Учитывая неудачные попытки открытого обращения в католичество народов Руси, римская церковь решила проводить его в форме унии православной церкви с католической. Подготовка унии иезуитами велась в двух направлениях: дезорганизацией, дискредитацией православной церкви и широкой пропагандой союза с Римом.

Польские короли, боясь влияния Великой Руси через православную церковь на угнетённых ими западноруссов, не раз пытались создать независимую от Москвы митрополию с центром в Киеве. На должности высших православных иерархов — митрополита и епископов — в подъяремной Западной Руси польские короли часто назначали людей, дискредитировавших православную церковь в глазах верующих.

Так, например, в 1583 году киевским митрополитом стал двоеженец Онисифор Девочка. Он разрешил жениться всем своим епископам, назначал священниками двоеженцев и троеженцев, что запрещалось законами православной церкви под страхом отлучения. Митрополит Онисифор и большинство его епископов вызвали своим поведением такое возмущение среди верующих, что король вынужден был просить прибывшего в 1589 году в Польшу константинопольского патриарха Иеремию снять Онисифора и посвятить в митрополиты человека, «выдвигаемого русской шляхтой».

Им оказался тайно подготовленный иезуитами епископ Михаил Рагоза. Под давлением польского короля патриарх Иеремия посвятил Рагозу в сан митрополита — несмотря на то, что был осведомлен о недоверии православных к Рагозе из-за его связей с иезуитами. Чтобы предупредить неблаговидные поступки сомнительного митрополита, сразу же после посвящения его, вопреки церковной практике, патриарх назначил в киевскую митрополию своего экзарха (наместника) в лице луцкого архиепископа Кирилла Терлецкого и дал ему права, ставящие его выше митрополита.

Между тем Кирилл Терлецкий сам имел тесные связи с иезуитами. Фактически им руководил католический епископ Мацеевский, впоследствии возведённый папой в сан кардинала за заслуги в создании унии. Таким образом, всесильные иезуиты добились, что во главе православной церкви в Белой и Малой Руси были поставлены их агенты — Рагоза и Терлецкий.

В XVI веке пропаганда идеи унии церквей приобрела большой размах. Руководитель иезуитов в Польше Пётр Скарга в 1577 г. издал книгу «О единстве церкви божией под единым пастырем», посвятив её князю Острожскому. Привлечению этого князя к унии Папа придавал большое значение. Иезуиты начали окатоличивание и ополячивание русских и литовцев с их политической элиты — магнатов и шляхты. В Вильно была организована иезуитская академия, в которой обучалось до 700 слушателей.

Если в отношении православной шляхты иезуиты применяли метод прямого окатоличивания, то для широких масс западнорусского народа, активно сопротивлявшегося прямому окатоличиванию, был применён другой метод — уния православной церкви с католической при сохранении православной обрядности. Эти меры преследовали главную цель: разорвать связь русских Речи Посполитой с их исторической Родиной и религиозным центром — с Великой Русью.

В 1589 году в Москве наконец-то был создан русский Патриархат, что вселяло чувство надежды на скорейшее освобождение у всех русских, проживавших на оккупированных поляками территориях. Прибывший в Москву константинопольский патриарх Иеремия посвятил в патриархи всея Руси митрополита Иова. Это событие подстегнуло иезуитов и короля Польши Сигизмунда III к решительным действиям по скорейшему обращению в униатство западных русских.

Иезуит Антонио Поссевино писал Папе Римскому: «Кажется, выгоднее будет постепенно обращать русских в католическую веру, разрешив им придерживаться своих обрядов и богослужения, а в дальнейшем уже убедить их принять обрядность римской церкви».

Настаивая на официальном провозглашении унии с католицизмом, иезуиты от имени польского короля обещали православным иерархам уравнять их в правах и привилегиях с католическим духовенством Польши и даже допустить их в сенат. Униатской шляхте обещали предоставить право занимать государственные должности, а мещан-униатов уравнять в правах с католиками.

В 1590 г. иезуиты добились, что три православных епископа во главе с Кириллом Терлецким постановили присоединиться к католической церкви. Король Сигизмунд III в секретной грамоте от 18 мая 1592 года хвалил ревностность епископов, согласившихся на унию, и дал королевское слово оберегать их честь и прерогативы.

В 1592 г. на место умершего епископа Мелетия Владимирского выбран был Ипатий Потей, ревностный сторонник унии. Потей, воспитанник Краковской иезуитской коллегии, был сперва кальвинистом, затем перешёл в православие но тайно ратовал за католицизм. Ипатий сразу сошелся с тайными униатами-архиереями и сделался главным среди «тайных униатов».

В июне 1593 г. князь Острожский, не знавший о тайных замыслах Ипатия, стал советовать Потею сговориться с митрополитом и другими православными архиереями, чтобы они поехали в Москву просить царя и русское духовенство «стараться, чтобы больше Церковь Христова смуты, а народ русский такого гонения и ослабления, не терпели» и рассказать в Москве, какому давлению подвергается православие со стороны латинян. Естественно, Потей отклонил предложение князя ехать к царю.

В мае 1594 г. епископ Кирилл Терлецкий наконец-то решил открыться и объявил своей изумленной пастве, что уния уже состоялась и что Потей и он по приказу Сигизмунда III едут в Рим к «Апостольскому Наместнику Папе».

12 июня 1595 года Терлецкий и Потей на первом соборе епископов в Бресте составили письмо к Папе Римскому с просьбой присоединить их к католической церкви. 26 сентября того же года они, получив от короля (при посредничестве Петра Скарги) деньги на дорогу, выехали в Рим. Через три дня после прибытия в апостольскую столицу они были приняты папой Клементом VIII.

25 декабря 1595 г. в Ватикане состоялось торжественное «завершение унии». В присутствии кардиналов, епископов, католического духовенства и иностранцев в зале, в котором с великими почестями принимались только повелители стран, короли и князья, папа принял Терлецкого и Потея. После вручения письма о принятии в лоно католической церкви, составленного на первом соборе епископов в Бресте, Терлецкий и Потей провозгласили и подписали «исповедь веры», разработанную для униатов, и присягнули папскому престолу. В заключение папа Клемент VIII, высказав «великую радость по поводу возвращения русинов в лоно католической церкви» и призвав их к послушанию папскому престолу, санкционировал униатам богослужение по православному обряду.

После торжественного провозглашения унии Клемент VIII издал послание, обязывающее митрополита Рагозу созвать на своих землях собор всех епископов, которые должны были принять униатскую «исповедь веры» и присягнуть римскому престолу. Кроме того, папа написал личное письмо королю Сигизмунду III с просьбой уравнять в правах униатское духовенство с католическим и убеждал короля в необходимости дать униатским епископам и митрополиту «достоинство сенаторов». «Благодаря этому, — писал папа, — возникнет большее уважение к ним народа… а святая уния глубже пустит корни».

Несмотря на усилия изменников-епископов протест православных против унии стал разрастаться с новой силой. Против унии выступило и низшее православное духовенство, открыто называя изменниками митрополита Рагозу и епископов. В этих условиях на Правобережной Украине началось первое большое восстание русского народа под руководством Лободы и Наливайко против магнатов, шляхты и воинствующего католицизма. Движение носило ярко выраженный религиозный характер. Отряды Наливайко и Лободы нападали на имения униатской шляхты. Недаром иезуиты и униаты называли православных, которые не покорялись унии, «наливайковской сектой».

…Казацко-крестьянские восстания и протесты против унии напугали митрополита Рагозу и епископов-униатов. Митрополит вынужден был даже несколько раз выступить с публичными заявлениями о том, что он будто бы не признает унию. Львовский епископ Балабан также категорически отрицал своё участие в переговорах об унии. Вслед за львовским епископом Балабаном отрёкся от унии и перемышльский епископ Копистенский.