Сопротивление немцам оказывали и литовцы, хотя их земли ещё не были затронуты вторжением крестоносцев. Одновременно они продолжали осуществлять набеги на Полоцкое княжество и других соседей.

В конце 1206 г. ливы были покорены. В апреле 1207 г. епископ Альберт прибыл ко двору короля Филиппа и объявил ему о завоевании Ливонии для Священной Римской империи немецкой нации. Ливонию Альберт получил от короля обратно в виде лена и стал таким образом имперским князем. В 1208 г. князь Вячко сжёг свой замок и ушёл с дружиной на Русь, чтобы оттуда продолжить борьбу с немецкими завоевателями.

После покорения ливов крестоносцы двинули свои силы на завоевание эстонских земель, но встретили неожиданно упорное сопротивление. Борьба шла с переменным успехом. Несмотря на более передовое вооружение и постоянный приток в орденские и епископские войска всё новых и новых пополнений из германских земель, немцы не смогли одержать быстрых и убедительных побед. Сила была на стороне немцев, но эстонцам, благодаря присущей им воле к сопротивлению, удавалось довольно долго сдерживать натиск агрессоров. Например, победой на реке Юмера над орденскими войсками (1210 г.) и шестидневной обороной крепости Вильянди, закончившейся перемирием (1211 г.), эстонцы до того напугали рижских купцов, что они не отважились предпринять весной свои обычные торговые поездки в Псков и Новгород через юго-восточную Эстонию. Предпринятая зимой 1216 г. попытка овладеть через замёрзшие проливы островом Сааремаа окончилась неудачей: немцы были разбиты сааремааским ополчением и обращены в бегство. При этом многие закованные в броню рыцари, вынужденные спасаться стремительным бегством, валились замертво от изнеможения.

И всё же немцы шаг за шагом продвигались вперёд. Они оставляли после себя разграбленные и выжженные дотла деревни, обезлюдившие местности. Жестокость с обеих сторон была возмутительной. На войне по примеру туземцев немецкие рыцари убивали мужчин, а женщин и детей брали в плен. Насильственное обращение язычников в христианство вызывало среди прибалтийских племён такую духовную ломку, что она оборачивалась всплеском адской жестокости не только в отношении священников, но и собственных земляков, принявших христианскую веру. Так, в 1206 г. многих ливов-христиан их же земляки разорвали на части. В другой раз взятых в плен немцев, ливов и латгалов эстонцы-язычники частью зажарили живыми, частью распяли. В общем, борьба шла не на жизнь, а на смерть. И речь нередко шла о смерти мученической как на одной, так и на другой стороне.

В 1215—1216 гг. крестоносцам удалось подчинить своей власти ряд эстонских земель: Уганди, Сакала, Соонтага. В городище Отепя (земля Уганди) немцы создали свой первый на эстонской территории укреплённый опорный пункт. Помимо принятия христианства и уплаты церковной десятины жители Уганди были обязаны строить укрепления и нести воинскую повинность. В начале 1217 г. их ополчение уже участвовало в набегах епископского и орденского войска как на эстонские земли, так и на русскую территорию. То есть, Уганди стала первой эстонской землёй, жители которой встали в ряды крестоносцев, как это прежде сделали ливы и латгалы.

Эстонцы начали понимать, что только собственными силами, без союза с Новгородом и Псковом, им не одолеть «железных рыцарей». К этому времени произошли и существенные изменения в западной политике Новгорода и Пскова. Первоначально политика Новгорода в восточной Эстонии сводилась к мерам подтверждения своей власти (военные походы и сбор дани в 1209 и 1210 гг.). Чтобы создать политические трудности на пути продвижения крестоносцев, избравших в качестве предлога своей экспансии обращение язычников в христианство, русские князья и бояре также стали крестить население в тех местах, где собирали дань. Такая политика на первом этапе войны препятствовала развитию военно-политического сотрудничества между эстонскими землями и Новгородом и Псковом.

Объединению сил местного населения с русскими всячески препятствовали и немцы. Так, чтобы нейтрализовать князя Полоцкого, епископ и орден признали за ним право собирать дань с ливов, живших по Западной Двине. Кроме того, они пытались привлечь на свою сторону псковских бояр и купцов, используя их заинтересованность в торговле с Ригой. Епископу Альберту удалось даже через своего брата породниться с псковским князем Владимиром и удержать его на время от выступления против немцев. За политику, ущемляющую интересы Руси, Владимир был временно изгнан из Пскова.

Когда же епископские и орденские войска подчинили своей власти южную Эстонию и оттуда стали совершать набеги на новгородскую землю, Новгород и Псков активно включились в борьбу эстонцев с агрессорами. Осада и победоносный штурм немецкого укреплённого пункта Отепя, осуществлённые в феврале 1217 г. совместными усилиями новгородцев, псковичей и эстонцев (в том числе и крещёных), показали целесообразность и эффективность русско-эстонского военного сотрудничества. Немцы были выбиты не только из Отепя, но и потеряли власть над прежде завоёванными землями (Сакала, Соонтага и Ярва).

Епископ Альберт, чтобы не потерять своих завоеваний, был вынужден поспешить в Германию за новым подкреплением. Летом того же года в Ливонию прибыло большое число крестоносцев.

В ответ старейшина земли Сакала Лембиту бросил боевой клич по всей Эстонии, и к нему стали стекаться тысячи воинов. Кроме того, с богатыми дарами (в традициях того времени) эстонцы отправились в Новгород и получили обещание новгородского князя Святослава прийти к ним на помощь с большим войском.

Епископ и орден, чтобы опередить прибытие русских войск, выступили первыми и 21 сентября 1217 г. на подступах к Вильянди одержали победу. Лембиту пал в бою, а его отрубленную голову немцы увезли с собой в Ригу.

И всё же немцы чувствовали себя неуверенно на эстонской земле. На завоёванные ими территории эстонцы продолжали вторгаться и с суши, и с моря (с острова Сааремаа). Более того, самое активное участие в противодействии немецким территориальным захватам стали принимать и русские войска. Так, в 1218 г. новгородцы и псковичи дали сражение крестоносцам на берегу Вяйке-Эмайыги и вынудили войска епископа и ордена к отступлению.

К 1219 г. епископ Альберт, неуклонно покоряя земли прибалтийских племён и отражая нападения русских, распространил свои владения до северной Эстонии и Финского залива. Однако здесь он встретил со стороны эстонцев сопротивление столь сильное, что был вынужден привлечь военного союзника. Таким союзником стала Дания, в ту пору сильное государство, владения которого простирались до северной Германии (включая Любекскую гавань) и южной Швеции.

Воинственный датский король Вальдемар II ответил согласием на приглашение Альберта к совместным завоеваниям и летом 1219 г. во главе большого войска высадился на эстонский берег. Теперь с крестом и мечом на эстонцев наступали, с одной стороны, немцы а, с другой — датчане. При дележе захваченных земель и распределении сфер влияния между «союзниками» происходили постоянные стычки. Поскольку крещение являлось фактически признаком покорения соответствующих территорий, немцы и датчане ссорились между собой за право крещения местного населения. Нередко дело доходило до того, что датские завоеватели крестили заново уже окрещённых немцами эстонцев. Чтобы ослабить сопротивление коренного населения, завоеватели делали ставку на политическую раздробленность эстонской территории и натравливали старейшин и жителей земель друг на друга. В конечном итоге Вальдемар II овладел северной Эстонией. К 1220 г. вся материковая часть Эстонии была покорена захватчиками.