Таким образом, меченосцы прекратили своё существование, а все их земли перешли к Тевтонскому ордену, составив его Ливонскую провинцию (другими провинциями ордена были Сицилия, Германия и Пруссия). Шестьдесят рыцарей тевтонского ордена были отправлены в Ливонию, где учредили ливонскую ветвь Тевтонского ордена — Ливонский орден. Ливония была обустроена по образцу прусской провинции, получила своего провинциального магистра Германа Балке, свой провинциальный капитул, своих орденских командоров и фогтов.

Ливонский орден признал, по крайней мере на словах, свою зависимость от местных епископов. Но поскольку в Пруссии, одинаковое устройство с которой получила и Ливония, орден был не зависим от местной духовной власти и епископы были ему подчинены в гражданском управлении, то вскоре провинциальные ливонские магистры стали тяготиться своим подчинением епископам и захотели перенять прусский порядок и в отношениях с духовной властью. Это явилось зародышем раздора между светской и духовной властью, между орденом и епископами и впоследствии вылилось в открытую вражду.

Орден выполнил и третье условие папы. 7 июня 1238 г. магистр Герман Бальке прибыл в Стенби (Дания) и совершил, в соответствии с существовавшими трактами, уступочный акт. По нему Эстония с Ревелем (впоследствии Эстляндская губерния Российской империи) отошла к Дании.

После покорения прибалтийских племён крестоносцами территория Прибалтики становится наиболее выдвинутым аванпостом немцев, скандинавов и папы Римского против православной Руси. Обосновавшись на прибалтийских землях, немцы формируют антирусский блок вместе с Данией и Швецией, которая к этому времени покорила финские племена и жаждала захватить новгородские земли и Карелию. Под руководством папы был задуман новый крестовый поход для покорения русских земель. Надежды на успех этого предприятия связывались с татаро-монгольским фактором: русские князья были вынуждены противостоять нашествию на Русь в 1237 г. хана Батыя.

В 1240 г. шведы, немцы и датчане начали одновременно с нескольких сторон наступление на Новгород и Псков. Но 15 июля 1240 г. шведские войска были разгромлены на берегу Невы русскими дружинниками во главе с новгородским князем Александром Ярославичем, прозванным за эту победу Невским. Однако этот решительный отпор не остановил набеги захватчиков (в том числе с привлечением эстонских старшин и их войск) на Псков, Изборск, Вольскую землю. Летом 1241 г. русские войска перешли в контрнаступление, в результате которого неприятель был отброшен за реку Нарву, а в начале 1242 г. был освобождён и Псков. Затем, 5 апреля 1242 г., последовал разгром немецко-датских агрессоров войсками Александра Невского на Чудском озере. Эта победа сохранила независимость новгородско-псковского государства и приостановила натиск западных сил на Восток. В то же время превращение Ливонии в провинцию Тевтонского ордена означало поражение Руси в её борьбе за выход к Балтийскому морю, так успешно начатой Ярославом Мудрым.

Ливония никогда не была монархией, потому что не имела монарха. Она не была и республикой, поскольку в ней не было граждан. Она была не что иное, как немецкая колония, в которой колонисты, разбившись на корпорации, гораздо больше заботились о своих личных и корпорационных выгодах, чем о благе и прочности своей колонии. Утвердившись в крае огнём и мечом (на это потребовалось не более 25 лет, т.е. со дня основания Риги в 1201 г. до штурма Юрьева в августе 1224 г.), колонисты, несмотря на проповедь религии любви и монашеские обеты орденских рыцарей, вскоре своими действиями обнаружили, что главной их целью было обеспечить для себя выгодное, прочное и обильное кормление. И это показал предпринятый ими делёж земель между епископами и орденом и закабаление местного населения.

Вся Ливония делилась на две части: собственно Ливонию (впоследствии Лифляндская и Курляндская губернии Российской империи) и Эстонию (впоследствии Эстляндская губерния Российской империи). Земли собственно Ливонии были разделены на следующие области: 1) архиепископство Рижское; 2) епископство Дерптское; 3) епископство Эзельское (названо по о. Эзелю, эстонское название Сааремаа); 4) епископство Курляндское. В каждом из этих епископств ливонская отрасль Тевтонского ордена имела на своё содержание определённую часть земель: в рижском и эзельском епископствах — одну треть, в дерптском — половину, в курляндском — две трети (включая Мемель). Из этих земель составилась пятая область: Ливонская провинция Тевтонского ордена.

Эстонская часть Ливонии, состоявшая из округов Гарриен и Вирланд, первоначально находилась во власти датских королей, затем в течение непродолжительного времени контролировалась меченосцами, а после соединения орденов была возвращена датчанам. Учреждения Эстонии несколько отличались от общеливонских. Так, высшее провинциальное управление находилось в руках королевского наместника и состоявшего при нём земского совета из 12 человек (по шесть человек от каждого округа). В 1347 г. Эстония была продана Тевтонскому ордену и включена в состав его земель в виде особой области, сохранившей своё прежнее устройство и в некотором смысле отличавшейся от других областей Ливонии. Это отличие было зафиксировано шведами, когда Ливония подпала под их власть. В период их владычества Эстония фигурировала под официальным названием «Княжество эстов в Ливонии».

Вместе с Эстонией под контроль Тевтонского ордена перешло и ревельское епископство, учреждённое Вальдемаром II. Впоследствии ревельское епископство стало более независимым, а сам ревельский епископ, как и прочие ливонские епископы, был признан имперским князем и властителем обширных епископских областей.

Разделение власти между епископами и орденом отражало порядок вещей, сложившийся между папой Римским и императором Священной Римской империи немецкой нации. Согласно Генриху Латышскому, папы считали Ливонию своим достоянием по праву повелителей римско-католического мира. Посредством булл они отдавали епископам распоряжения по управлению Ливонией. Те в свою очередь действовали с предварительного согласия и утверждения пап. Для этих целей они держали в Риме своих прокураторов в качестве ходатаев перед папским престолом. На своём уровне каждый епископ управлял своей областью самостоятельно, но в делах церковных все ливонские епископы подчинялись архиепископу Рижскому, который первенствовал среди них.

Немецкие императоры считали себя наследниками древних цесарей и потому — светскими главами всего христианского мира. На этом основании они рассматривали Ливонию в качестве ленной провинции Священной Римской империи немецкой нации и присвоили себе (включая своих наследников) право верховной державной власти над Ливонией. В соответствии с таким статусом они давали епископам и ордену жалованные грамоты, подтверждали их местную державную власть в виде имперского лена, возводили архиепископов и епископов (а потом и орденских магистров) в сан имперских князей, обещая им своё покровительство.

Подобная зависимость местных властей от пап и германских императоров только способствовала раздорам между епископами и орденом и впоследствии выступила основным фактором слабости Ливонии.

Тевтонский орден недолго оставался в ленной зависимости от епископов. Сначала он присвоил себе полную державную власть над принадлежавшими ему в Ливонии землями, потом вступил в борьбу с архиепископом Рижским и, одержав победу над ним, расширил пределы своих территориальных владений, приобретя главенство над всеми ливонскими епископами.

В ходе борьбы светской и духовной властей возникла и третья власть, а именно власть городских общин.

Вся Ливония являлась ареной бесконечной борьбы партий, и потому за 350 лет своего самостоятельного существования она, не став ни монархией, ни республикой, так и не обрела внутренней устойчивости. В отсутствие политической связи между ливонскими областями роль временных скрепов играли общие съезды. На них обсуждались вопросы, касавшиеся всех областей, например меры по сохранению мира, ведение войны против общего неприятеля. С половины XV столетия помимо епископов и сановников ордена на съезды стали приглашаться вассалы. К этому времени они настолько усилились, что орден и епископы в своей междоусобной борьбе были вынуждены искать их помощи. Съезды с участием вассалов стали называться ландтаги (Landtag, Gemeiner Landes Tag, gemeine Tages Leistung, gemeiner Tag).