в корне неверной хромосомную теорию наследственности, утверждая свою «гениальную» теорию, согласно которой все изменения в живом организме объясняются влиянием среды.

Между тем в США к 1939 году были пущены восемь циклотронов. В Англии Лео Сцилард получил в 1936 году патент на идею цепной реакции для атомной бомбы^[205]. В СССР же критики нападали на ЛФТИ, комиссии обрушивались с проверками на лабораторию Курчатова, и ее руководителя приходилось прятать от глаз проверяющих. Переживая из-за требований закрыть работы «по ядру», как не дающие практического выхода в промышленность и в народное хозяйство^[206], Курчатов всецело поддерживал своего учителя Иоффе, который занял мудрую позицию: признав некоторые замечания справедливыми^[207], он, отвергая большинство обвинений как необоснованные, заявил, что технические усовершенствования следует внедрять на базе собственных оригинальных исследований, использовать свои неапробированные идеи — такому подходу он отдает предпочтение, поддерживая лучшую в своем институте лабораторию Курчатова^[208].

Эта позиция Иоффе в некоторой степени способствовала тому, что в принятой на мартовской сессии 1936 года резолюции Академия наук рекомендовала попавшему под огонь критики ЛФТИ быстрее внедрять результаты научных исследований в промышленное производство^[209]. Академик Иоффе в борьбе за судьбу института добивался возможности продолжать и развивать в нем научные исследования по ядерной физике, мудро согласившись с некоторыми замечаниями, предпринял ряд мер по укреплению связей с промышленностью: поддержал проводимые в ЛФТИ оборонные работы по размагничиванию кораблей и по радиолокации^[210]. В то же время он продолжал добиваться перевода института из Наркомтяжпрома в систему Академии наук.