С первых дней войны началась мобилизация призывных судов и их мобпереоборудование (табл. 6). Для борьбы с ДНМ на КБФ был организован дивизион деревянных тральщиков ("Сиг" 208 т. 8 уз; "Пикша" – 180 т, 10 уз; "Поволен" – 87,4 т. 8 уз; "Касатка" – 45 г, 10 уз и "Ястреб" – 50 т. 6 уз), используемых для буксировки небольших барж, наполненных железным ломом. Для защиты от подрыва на минах ТШ с металлическими корпусами начали использовать методы размагничивания, в том числе безобмоточного. В заведомо миноопасных районах оборудовались посты противоминного наблюдения, включая плавучие, оснащенные специальными техническими средствами наблюдения. Практика показала, что в сложившихся условиях на КБФ главным звеном ПМО оказались КАТЩ (табл. 7 и 8). По опыту летне-осенней кампании 1941 г. зимой 1941 – 1942 гг. на ленинградских заводах во изменение ранее намеченных планов было построено семь трал-барж и их один специальный буксировщик (с деревянным корпусом), а также переоборудована под плавбазу ТШ бывшая самоходная грунтовозная шаланда "Амгунь" (числящаяся с июня 1941 г. канонерской лодкой), и под электромагнитные KAT1I1 переоборудованы 15 мотоботов; на 30 КАТЩс металлическими корпусами были установлены размагничивающие обмотки.

С весны 1942 г. появились станции безобмоточного размагничивания. Непрерывно совершенствовалось тральное оружие. Последовательно появились контактные тралы: ТОК-1, MШ-2, КПТ, ПСТ, ГПТ и в 1944 г. класса МТ. Магнитные ДНМ вначале уничтожались упомянутыми трал-баржами, затем БЭМТ (представляющими собой, по существу, Г1МЗ), хвостовыми тралами, а в конце войны – петлевыми (ПЭМТ-2) и соленоидными (СЭМТ-12 и СЭМТ-24). С появлением акустических и магнитно-акустических мин тральщикам для производства тралящих шумов вначале придавались малые охотники МО-IV, а затем начали устанавливаться мембранные акустические тралы.

В начале войны спорным являлся вопрос о создании специальных плавбаз для ТШ. С одной стороны, они были крайне необходимы для КАТЩ, так как качественно повышали коэффициент их оперативного использования, а с другой – легко поражались авиацией противника. В августе 1941 г. под плавбазы ТЩ на заводе № 189 было начато переоборудование двух ("Тында" и "Эвальд"), а на заводе № 194 одного транспортного судов. С 1944 г. потребность в плавбазах ТЩ настолько возросла, что временно их созданием занялся непосредственно флот. После окончания Великой Отечественной войны командиром 1-й бригады траления КВФ. флагманским минером И. И. Метко, а также комиссией ЦНИИВК ВМС под председательством В. Д. Римского-Корсакова командованию ВМФ были представлены предложения о целесообразности включения в план проектирования и постройки кораблей специальных ПБ – штабных кораблей ТЩ.