Ватикан инспирировал провокационные слухи о преследовании униатов и католиков, о зверствах, чинимых русской армией среди мирного населения, и т. п. Что касается самого митрополита, то распространялись слухи о расстреле Шептицкого, его мученической смерти в русской неволе, некоторые австрийские газеты поместили даже некрологи. И все же кампания по освобождению Шептицкого вскоре провалилась. Царское правительство неожиданно получило документы (они были найдены в стене Святоюрского собора), изобличавшие униатского митрополита не только как политического руководителя украинских националистов, но и как тайного австро-немецкого агента, который всегда подстрекал правительство Австро-Венгрии к войне против России и даже лично разработал план захвата Украины и ее «державного развития».

Среди найденных документов наиболее ценным был черновик докладной записки Шептицкого правительству Австро-Венгрии о военном, церковном и общественном устройстве Украины после оккупации ее австрийскими войсками. «Задача заключается в том, — писал митрополит, — чтобы полностью оторвать от России украинские земли, подчинить их Габсбургской монархии, поставив во главе Украины по велению императора наиболее выдающегося полководца австрийской армии в качестве гетмана». Шептицкий советовал создать украинскую церковь, наиболее полно отделенную от российской православной церкви. Украинская самостоятельная церковь должна молиться за австрийского императора.

Среди документов был также список лиц, которых австро-венгерское правительство должно было назначить на административные посты после оккупации Украины.

Эти документы попали в руки русской контрразведки как раз тогда, когда Ватикан вел переговоры с царским правительством о разрешении на выезд Шептицкого в Рим (или в какое-нибудь нейтральное государство) или об обмене его на какого-нибудь пленного журналиста. Русское правительство дало понять Ватикану, что о выезде униатского митрополита из России не может быть и речи.

Русские войска в середине 1915 года были вынуждены оставить Галицию, Польшу, Прибалтику. Отступление царских войск активизировало деятельность Шептицкого. Он благословил австрийскую военщину на кровавый террор в Галиции и дал наказ униатской церкви выявить всех «изменников», которые помогали русским войскам и властям.

Сомнительная честь окончательно снять и без того слабые путы с крыльев униатского владыки выпала министру юстиции Временного правительства Керенскому. В середине марта 1917 г. Шептицкий получил разрешение покинуть Ярославль. Митрополит решил ехать в Петроград, где поблагодарил главу Временною правительства князя Львова, министров Керенского, Милюкова, Терещенко и затем отправился в Киев.

Центральная рада устроила митрополиту торжественную встречу. Глава рады Грушевский и его единомышленники в дружеской беседе недвусмысленно намекали, что они хотели бы видеть в лице Шептицкого своего духовного пастыря и ждут его назначения на пост киевского митрополита. Беседы с членами Центральной рады вселили в Шептицкого уверенность, что дело создания прогерманской «самостийной Украины» в надежных руках. Он начал создавать униатские приходы в Малороссии, а в Киеве — генеральный викариат. Рада предупредительно выделила в центральной части Киева четверть десятины земли для униатской церкви, которую помощники митрополита соорудили в рекордно короткий срок. По указанию Центральной рады была разрешена деятельность генерального викария униатов в Киеве, дано разрешение па организацию униатских парафий в Одессе, Екатеринославе, Виннице, Каменец-Подольске.

Временное правительство разрешило Шептицкому выехать из России. 9 июля 1917 года Шептицкий прибыл в столицу нейтральной Швеции, откуда митрополит отправил благодарственные телеграммы с сердечными заверениями в верноподданнических чувствах австрийскому императору и Папе римскому. Одновременно он посылает на имя австрийского министра иностранных дел секретную информацию о положении в России.

Затем Шептицкий выехал в Швейцарию. Здесь, в городе Цицерс, он встретился с генералом ордена иезуитов Ледоховским. Граф Ледоховский по поручению папы Бенедикта XV выслушал доклад Шептицкого. На основании документов мы имеем возможность в основном воспроизвести содержание доклада Шептицкого «черному папе».

«…Пропаганду католицизма в настоящих условиях в России можно проводить легально и в широком масштабе. Решающую роль должна сыграть легализованная Временным правительством князя Львова грекокатолическая церковь в России. Временное правительство с сочувствием отнесется к большой и разумной акции католической и униатской церкви, особенно если эта акция будет способствовать борьбе с экстремистскими элементами.

Униатская церковь в России, возглавляемая моим экзархом Леонидом Федоровым, уже действует. Представляя униатскую церковь в России, он по приглашению правительства участвует в совещаниях по церковным делам, а это уже важная порука дальнейшего развития нашего дела. Что же касается Украины, то здесь события обещают богатую жатву для святой церкви уже теперь.

Власть на Украине находится фактически в руках украинского парламента, называющегося Центральной радой. Этот парламент действует пока в контакте с центральным Временным правительством исключительно для того, чтобы избежать анархии, к которой призывают экстремисты-большевики. В Центральной раде — разумные и влиятельные люди. Они не считают имперскую Австрию и Германию врагами своего народа… Будущее правительство Украины установит официальные отношения с апостольской столицей. Именно эти деятели содействуют работе священников-униатов. Необходимо немедленно подготовить верных людей, которые бы проповедовали слово божие среди народов Украины и России».

Через несколько дней после прибытия в Вену Шептицкий был приглашен к императору Карлу I. Почти два часа слушал император верноподданнический доклад митрополита. Карл I наградил главу униатской церкви за верную службу «цесарю и державе» орденом Леопольда с военным украшением.

Все униатские священники и местные светские власти в районе железнодорожных станций, через которые должен был проследовать из Вены во Львов митрополит, получили строгое указание прибыть с церковной процессией на указанную станцию для встречи митрополита и отдачи ему надлежащих почестей. Однако с наибольшей помпой готовилась встреча митрополита во Львове, где создавались специальные комитеты, писались воззвания, печатались статьи в газетах, произносились проповеди в церквях. На церемонию встречи император прислал своего личного представителя — эрцгерцога Вильгельма Габсбурга (позднее известного под именем Василия Вышиваного — кандидата австрийского правительства и украинских буржуазных националистов на пост «гетмана Украины»).

В период между двумя мировыми войнами униаты активно и быстро развивается в Западной Украине, на в 1939 году, после прихода советских войск и установления коммунистического режима на территории Западной Украины, греко-католическая церковь стала объектом пристального внимания НКВД. В то время НКВД открыто не препятствовал её деятельности при условии, что она не будет проводить антисоветской агитации.

Во время Второй мировой войны и после восстановления советского режима греко-католическая церковь подверглась гонениям со стороны государства в связи с тем, что она оказывала поддержку украинским националистам, поддерживала контакты с центром мирового католицизма

— Ватиканом, а митрополит Андрей Шептицкий одобрил направление каппеланов в подразделения 14-й добровольческой гренадерской дивизии СС. После восстановления советской власти на Западе Украины среди части греко-католического духовенства возникла так называемая «инициативная группа», которая призвала к упразднению унии между греко-католической церковью и Римом. В результате на Львовском соборе 8—10 марта 1946 года было принято решение о слиянии с Русской православной церковью. На Собор было приглашено 225 делегатов-священников, членов Инициативной группы, и 22 делегата от мирян из всех трёх греко-католических епархий (Львовской, Самборско-Дрогобычской и Станиславской), председательствовал доктор Гавриил Костельник.