Одна из городских зарисовок, оставленных Байроном, описывает маленькое, пребывающее в постоянных дебатах общество самоуверенных иностранцев, пренебрежительно отзывающихся о греках. «Среди различных иностранцев, осевших в Афинах, будь то французы, итальянцы, немцы или граждане Рагузы, не существовало разницы во мнениях относительно греческого характера, хотя по любому другому вопросу тут же возникали язвительные споры». Артистичный и цивилизованный Фовель, проживший в Афинах тридцать лет, заявлял, что греки не заслуживают освобождения, и обосновывал это их «национальной и личной развращенностью». Французский купец заявлял, что они такой же сброд, какими были во времена Фемистокла. Байрон возражал против подобных оценок, доказывая, что «вина» греков обусловлена их положением и независимость вылечит их.

Через несколько недель в записи, помеченной: «Францисканский монастырь, 23 января 1811 года», Байрон идет в своих рассуждениях еще дальше:

Свободное государство — именно в это превратилась Греция в ходе войны за независимость. Но Байрону не суждено было этого увидеть. Поэт навсегда покинул Афины в мае 1811 года. Его возвращение в Грецию через Кефалонию в 1823-м закончилось в Миссолонги в апреле 1824 года смертью от лихорадки, личные доктора Байрона убили его, постоянно, почти до самой смерти пуская ему кровь. В Афинах в честь Байрона назвали улицу в Плаке, захудалый приход у подножия Гиметта и футбольную команду. Еще в Афинском университете раньше была ставка Байроновского профессора английского языка.

Когда Байрон умирал в Миссолонги от лихорадки, Афины стали одним из главных очагов войны между греками и турками. Вскоре после начала войны в марте 1821 года греческие повстанцы осадили Акрополь, но осада была снята в июле турецким командиром Омером Врионисом, люди которого нанесли грекам жестокое поражение, оттеснив их на равнину во время вылазки или «греческой охоты». После того, как в ноябре Омер отступил, попытки греков взять Акрополь успехом не увенчались. Укрепления доказали свою мощь. Греки пытались брать цитадель штурмом с юго-западной стороны, подводили мины, проводили артиллерийские обстрелы. Наконец голод и недостаток воды в июне 1822 года заставили турок сдаться, и то лишь после того, как грекам удалось испортить воду в колодце в южной части Акрополя.

После сдачи турецкого гарнизона на почетных условиях половину пленных турок перебили. В той жестокой войне подобный случай был не последним. Уцелевших эвакуировали на иностранных транспортных судах. Взятием Акрополя руководил отставной капитан Одиссей Андруцос, командующий греческими силами в Восточном Румели. Но потом было доказано его сотрудничество с турками, и капитан оказался заточенным в Франкской башне, где провел в цепях несколько месяцев, а затем был убит — его сбросили с башни на бастион Бескрылой Ники. Его историю рассказал Дэвид Брюэр в книге о войне за независимость «Пламя свободы» (2001). Так закончилась история об Одиссее.

В 1826 году Миссолонги взяли турки. К этому времени греки закрепились на Пелопоннесе и в Афинах. В июне 1826 года турецкие силы под командованием Рашид-паши заняли кварталы Патиссии и снова вошли на Акрополь. Макрияннис был в греческом гарнизоне и сыграл важную роль в обороне. В своих мемуарах он описывает эти события. Один из самых ярких сюжетов — его ссора и последующее примирение с Гуросом, командиром гарнизона, а затем смерть Гуроса. По мнению автора, причиной ссоры была песня, которую он как-то вечером слишком громко пел, и из-за этого Гурос стал ругаться.

Попытки греков отбить Акрополь были ярким примером стратегических ошибок и недоразумений, вызванных несогласованностью действий греческих командиров и командования: Кохрана и Черча, Гордона и Карескакиса. Кульминация настала 6 мая 1827 года, когда греки шли в атаку через равнину от самого Фалерона. Во время контратаки Рашид перебил полторы из двух с половиной тысяч человек. Тогда греки, в свою очередь, решили договориться о почетной капитуляции. 5 июня 1827 года греческий гарнизон отступил от Акрополя. Так греки воевали за свою независимость, и афинский Акрополь стал последним пятачком греческой земли, оккупированной турками.

События войны подтвердили и символическое значение Афин, и стратегическое значение Акрополя. Макрияннис писал, что у того, кто удерживал Франкскую башню и склады, в руках была вся цитадель. А еще события, произошедшие в Афинах, ярко иллюстрировали жестокость этой войны. Для раненых почти не было надежды: «вши оспаривали власть у червей». Жертвам отрезали головы и выставляли как доказательство их гибели. Это была борьба не на жизнь, а на смерть, даже Макрияннис, хорошо понимавший значение памятников для греческого народа, был готов взорвать себя, турок и Парфенон вдребезги, если это был единственный способ избежать позорного поражения.

Таким образом, перед греками встал выбор, предполагавший два варианта развития событий. Выбравшие первый настаивали, что Афины должны стать столицей и стратегическим центром нового государства. Предпочитавшие второй вариант возражали, аргументируя тем, что вряд ли афинские древности перенесут новые штурмы и приступы, а если сделать Афины столицей, то вполне можно ожидать новой осады города.

В османские времена храм Гефеста в западной части Агоры был переоборудован в часовню Святого Георгия. Здесь похоронены иностранцы — протестанты, которым не посчастливилось умереть в Афинах. Именно здесь 13 декабря 1834 года афинская аристократия официально приветствовала нового короля — Оттона Баварского. Он прибыл в сопровождении своих советников, чтобы принять во владение Афины и сделать их столицей нового, независимого Греческого Королевства.

Афины с трудом подходили под определение города, скорее, это был глухой провинциальный городок, растянувшийся на склоне к северу от Акрополя. Город все еще был окружен стеной, построенной в 1780-х годах правителем-тираном Хаджи Али Хасекисом. За годы войны Афины дважды переходили из рук в руки, выдерживали осаду. Те дома, что не растащили на камень, были разрушены в ходе артиллерийских обстрелов и пожаров. Оливковые рощи, занимавшие большой участок между Афинами и морем, в 1830-х годах были уничтожены пожарами.