Тем временем Нельсон, разочаровавшись в возможности 2700 англичан самостоятельно взять Мальту с четырехтысячным гарнизоном, в конце октября предложил Ушакову принять участие в осаде. 20 декабря после подготовки русская эскадра (семь кораблей, фрегат, восемь малых судов с двумя тысячами гренадер на борту) вышла из Неаполя. 22 декабря, зайдя в Мессину, адмирал получил приказ возвратить русскую эскадру на Черное море. Император был разочарован в союзниках, из-за действий которых оказались в трудном положении русские войска в Швейцарии.
1 января 1800 года корабли Ушакова выступили из Мессины и 8 января прибыли на Корфу. Несколько месяцев потребовалось для ремонта. Тем временем эскадра Карцова крейсировала с 20 марта по 2 июня между Сицилией и Барбарским берегом (Тунисом), эскадра Пустошкина находилась в Мессинском проливе, три фрегата Сорокина — в Неаполе, а три фрегата Войновича крейсировали в Венецианском заливе.
Такая активность русских кораблей объяснялась тем, что англичане добились обещания Павла I оказать поддержку в осаде Мальты. Получив повеление от 10 апреля 1800 года, Ушаков начал готовиться к походу. Он вызвал Сорокина из Неаполя, чтобы везти войска на Мальту. Тем временем Бонапарт, как первый консул, организовал поход в Италию. После поражения при Маренго 14 июня 1800 года Австрия согласилась на перемирие. Крейсерства у берегов Италии становились бесперспективными, и Павел I вновь приказал вести эскадру на Черное море. Поход на Мальту не состоялся. Самостоятельно англичане смогли овладеть островом лишь 23 августа 1800 года.
5 июля 1800 года главные силы (11 кораблей, 2 авизо, транспорт и 3 мелких судна) выступили с Корфу в Севастополь; позднее отправились в Россию отряды Сорокина и Войновича.
На Корфу был оставлен небольшой русский гарнизон. Основной защитой Ионических островов должна была служить местная милиция. Ушаков передал сенату Республики военное судно (полугалеру), взятое у французов; в письме к президенции острова Занте адмирал писал, что судно оставлено «к охранению сего места и малых судов, переходящих из острова в остров, от лодок разбойнических». Так Республика Семи Соединенных островов обрела благодаря Ушакову свой флот.
При уходе эскадры жители островов преподнесли Ушакову памятные подарки: на Корфу — золотую шпагу, украшенную бриллиантами, от Кефалонии и Итаки — золотые медали, от Занте — серебряный с позолотой щит и золотую шпагу.
Из-за встречного ветра лишь 27 августа эскадра Ушакова вступила в Дарданеллы. Неблагоприятные ветры задержали на месяц корабли и у Константинополя. Только 23 октября русские моряки вышли из Босфора и 26 октября вернулись в Ахтиар. Пришли главные силы из девяти кораблей, фрегата и двух авизо. Отставшие суда приходили до 2 ноября, а корабль «Богоявление», зашедший в Кафу, потребовал из-за сильной течи ремонта на месте. 5 ноября адмирал отправил для его ремонта корабельного мастера Юхарина.
За два с половиной года плавания эскадра лишилась 400 человек, но не потеряла ни одного корабля, что свидетельствует о мастерстве как флотоводца, так и подготовленных им моряков.
На закате жизни
Начиналась мирная жизнь. 22 ноября Ушаков рапортовал адмиралу В. П. Фондезину, главному командиру Черноморского флота, о состоянии кораблей эскадры, 31 декабря — о ее разоружении. Заботясь о своих офицерах, адмирал 25 ноября обратился к Фондезину с просьбой поспособствовать с жильем (казенным или за умеренную цену) для пришедших с моря моряков.
Адмирал готовил отчеты о средиземноморском плавании, когда Павел I был убит и его сменил Александр I. В надежде на то, что новый Император обратит внимание на заслуженного флотоводца, тот обратился к нему с поздравлением. Император ответил 4 ноября 1801 года:
«Господин Адмирал Ушаков, мне приятно было видеть усердие Ваше, изображенное в поздравлении Вашем со днем моей коронации; примите истинную благодарность мою и уверение, что я всегда пребываю Вам доброжелательный».
21 мая 1802 года Ушакова назначили главным командиром Балтийского гребного флота и начальником флотских команд в Санкт-Петербурге. Если учесть то весьма слабое внимание, которое в последующие годы уделяли Черноморскому флоту, перевод этот был вполне оправдан. Гребной флот играл большую роль в боевых действиях 1789–1790 годов на Балтике, как уже хорошо известно из биографии К.-Г. Нассау-Зигена. Да и годы, болезни требовали для флотоводца более спокойной службы. Жизнь в столице помогала адмиралу как заниматься улаживанием дел семейных, так и помогать молодым Ушаковым, поступающим на морскую службу. В частности, он брал с собой Ивана Ушакова в поход на Средиземное море, а в 1805 году взял его в гребной флот.
О периоде командования гребным флотом в сборнике документов Ф. Ф. Ушакова — пробел. Видимо, несмотря на энергию флотоводца, ему приходилось смиряться с тем, что при Александре I флоту уделяли и внимания, и средств значительно меньше, чем было необходимо.
27 ноября 1804 года Ф. Ф. Ушакова назначили, кроме командования Балтийским гребным флотом, начальником петербургских корабельных команд, а в октябре — председателем квалификационной комиссии «по производству в классные чины шкиперов, подшкиперов, унтер-офицеров и клерков Балтийских и Черноморских портов», образованной при Морском кадетском корпусе.
Когда в ходе франко-русской войны 1805–1807 годов среди дворянства России начался сбор средств для армии, Ушаков внес в фонд две тысячи рублей, пять пушек и алмазный челенг, пожалованный ему султаном Селимом III. Но Александр I посчитал, что челенг должен остаться в семье адмирала и «свидетельствовать сверх военных его подвигов и примерное соревнование к благу любезного отечества».
Адмирал остался недоволен назначением, да и здоровье отказывало. 19 декабря 1806 года он обратился с прошением об отставке, в котором перечислял свои заслуги перед отечеством и в качестве причины ухода со службы называл телесную и духовную болезнь. В частности, он писал:
«…Долговременную службу мою продолжал я от юных лет моих всегда бесперерывно с ревностью, усердием и отличной и неусыпной бдительностью. Справедливость сего свидетельствует многократно получаемые мною знаки отличий, ныне же по окончании знаменитой кампании, бывшей на Средиземном море, частию прославившей флот, замечаю в сравнении противу прочих лишенным себя высокомонарших милостей и милостивого воззрения. Душевные чувства и скорбь моя, истощившие крепость сил, здоровья, Богу известны — да будет воля Его святая».
Видимо, потребовалось время для того, чтобы Александр I получил представление о заслугах адмирала. Вероятно, флотоводцу было предложено отказаться от прошения об отставке. 12 января, уведомляя товарища министра морских сил П. В. Чичагова о том, что его решение неизменно, Ушаков вновь писал о душевной болезни и просил удовлетворить прошение.
17 января 1807 года указом Александра I Ушаков был уволен от службы с ношением мундира и с полным жалованьем. 4 июля 1807 года последовал указ Адмиралтейств-коллегии, в котором были перечислены служебные и боевые заслуги адмирала.
Первоначально Федор Федорович остался в Санкт-Петербурге. Он продолжал помогать молодым морякам, в том числе Ивану Ушакову. Вероятно, он надеялся на то, что тот со временем сможет использовать те умение и знания, которые флотоводец ему преподносил. Однако 7 октября 1809 года Иван Ушаков утонул на Неве. Отставной адмирал решил, что и его жизнь кончается. В мае 1810 года он большую часть своего имущества, включавшего 11 деревень всего с 200 крестьян, распределил по наследству между племянниками, а сам удалился в оставленное себе имение в деревне Алексеевке Темниковского уезда Тамбовской губернии, недалеко от Санаксарского монастыря, где в свое время настоятелем служил его дядя, Иван Игнатьевич Ушаков. Жизнь его была полна размышлений и благотворительности для неимущих.
Моряк-патриот не оторвался от жизни страны. Когда началось вторжение войск Наполеона, 19 июля 1812 года он пожертвовал две тысячи рублей в пользу 1-го пехотного Тамбовского полка. 26 июля Тамбовское губернское дворянское собрание большинством голосов (291 «за», 21 «против») избрало Ушакова начальником внутреннего ополчения Тамбовской губернии, о чем в тот же день предводитель дворянства сообщал ему. Но отставной адмирал в письме 29 июля благодарил за честь и по состоянию здоровья отказался принять должность. 15 января 1813 года он пожертвовал 540 рублей на содержание и лечение больных солдат, оставленных в городе Темникове. 11 апреля 1813 года Ушаков обратился к обер-прокурору Синода А. Н. Голицыну о пожертвовании 20 тысяч рублей, содержащихся в Санкт-Петербургском опекунском совете, и накопившихся процентов «… в пользу разоренных, страждущих от неимущества бедных людей».
