Весной 1596 г. князь Острожский и возглавляемая им значительная часть православной шляхты подали королю Сигизмунду III протест против унии и требовали, чтобы король отстранил от должностей митрополита и епископов-униатов, а на их место назначил православных. Однако король ходатайство сторонников православия оставил без внимания и решил довести дело унии до конца. А чтобы подкупить митрополита и епископов, передал им в вечное пользование новые монастыри и богатые имения.

Для завершения и провозглашения унии был созван специальный собор в Бресте. Хотя митрополит Рагоза объявил, что собор начнётся 8 октября 1596 года, на самом деле он начался на два дня раньше. Этот манёвр был рассчитан на то, что униаты-епископы смогут закончить дело келейно ещё до того, как на собор съедутся противники унии — их решили поставить перед свершившимся фактом.

На собор своевременно прибыли: главный организатор унии Пётр Скарга с тремя иезуитами, митрополит Рагоза, архиепископы Полоцкий, Владимиро-волынский и Пинский, представители папы римского и три представителя польского короля. Отсутствовали, разумеется, противники унии — многочисленная группа православных во главе с князем Острожским, Львовским и Перемышльским епископами, представитель вселенского константинопольского патриарха Никифор и представитель александрийского патриарха Кирилл.

Униаты вместе с католическими епископами и королевскими представителями собрались в Николаевской церкви. За закрытыми дверями выработали тактику в отношении сторонников православия. Было решено пригласить их на собор только в том случае, если православные согласятся не выступать против унии.

Прежде всего, надо было уговорить князя Острожского. Эту задачу взял на себя Пётр Скарга. Однако князь отверг какое бы то ни было соглашение с униатами и иезуитами. Униаты ответили репрессиями. Митрополит Рагоза в грамоте предал проклятию противников унии, лишил сана православное духовенство, отлучив его от церкви, и сообщил, что церковные должности будут переданы только тем, кто признает единение с католической церковью. По приказанию королевских представителей собор закончили быстро, и уже не в Николаевской церкви, а в католическом костёле, где митрополит Рагоза и епископы приняли католическоуниатское вероисповедание и присягнули на верность папе римскому.

В заключение состоялось совместное богослужение униатов и католиков, по окончании которого иезуит Пётр Скарга произнёс речь «О единстве церкви божией под единым пастырем».

Униатская церковь признала основные догматы католицизма и власть папы римского, сохранив лишь православную обрядность. Эта уступка православию была продиктована необходимостью считаться с отрицательным отношением православных к католической церкви, проявить известную гибкость, чтобы добиться подчинения православной церкви Ватикану.

Заключив унию с епископами православной церкви, Ватикан потребовал от униатского духовенства соблюдения только главных положений католицизма: безусловного признания главенства папы над униатской церковью и поминовение его во время богослужений, а в части исповедания веры — признания, что Святой Дух исходит от Бога-отца и Бога-сына. В обрядовом же отношении для привлечения широких масс верующих униатской церкви было разрешено придерживаться старой православной практики богослужения и обрядности при совершении религиозных таинств причащения, крещения, покаяния, миропомазания и так далее.

Православное духовенство, подписавшее Брестскую унию, значительно укрепило своё привилегированное положение на Правобережной Украине. Польша гарантировала неприкосновенность богатств униатской церкви так же, как и владений униатских магнатов.

В конце XVI — первой половине XVII века в ответ на усиление национально-религиозного и социального гнета в Юго-западной Руси прокатилась широкая волна казацко-крестьянских восстаний. В результате приведших к проведению 8 января 1654 года Переяславской Рады и воссоединению двух частей Руси. После этого на большей части малороссийских земель очаги униатства были ликвидированы.

Но на западнорусских землях, которые остались под властью королевской Польши, воинствующие католики решили окончательно уничтожить православие. Не прекращая жестоких гонений и преследований православных верующих и духовенства, правительство Польши по требованию Ватикана издало в 1667 году постановление, по которому униатское духовенство «на вечные времена» уравнивалось в правах с католическим духовенством и шляхтой. Новым постановлением 1668 г. все перешедшие из униатства в православие лишались «защиты сеймовой конституции», т. е. фактически были поставлены вне закона. В 1676 г. польский сейм постановил запретить православным, в том числе и епископам, под страхом смертной казни и конфискации имущества сноситься с высшей православной церковной властью в лице константинопольского патриарха.

Между Россией и Польшей в 1686 г. был заключён «Вечный мир», по которому Левобережная Малороссия, Запорожье, а также Киев были признаны территорией Великой Руси; Правобережная Малороссия отошла к Польше. По этому договору Польша обязалась не чинить препятствий православному вероисповеданию западноруссов на закреплённых за ней землях.

Однако сразу же после подписания мирного договора иезуиты и униаты при поддержке польского короля Яна Собеского начали организовывать погромы православных. Используя поддержку королевской власти, они насильственно отбирали у православных церкви, разоряли и грабили их. Польский король Ян Собеский служил образцом воинствующего католика для магнатов, шляхты и чиновников. Он открыто заявил о необходимости карать смертью непокорных православных, «чтобы они в дальнейшем унии не противились».

В конце XVII — начале XVIII в. православные епархии Правобережной Малороссии, во главе которых находились ставленники иезуитов, начали переходить в униатство. В 1692 г. стала униатской Перемышльская епархия, в 1700 г. — Львовская епархия. Чтобы обратить в униатство одновременно всю епархию, львовский епископ Шумлянский созвал во Львове «собор» подвластного ему духовенства. Священники не отважились открыто выступить против епископа, однако верующие в парафиях отказались перейти в униатство. Тогда епископ Шумлянский вызвал отряд польских солдат и вооружённой силой, издевательствами и пытками обратил непослушных в униатство. Через два года перешла в униатство Луцкая епархия во главе с епископом Жабокрицким. Папа римский и иезуиты торжествовали победу.

Вся территория современной Западной Украины попала в духовный плен римских первосвященников…

В начале XVIII века оккупационная польская власть практически уничтожила 700-летнее православие на землях Галицкой Руси, предложив вместо него узнаваемый по форме, но полностью изменённый по содержанию эрзац, который местному населению было предложено считать чем-то своим родным.

После трёх разделов Речи Посполитой территория современной Галиции оказалась в руках австрийских Габсбургов, которые, в отличие от поляков, проводили более тонкую национальную политику в своей «лоскутной империи» и чётко координировали действия с Ватиканом. В последней четверти XIX века начинают осложняться отношения между Австро-Венгрией и Германией с одной стороны и Россией с другой. Униатский священник И. Рудович писал: «В начале 1888 г. война России с Австрией казалась неминуемой… Бывший немецкий посол в Петербурге канцлер Бисмарк следующим образом оценивал украинский вопрос: чтобы удержать равновесие и мир в Европе, необходимо создать независимую Украину. Отрыв Украины был бы самой тяжёлой ампутацией для России».

Сориентировавшись в сложной политической обстановке, Папа Лев XIII решил использовать её для расширения сферы влияния и укрепления униатской церкви. С этой целью он поднял вопрос о создании греко-католического патриархата во Львове и поручил Конгрегации по пропаганде веры разработать план этого нововведения. Неизменно проявляя заботу об униатах, папа приказал найти и подготовить соответствующего кандидата на «патриарший престол». Им должен был стать человек, способный осуществить начертанную Ватиканом программу действий на Российском Востоке.