Від часу виникнення, 1787 р., Чорноморське козацтво брало участь у більшості воєн, що їх вела Російська імперія. З 1802 р. Чорноморське козацьке військо поділялося на 10 кінних та 10 піших (по 5 сотень) полків.

18 травня 1811 р. було створено Гвардійську Чорноморську сотню для служби у Санкт-Петербурзі при царському дворі. Вона увійшла до Лейб-гвардії Козацького полку, що комплектувався з донських козаків, і відзначилася у битві при Бородіні, а згодом опинилася у складі Конвою Його Імператорської Величності. Аж до 1917 р. нащадки чорноморців — кубанські козаки, формували 1-шу та 2-гу сотні Конвою царів Миколи І, Олександра II, Олександра III та Миколи II (ще дві сотні — 3-тя та 4-та — формувалися з терських козаків, які також мали українські корені)^{26}.

Генерал-майор Чорноморського козацтва Захарій Олексійович Чепіга (портрет з видання: Агафонов О. Казачьи войска Российской империи, Москва, 1995)

19 листопада 1860 р. Чорноморське козацьке військо було з’єднане з Кавказьким (Лінійним) козацьким військом, яке мешкало на Північному Кавказі та мало російський склад: виникло з переселених хоперських і донських козаків та відставних солдатів. Відтоді об’єднане військо називалося Кубанським, хоч у нього й зберігався поділ на чорноморців (українців) та кавказців, або лінійців (росіян).

Бригадир Чорноморського козацтва Антін Андрійович Головатий (портрет з видання: Агафонов О. Казачьи войска Российской империи, Москва, 1995)

За станом на 1894 р. Кубанське козацьке військо складалося з 724.394 осіб — чоловіків та жінок. За адміністративно-територіальним поділом воно мало 7 відділів: Єкатеринодарський, Єйський, Таманський — де мешкали чорноморські козаки; Майкопський, Лабінський, Баталпашинський — у яких проживали лінійці; Кавказький — змішаний. Із козаків Єкатеринодарського відділу (штаб у Єкатеринодарі) комплектувалися 1-й, 2-й, 3-й Єкатеринодарські козацькі полки, 1-й, 7-й, 13-й пластунські батальйони, Єкатеринодарська запасна сотня, 1-ша піша запасна сотня, 2-га козацька батарея. Козаки Єйського відділу (штаб у станиці Уманська) формували: 1-й, 2-й, 3-й Запорозькі та 1-й, 2-й, 3-й Уманські козацькі полки, 5-й, 11-й та 17-й пластунські батальйони, Запорозьку та Уманську запасні кінні сотні, 4-ту козацьку батарею, 5-ту запасну пішу сотню. Таманський відділ (штаб — станиця Слов’янська) виставляв 1-й, 2-й, 3-й Таманські та 1-й, 2-й, 3-й Полтавські козацькі полки, 3-й, 9-й та 15-й пластунські батальйони, Таманську та Полтавську запасні козацькі сотні, 3-тю запасну пішу сотню, 1-шу та 5-ту батареї. Кавказький відділ укомплектовував три Кавказькі козацькі полки, де служили лінійці, та три Чорноморські — переважно з українським контингентом^{27}.

Під час громадянської війни 1917–1920 рр. Кубанське козацьке військо у повному складі влилося до Збройних сил Півдня Росії генерала А. І. Денікіна, а згодом — до Російської армії барона П. М. Врангеля. В Армії Української Народної Республіки з числа чорноморців служили лише окремі старшини. 1918 р., за гетьманування П. П. Скоропадського, між Українською Державою та Кубанською радою було встановлено дипломатичні стосунки. Для збройної допомоги Кубані з ініціативи Національного союзу гетьман навіть дозволив сформувати Т. зв. Чорноморський кіш у складі 3-х піших куренів, який, щоправда, у Протигетьманському повстанні одним із перших перейшов на бік Директорії. Пізніший зв’язок УНР і Кубанського козацтва був епізодичним.

Російсько-турецька війна 1768–1774 рр. цілком підтвердила висновки фельдмаршала Рум’янцева щодо небоєздатності Малоросійських козацьких полків. Старшинство та козацтво у своїй масі не знало елементарних правил ведення бою, не мало військового досвіду та фізичної підготовки. Лише поодинокі старшини, які пройшли офіцерську школу, могли вважатися здібними козацькими командирами. Під час війни малоросійських козаків залучали тільки до охорони тилів, обозів, переправ, поштових шляхів тощо. У полкових реєстрах налічувалося від 2 до 4 тис. козаків, але коли йшлося про участь у війні — ледь набиралося кілька сотень^{28}.

З другого боку, населення Малоросії не давало російській армії рекрутських наборів навіть тепер, коли Російська імперія провадила війни зі споконвічними українськими ворогами — турками. Ці обставини дали початок проведення ґрунтовної військової реформи 1783–1785 рр. на території України.

Брак військової підготовки у малоросійських козаків був лише однією з проблем Малоросії. Країна потребувала адміністративної реформи, адже її полковий устрій був запроваджений ще у 1648 р., і з того часу відбулося багато соціальних змін. Одні полки нараховували у своїх реєстрах по 4–5 тис. козаків, інші — трохи більше 1 тис. Земельний поділ між полками був також нерівномірний.

Нагального втручання вимагав й соціальний лад. Ще за часів Богдана Хмельницького на території Малоросії виникло та утвердилось три стани: старшинський, козацький і, найбільш численний, селянсько-кріпацький. Усі селяни, що не потрапили до реєстрів під час Козацьких війн, рано чи пізно закріпачувались козацькою старшиною. Найбільш послідовно цю політику проводив гетьман Іван Мазепа, за часів якого, фактично, й відбулося остаточне закріпачення вільного селянства. Як видно з капітальної праці В. Л. Модзалевського «Малороссийский Родословник», кріпаків мали не тільки старшини, а й певна частина козаків. Різниця між ними полягала лише в тому, що старшина отримувала у своє володіння землі та людей від гетьмана, а козаки — від своєї старшини. Ніякого впливу на цих кріпаків Російська імперія не мала — навіть у рекрути їх не забирали. Після переходу гетьмана Мазепи та частини старшин на бік Карла XII їхні землі та кріпаків було відібрано на користь російського царя. Згодом частину з них розподілили між козацькою старшиною, яка залишилася на боці Петра І, а решту роздали російським дворянам. На території Малоросії з’явилися перші кріпосники-неукраїнці, які досить швидко виявили, що в українських офіційних документах кількість кріпаків, як правило, значно применшується. Причому їх використання не регулювалося жодними державними актами.

Отже, царський уряд конче вимагав проведення в Малоросії адміністративної, соціальної та військової реформи. Проте на відміну від Слобожанщини, яка здавна належала Московському царству, Малоросія увійшла до складу Московії, пізніше — Російської імперії, на добровільних засадах — зі згоди більшості старшини та козацтва, з якими тепер слід було рахуватися. Проблему з козацькою старшиною розв’язано досить легко: вона автоматично отримувала дворянство Російської імперії з усіма правами. Однак із легалізацією малоросійського козацького стану виникала проблема. Адже козаки — це насамперед воїни, хоча малоросійське козацтво на той час уже розучилося воювати. Єдиним шляхом вирішення ситуації стало перетворення козацького стану на однодворців — вільних людей, які не мали власних кріпаків, але й не підлягали закріпаченню (згодом цю верству почали називати міщанською). З огляду на те, що перейменовувати козаків на однодворців було небезпечно (це ображало їхнє почуття гордості), малоросійський козацький стан дістав права однодворців, але на території своїх губерній і надалі іменувався малоросійським козацтвом. (Цікаво, що колишні однодворці Полтавської та Чернігівської губерній називали себе малоросійськими козаками аж до початку 30-х років XX ст. — часів розкуркулення та Голодомору.)

Розв’язання цих проблем тривало близько чотирьох років, хоч адміністративна реформа була проведена за лічені місяці. Так, уже в 1781 р. було скасовано адміністративно-територіальний поділ, а старі полки об’єднано у кілька намісництв. 1796 р. намісництва розділилися на повіти, які увійшли до складу Малоросійської губернії. У 1802 р. зникла Малоросійська губернія, а замість неї постали Полтавська та Чернігівська.