Тем временем Ушаков, соединившись с турецкой эскадрой в Дарданеллах, назначил офицером для поручений на турецкой эскадре, при адмирале Кадыр-бее, лейтенанта Метаксу, знавшего греческий и турецкий языки. Он в письмах к Томаре сообщал о хороших отношениях с турецким флагманом, о необходимости выделить для действий между островами турецкие канонерские лодки. Вице-адмирал поторопил командира шхуны № 1, прибывшей в Константинополь, присоединиться к эскадре. Он дал приказ о сигналах для связи с турецкой эскадрой. Все это было написано 15 сентября. На следующий день вице-адмирал намеревался выступить, но из-за противного ветра эскадра смогла выйти лишь 20 сентября. Узнав о сожжении французских судов в Александрии (при Абукире), флотоводец намеревался действовать в зависимости от обстоятельств.

Русская эскадра включала 6 линейных кораблей, 6 фрегатов, репетичное судно и 3 авизо, не считая шхуны № 1, турецкая — 4 линейных корабля, 6 фрегатов, 4 корвета, 14 канонерских лодок. Между русским и турецким командованием установилось полное взаимопонимание. Когда одно появление турецких матросов на острове Хиос вызвало панику среди греков и Ушаков заявил, что в таком случае лучше эскадрам плыть раздельно, Кадыр-бей объявил подчиненным, что при первой жалобе виновных казнят. После этого на острове были открыты магазины и двери домов.

Так начиналась кампания на Средиземном море, которая прославила имя Ф. Ф. Ушакова на всю Европу.

Ионические острова, населенные преимущественно греками, являлись владением Венецианской республики. Расположенные вдоль западного побережья Балканского полуострова, семь островов (Корфу, Санта-Мавра, Паксо, Кефалония, Итака, Занте, Цериго) являлись важным плацдармом на пути в Южную Европу и Турцию. В начале 1797 года эскадра адмирала Брюа овладела островами, и по Кампоформийскому договору они перешли во владение Франции. В донесении Директории генерал Наполеон Бонапарт писал 27 августа 1797 года: «Острова Корфу, Занте и Кефалония важнее для нас, чем вся Италия». Однако важность островов понимали также Австрия, Англия, Турция и Россия. Для последней появление у берегов турецких владений французских крепостей и портов означало усиление влияния на Порту французской дипломатии, враждебной русским интересам. Потому наиболее важной целью похода русско-турецкой эскадры на Средиземное море явились именно Ионические острова.

Началу освобождения островов положил ордер Ушакова, который 24 сентября предписал капитан-лейтенанту A. A. Шостаку с фрегатами «Григорий Великия Армении», «Счастливый» и судном «Панагия Апотуменгана» идти к острову Цериго, взаимодействуя с местным населением, заставить сдаться или истребить находящийся там французский гарнизон. В соответствии с ордером следовало добиваться цели при минимуме жертв с обеих сторон, к населению относиться с ласковостью и помочь ему организовать местное самоуправление. Любопытно, что и Павел I, самовластный Император, одобрил такую форму правления, предложенную Ушаковым, ибо она позволяла вырвать островитян из-под власти турок и других соседних держав, но не позволяла объявить покровительство России захватом.

Чтобы упростить взятие крепости, флагман разрешил сдавшемуся гарнизону сохранить военную амуницию и обещал доставить пленных во Францию, но не на Венецианские острова либо Румелийский берег. Ушаков не хотел, чтобы французские солдаты вновь сражались с войсками его либо союзников.

Капитан-лейтенант Шостак прибыл к Цериго 28 сентября, за день до главных сил. Несколькими выстрелами он сбил малую крепость, взяв в плен 15 французов. Крепость Капсали стояла на крутом холме с отвесными стенами. Потому потребовалось выделить в помощь Шостаку десант с пушками. Русские и турки доставили все необходимое по пересеченной местности прямо к крепости и устроили две батареи, а с моря поставили фрегат «Счастливый» и судно «Панагия Апотуменгана». Так как комендант крепости отказался сдаться, 1 октября открыли огонь батареи. «Счастливый» обстреливал крепость навесным огнем. На берег доставили лестницы для штурма, но они не потребовались. Со стороны батарей стена крепости была невысокой, и гарнизон нес такие большие потери от огня артиллерии, что перед полуднем французский флаг защитники сменили на белый. После переговоров Шостак принял капитуляцию. Гарнизон с воинскими почестями оставил крепость и сложил оружие в ожидании отправки в Анкону или Марсель. В донесении 10 октября Ушаков сообщал Павлу I об успехе, перечислял трофеи, число пленных и указал отличившихся. Он отметил, что и русские, и турки действовали с храбростью и расторопностью.

Ушаков оставил поручика Диаманти с небольшим гарнизоном, чтобы удерживать обе крепости и стараться с помощью местных жителей захватывать либо уничтожать заходящие французские суда. Так как гарнизон из 12 русских и 12 турок считали мизерным, весь расчет был на население, которому командующий предоставил в обращении 3 октября право самоуправления. Такое же обращение, на греческом и турецком языках, подписал Кадыр-бей.

После взятия Цериго Ушаков с главными силами 10 октября лавировал мимо берегов Мореи. Он намеревался остановиться у острова Занте, послав отряд судов в Венецианский залив. Продолжая освобождение островов, Ушаков 12 октября 1798 года направил отряд Шостака из 2 фрегатов к Занте, оставив в основном прежнюю инструкцию. Вице-адмирал предложил послать вперед фрегат «Счастливый», чтобы вызвать огонь батарей и затем действовать решительно. Он писал: «Чем поспешнее дело, тем неприятелю страшнее, и он, не имея времени осмотреться, придет в замешательство».

14 октября Шостак атаковал крепость на острове силами десанта, выделенного с эскадры, и к вечеру остров был в руках русских. Неприятель капитулировал.

Ушаков, наблюдавший штурм, в тот же день послал капитана 2-го ранга Поскочина с кораблем «Святая Троица», фрегатами «Сошествие Святого Духа», «Счастливый» и судном «Красноселье» к острову Кефалония с задачей взять крепость и батареи, по возможности без кровопролития, и овладеть французским имуществом. Вице-адмирал сообщал, что с населением уже есть договоренность о совместных действиях. 16 октября остров был занят без боя, а гарнизон бежал в горы, преследуемый жителями, и там сдался.

Наиболее сложную самостоятельную задачу Ушаков поставил капитану 1-го ранга Д. Н. Сенявину. Считая Сенявина способным офицером, он отдал ему 18 октября 1798 года ордер с кораблем и фрегатом, присоединив турецкие корабль и фрегат, идти для освобождения острова Санта-Мавра. 20 октября Ушаков предписывал поторопиться с овладением островом и идти сразу после установления на нем порядка к Корфу. Сам командующий также выступал в Корфу, намереваясь зайти по пути на Кефалонию.

Выходя в плавание, вице-адмирал направил прямо к Корфу отряд капитана 1-го ранга И. А. Селивачева с 2 кораблями и фрегатом для блокады острова, чтобы не допустить доставки гарнизону подкреплений и грузов. Ушаков предписывал установить связь с местными уважаемыми жителями и постараться склонить французов к сдаче. В подкрепление Селивачеву были даны турецкие корабль и два фрегата. 29 октября для поддержки к Корфу были направлены корабль «Святая Троица» и два лучших турецких фрегата под командованием капитана 2-го ранга И. С. Поскочина.

Сам Ушаков задержался в пути. 21 октября он заходил на Кефалонию, чтобы учредить там порядок и местное самоуправление, и 29 октября направился к Корфу. Однако пришлось зайти 31 октября к Санта-Мавре, где французский гарнизон проявил твердость. Сенявин с помощью местных жителей подготовил лестницы, фашины и все прочее, необходимое для штурма. Но штурмовать не пришлось. 1 ноября Ушаков направил гарнизону крепости предложение капитулировать. Очевидно, появление всей эскадры под флагом известного флотоводца сыграло свою роль: в тот же день французы направили двух офицеров для переговоров. 3 ноября капитуляция была подписана, 5 ноября Сенявин принял крепость. 3 ноября Ушаков и Кадыр-бей выдали открытый лист на самоуправление также жителям Каламо и Кастро, входившим в Ионические острова. 7 ноября, отправив пленных в Патрас, эскадра Ушакова направилась к Корфу, оставив на время у острова Санта-Мавра корабль «Святой Петр» и фрегат «Навархия» для принятия артиллерии, снарядов и припасов с берега. Вице-адмирал уже готовился к тому, что взятие Корфу окажется нелегким.