Вторжение было назначено на 9 сентября 1947 года, однако его пришлось отложить на две недели: Хуршид Анвар в те же самые дни решил жениться и хотел провести короткий медовый месяц. Между тем из-за того, что Анвару не хватало благоразумия, один из военачальников пакистанской армии, бригадир Ифтихар Алихан, прослышал о том, что затевается, и сообщил эту новость генералу Мессерви, главнокомандующему пакистанской армии. Тот немедленно проинформировал Окинлека, которой довел эту информацию до Маунтбаттена, который в свою очередь передал ее новому индийскому правительству. Воспользовавшись планируемым вторжением как поводом, Конгресс послал заместителя Неру Сардара Пателя оказать давление на махараджу с целью включить Кашмир в состав Индии, в то время как Маунтбаттен приказал подразделениям индийской армии приготовиться к чрезвычайному десанту в Шринагар.

Вторжение началось, когда Анвар вернулся после медового месяца обратно в Равалпинди. Основной его целью было взятие Шрина-гара и занятие аэропорта с тем, чтобы обезопасить его от вторжения индийцев. Однако в течение недели армия махараджи развалилась. Хари Сингх бежал в свой дворец в Джамму. 11-й Сикхский полк индийской армии к тому времени добрался до Шринагара, однако, ожидая подкрепления, не входил в город. Пуштуны под командованием Хуршида Анвара остановились, достигнув Барамуллы, всего в часе езды на автобусе от Шринагара, и отказались идти дальше. Здесь они устроили трехдневный кутеж, грабя дома, нападая и на мусульман, и на индусов, насилуя и женщин, и мужчин, кроме всего прочего, они похитили деньги из кашмирской казны. В местный кинотеатр сгоняли всех, кого собирались изнасиловать; группа пуштунов захватила монастырь Святого Иосифа, где бандиты изнасиловали и убили монахинь, в том числе и мать-настоятельницу, а также застрелили пару европейцев, которая там укрывалась. Известия об этих злодеяниях получили широкую огласку, и многие кашмирцы отвернулись от так называемых освободителей. Когда пуштуны в конце концов добрались до Шринагара, то так увлеклись грабежом магазинов, что даже не заметили, что аэропорт уже занят сикхами.

Махараджа тем временем подписал бумаги о присоединении Кашмира к Индии и потребовал помощи, чтобы отбить нападение пуштунов. Индия высадила воздушный десант и начала вытеснять пакистанцев из Кашмира. Спорадические схватки продолжались до тех пор, пока Индия не обратилась в Совет Безопасности ООН, который добился прекращения огня и провел между территорией Пакистана и Индии демаркационную линию. Кашмир также был разделен. Лидеры Конференции кашмирских мусульман переместились в направлении Музаффабада в оккупированном Пакистаном Кашмире, Шейх Абдулла сохранял контроль над самой долиной.

Если бы Абдулла также высказался за присоединение к Пакистану, он сделал бы больше, чем смогли сделать индийские войска. Однако он считал Мусульманскую лигу реакционной организацией и справедливо опасался, что, если Кашмир станет частью Пакистана, пенджабские землевладельцы, которые преобладали в Мусульманской лиге, помешают любым социальным или политическим реформам. Он решил поддержать индийское военное присутствие при условии, что кашмирцам разрешат самим определять свое будущее. На массовом митинге в Шринагаре Неру, рядом с которым стоял Абдулла, публично пообещал многое. В ноябре 1947 года Абдулла был назначен премьер-министром чрезвычайной администрации. Когда махараджа выразил беспокойство по этому поводу, Неру написал ему, утверждая, что альтернативы нет: «Единственным человеком, который может принести в Кашмир добро, является Абдулла. Я высокого мнения о его честности и уме. Он, возможно, делает много ошибок по мелким вопросам, но я думаю, что он прав в отношении основных решений. В Кашмире нельзя найти никакого другого удовлетворительного пути, нежели тот, которым идет он».

В 1944 году Национальный конгресс утвердил конституцию независимого Кашмира, которая начиналась так:

Однако война 1947–1948 годов сделала независимость невозможной, а статья 370 индийской конституции признала лишь «особый статус» Кашмира. Правда, махараджу сместили, и власть передали его сыну Карану Сингху, которой стал ненаследственным главой государства, но вести политические игры с политиками в Дели был вынужден разочарованный Абдулла. Он знал, что большинство из них, выйдя из-под влияния Ганди и Неру, мечтали бы съесть его живьем. Однако в тот момент он был им нужен. Со времени раскола в «Конференции Джамму и Кашмира» Абдулла занял левые позиции. Как главный министр Кашмира, он провел ряд основных реформ, самой важной из которых была передача земли «земледельческой законодательной власти», которая подорвала власть землевладельцев, большинство которых были мусульмане. Им разрешили сохранить максимум 20 акров земли, при условии, что они будут сами работать на этой земле: 188775 акров были переданы 153399 крестьянам, в то время как на 90000 акров правительственные организации создали коллективные хозяйства. Был принят закон, запрещающий продажу земли некашмирцам, тем самым сохранявший основную топографию региона. Были построены десятки новых школ и четыре новые больницы, а в Шринагаре был открыт университет, студенческий городок которого расположился в одном из прекраснейших мест в мире.

В Соединенных Штатах эти реформы считались инспирированными коммунистами, что было очень полезно для обеспечения поддержки новому союзнику Америки — Пакистану. Классическим примером пропаганды США является «Опасность в Кашмире», написанная Йозефом Корбелом. Чех Корбел был представителем ООН в Кашмире до того, как поддержал Вашингтон. Его книга была опубликована в Принстоне в 1954 году, а во втором ее издании, в 1966 году, автор признал, что написал ее при «значительной помощи» нескольких ученых, в том числе его дочери г-жи Мадлен Олбрайт, получившей образование в Колумбийском университете.

В 1948 году Национальная конференция поддержала «предварительное вступление» в Индию при условии, что Кашмир будет принят как автономная республика, а центру будут переданы только оборона внешних границ и международные связи. Небольшое, но влиятельное меньшинство, состоящее из догрианской знати и кашмирских пандитов, боясь потерять свои привилегии, начало кампанию против особого статуса Кашмира. Собственно в Индии их поддержала ультраправая партия Джан Сангх (которая сегодня известна как партия Бхаратия Джаната, ее члены преобладают в коалиционном правительстве в Нью-Дели). Джан Сангх предоставила денежные средства и добровольцев для агитации против кашмирского правительства. Абдулла, который поступился своей выгодой, чтобы интегрировать немусульман на каждом уровне администрации, был взбешен. Его позиции укрепились. На публичном митинге во враждебной Джамму 10 апреля 1952 года он дал понять, что не имеет никакого желания отказываться от частичного суверенитета Кашмира:

«Многие кашмирцы тревожатся о том, что случится с ними и их положением, если, например, что-то случится с пандитом Неру. Мы не знаем. Как реалисты, мы, кашмирцы, должны быть готовы к любым реалиям… Если сейчас в Индии возрождается идея общинности, то как нам можно убедить мусульман Кашмира, что Индия не намерена поглотить Кашмир?»

Абдулла ошибся только в своей вере в то, что Неру защитит их. Когда в мае 1953 года индийский премьер-министр посетил Шринагар, то потратил целую неделю, стараясь умаслить своего друга, чтобы тот согласился на условия Дели: если Индии хочет сохранить светскую демократию, то Кашмир должен быть ее частью. Неру уговаривал. Абдулла не был убежден, ведь мусульмане составляли внушительное меньшинство в Индии, вне зависимости, входит в нее Кашмир или нет. Он чувствовал, что Неру следовало бы давить не на него, а на политиков внутри Конгресса, которые были восприимчивы к шовинистским требованиям партии Джан Сангх.