В 1903 г. умер папа Лев XIII. Папой римским был избран Пий X, ориентировавшийся на Австро-Венгрию и Германию. Он вызвал в Рим главу униатской церкви, чтобы лично ознакомиться с настроениями в Галиции, а главное — обсудить положение в России и дальнейший план экспансии католицизма на Восток. Шептицкий во время рандеву с Пием говорил: «Мы стоим накануне великих событий. Греко-католическая церковь — это паперть, через которую многочисленные народы России должны войти в лоно святой католической церкви… Русский Восток — нива широкая, жнивья там много… Хватило бы только апостольских жнецов, чтобы охватить все жниво».

Доклад Шептицкого произвел на папу большое впечатление. Красноречивый митрополит добился успеха: Пий X, целиком поддержал все начинания Графа Шептицкого. После возвращения из Рима первой задачей униатского духовенства униатский митрополит считал подавление русофильских настроений среди верующих и духовенства Галиции. Одних русофильски настроенных униатов митрополит обрабатывал лично, других — заменял верными воспитанниками ватиканских коллегиумов, орденов иезуитов и василиан. Правда, памятуя о трагической гибели Ивана Наумовича, священники в большинстве своем симпатии к России вслух не высказывали.

В борьбе с русофильством Шептицкий опирался главным образом на иезуитов-василиан. Сеть василианских монастырей непрерывно росла. Теперь в Галиции вместо одного (в Добромиле) их насчитывалось уже около десяти. Одновременно митрополит организовывает также новые монашеские ордена и монастыри.

В подготовке к войне Шептицкий не ограничивается деятельностью на территории Галиции. Он посещает Буковину, Подкарпатскую Русь, районы галицийских эмигрантов в Пруссии, Дании, Канаде. Когда в 1910 году Шептицкий в канадском городе Ванкувере пытался произнести свою первую проповедь, эмигранты, среди которых не проводилась агрессивная украинизация, забросали Шептицкого гнилыми яблоками и тухлыми яйцами. Польскому графу пришлось ретироваться под возгласы: «Вон, изменник!»

С благословения митрополита Шептицкого в 1913 году во Львове было создано полувоенное формирование под названием «Украинские сичевые стрельцы» (УСС), куда привлекались наиболее идейно обработанные в украинском духе галичане. Такие же формирования стали возникать и в других местах. За один год в Галиции возникло 94 товарищества УСС.

В июле 1914 г. в столице Австро-Венгерской империи происходило тайное совещание, которое «решало судьбу Украины». Проводил его министр иностранных дел граф Бертхольд. На совещание пригласили в качестве «представителя» Украины митрополита Андрея Шептицкого.

По предложению австрийского генштаба, согласованному с Германией, совещание утвердило план действий по «украинскому вопросу». Предусматривалось создание так называемой «Главной украинской рады», «Союза освобождения Украины», специальных украинских частей в австрийской армии под названием «Украинские сичевые стрельцы».

19 июля (1 августа) 1914 г. Германия объявила войну России. После этого Митрополит Шептицкий издал воззвание, в котором говорилось:

«Победа Австро-Венгерской монархии будет и нашей победой. Чем крупнее будет поражение России, тем скорее пробьет час освобождения Украины. Украинская общественность должна отдать все свои материальные и моральные силы для того, чтобы исторический враг Украины был разбит!». С разрешения австрийского генерального штаба сичевым стрельцам было вручено желто-голубое знамя, которое в присутствии униатских капелланов собственноручно освятил Шептицкий — «отец украинской нации», как стали его называть националисты. Он благословил стрельцов на смерть за австрийского императора и «христова наместника на земле» — Папу римского.

21 августа 1914 года митрополит обратился с пастырским посланием к верующим пограничных сел, в котором призывал к войне с Россией, ибо униаты «идут в бой за святую веру… божьей милостью связаны с австрийской державой и династией Габсбургов».

В Галиции спешно производились аресты всех подозреваемых в русофильстве. Десятки тысяч человек были брошены в концлагеря Талергоф, Терезин и другие, где они находились в ужасающих условиях. А «духовный отец украинской нации» Шептицкий, член галицийского сейма и австрийского парламента, даже не пытался облегчить участь своей паствы. Наоборот, он одобрял террор австрийских жандармов.

Но вдруг ситуация стала меняться. 5 августа 1914 г. на юго-западном фронте русские войска перешли в наступление. Галиция превратилась в арену кровопролитных боев, известных под названием «Галицийская битва», в которой австро-венгерские войска потерпели поражение. О его размерах, так же как и об истинном настроении массы сичевых стрельцов, можно судить по письму Станислава Шептицкого (генерала и начальника штаба 2-го корпуса австрийской армии) к своему брату митрополиту Шептицкому.

«Русские наступают, — писал генерал. — Мы терпим поражение. Происходят жестокие бои в районе Гнилой Липы. Твое холопское войско, твои УСС (Украинские Сичевые Стрельцы) боев еще не видели, но известно, что они собираются «доблестно» сдаться в плен москалям. Надежды удержать русских нет. Галиция может пасть.».

Военная ситуация на востоке складывалась не в пользу Австро-Венгрии. «Непобедимая» армия императора Франца Иосифа панически отступала в глубь Галиции. Русские войска освободили Львов. Шептицкий остался во Львове. В первые дни прихода русских войск глава униатской церкви присматривался к обстановке. Через свою разведку изучал поведение и намерения русских военных властей, офицеров, солдат, настроение местного населения, верующих, духовенства. Неприятной неожиданностью для Шептицкого было то, что многие галичане с искренней доброжелательностью отнеслись к солдатам из России. И совсем уже поразило униатского владыку то, что многие галичане считали их своими братьями и радовались их приходу.

Возмущенный митрополит в первую же неделю пребывания русских войск во Львове выступил с воинственной проповедью в Успенской церкви. Он демонстративно проклял тех, кто приветствовал приход русских войск, и призвал галичан не забывать о своей обязанности как перед императорским, так и перед апостольским престолом.

Униатская церковь возложила на наиболее надежных священников выполнение задач весьма далеких от служения богу. Все эти пропагандисты и шпионы стали заводить знакомства среди солдат и офицеров русской армии и всячески разлагать боевые части, втираясь в доверие к воинам, собирать сведения о настроении армии, политическом положении в России, а также военно-разведывательную информацию. Одновременно велся учет всех «изменников»-галичан, радостно приветствовавших русские войска.

Хотя Шептицкий давно был известен русской контрразведке как австро-немецкий шпион, его вначале не беспокоили. Но видя, что активность Шептицкого все возрастает, командование решило положить конец его подрывной деятельности. 12 сентября 1914 г. в резиденции Шептицкого был произведен обыск, а 19 сентября митрополита вывезли из Львова в салон-вагоне в сопровождении его духовника, ректора униатской семинарии Боцяна, личного секретаря монаха Гродского и слуги. В Киеве митрополита поселили в «Континентале», лучшей гостинице города.

Проанализировав свое положение, Шептицкий сделал то, чего от него никто не ожидал. Он обратился к царю Николаю II с приветственным посланием, в котором выражал свою «радость» по поводу побед российской армии и воссоединения Червоной Руси с Россией. Он писал, что «трехмиллионное русское население Галиции с радостью приветствует русских воинов как своих братьев». Склоняясь перед царем, «православно-католический галицко-русский митрополит» — так именовал себя Шептицкий — заверял, что он в любой момент готов с «любовью к императорскому величеству и святой Руси положить свою жизнь на жертвенный алтарь».

Сначала царское правительство намеревалось оставить униатского митрополита в Киеве как интернированное лицо, но, детально ознакомившись с его делом, приказало перевезти Шептицкого в Нижний Новгород. Однако и здесь он пытался подыскивать единомышленников среди местного населения и создавать тайные униатские приходы. Разумеется, об этом полиция уведомила вышестоящее начальство и получила указание отправить поднадзорного митрополита в Курск. В защиту Шептицкого выступили его высокопоставленные покровители из числа приближенных австрийского и немецкого императорских дворов. Принимал меры к освобождению Шептицкого и испанский король Альфонс. Но наиболее активно действовал Ватикан. Апостольская столица использовала арест униатского митрополита для компрометации русского правительства и разжигания ненависти среди верующих к русским.