Нахимов поднял флаг третьего флагмана на корабле «Ягудиил». Старший флагман вновь изъявлял свое удовольствие «Ягудиилом» за скорую пальбу из одной пушки, за разбитие бочки-цели ядром, за хорошую атаку и хорошее репетование, т. е. повторение, сигналов. Из отчетной ведомости видно, что за кампанию время работы с парусами резко уменьшилось, что свидетельствует о результатах обучения команд. Интересен отзыв капитана 1-го ранга С. А. Алексеева, который осенью 1849 года писал:

В сентябре 1849 года после возвращения из плавания Нахимов на основании собственного опыта сделал ряд замечаний на разосланные весной по инициативе Лазарева «Правила, принятые на образцовом артиллерийском корабле „Екселент“ для обучения нижних чинов артиллерии».

В 1850 году Нахимова вновь назначили командовать отрядом судов из фрегата, 3 бригов, шхуны и 2 тендеров, предназначенным для крейсерства у берегов Кавказа. 25 мая отряд вышел из Севастополя для смены кораблей контр-адмирала Синицына. Кампания длилась до 23 ноября. После возвращения Нахимов представил свои замечания, на сей раз по изданному в 1849 году «Своду морских сигналов».

30 марта — 10 апреля 1851 года, имея флаг на «Ягудииле», Нахимов командовал отрядом из 3 кораблей, перевозивших войска из Севастополя в Одессу, с 4 мая по 23 июня плавал вторым флагманом первой практической эскадры Черноморского флота. 1 октября он подал обстоятельные замечания по проекту III раздела Морского устава. 20 ноября он представил такие же подробные примечания и на IV раздел «О службе на корабле», и на «Свод сигналов». 20 февраля 1852 года моряк сделал еще ряд замечаний по проекту IV раздела Морского устава и признал раздел II совершенно соответствующим назначению, о чем рапортовал председателю Комитета по пересмотру морских уставов Великому князю Константину Николаевичу. Весной он продолжал писать отзывы и замечания на устав.

Итак, Нахимов каждый год командовал в море отдельным отрядом судов либо состоял младшим флагманом практической эскадры, что постоянно увеличивало его практический морской опыт. Одновременно моряк много читал. Высокая образованность и опыт и позволили ему стать одним из наиболее подготовленных критиков нового Морского устава. Моряк был не только ревностным читателем, но и популяризатором журнала «Морской сборник», который начал выходить с 1848 года. Не зря он оказался в числе директоров Севастопольской морской библиотеки, фонды которой за годы его руководства значительно были пополнены. После смерти М. П. Лазарева Нахимов, как старший директор Севастопольской морской библиотеки, в июле 1851 года добивался установки в зале библиотеки бюста адмирала; он внес 300 рублей на памятник учителю.

30 марта 1852 года П. С. Нахимов поднялся на следующую ступень службы — был назначен командующим 5-й флотской дивизией; 18 апреля он вступил в командование. 25 апреля его определили командовать второй практической эскадрой с контр-адмиралом Вульфом в качестве младшего флагмана. 4 июля 1852 года Нахимов доложил, что эскадра из кораблей «Двенадцать апостолов», «Ростислав», «Святослав», «Гавриил», «Трех Иерархов» и бриг «Птолемей» выведены на Севастопольский рейд. Позднее к эскадре присоединились фрегаты «Кулевчи», «Каварна», корветы «Пилад», «Калипсо» и бриг «Эней». Кампания длилась до 25 октября; за это время эскадра сделала два рейса в Одессу для перевозки войск, затем занималась эволюциями в Черном море, после чего вновь дважды ходила с войсками из Севастополя в Одессу и вернулась в главную базу.

Флаг Нахимова был поднят на корабле «Двенадцать апостолов». Еще до окончания кампании, 2 октября, его приказом управляющего Морским министерством Великого князя Константина произвели в вице-адмиралы с утверждением начальником дивизии.

Маневры флота осенью 1852 года под флагом исполняющего должность главного командира Черноморского флота и портов М. Б. Берха и начальника штаба с Балтики контр-адмирала Васильева прошли неудачно, ибо показали при хорошей подготовке отдельных кораблей слабую их сплаванность. Николай I, отметив недостаток, потребовал от начальника штаба флота В. А. Корнилова обучить флот, завершивший перевозку войск в Одессу. В свою очередь Корнилов предложил ввести для офицеров эволюции гребными судами, чтобы выработать глазомер и умение действовать рулем и парусами.

Любопытно, что при практической эскадре не было вовсе пароходов и не стоял вопрос о их взаимодействии с парусными судами. Этим пришлось заниматься уже в военное время.

В. А. Корнилов 1 февраля 1853 года писал в аттестационном списке вице-адмирала: «Отличный военно-морской офицер и отлично знает детали отделки и снабжения судов; может командовать отдельною эскадрою в военное время». Эту лестную характеристику П. С. Нахимову довелось оправдать в этом же году.

В 1853 году обострился восточный кризис, вызванный политическими и экономическими противоречиями между Россией с одной стороны и Турцией, Англией и Францией — с другой. Английское правительство рассчитывало, что новая вспышка восстания горцев Кавказа против российского самодержавия позволит Турции вернуть ранее потерянные ею владения и не допустить выхода России к Средиземному морю. Конкуренции российской торговли на Средиземноморье опасались и французские правящие круги. Николай I намеревался установить контроль над проливами Босфор и Дарданеллы, над Дунайскими княжествами и добивался права покровительства православным подданным султана. Турецкое правительство рассчитывало добиться реванша на Кавказе, опираясь на поддержку англо-французского флота, введенного в Мраморное море. Турки стремились разжечь затухшее было пламя национального движения горцев, перебрасывая на Кавказское побережье оружие и боеприпасы. К границе России Турция сосредотачивала войска. Возникала реальная угроза русским укрепленным постам на берегах Кавказа. Угроза эта была ослаблена перевозкой на Кавказ 13-й пехотной дивизии и крейсированием Черноморского флота.

9 мая 1853 года после неудачных переговоров с правительством султана A. C. Меншиков оставил Константинополь, что означало дипломатический разрыв с Турцией и грозило войной. В таких условиях В. А. Корнилов 17 мая предписал Нахимову, присоединив 3 брига, выйти с эскадрой в крейсерство к мысу Херсонес, имея провизии на четыре месяца; 2 фрегата и 3 брига ему следовало послать в крейсерство между Херсонесом и Босфором. Эскадре следовало при необходимости, присоединяя легкие силы, отходить в Севастополь.

Три недели плавания Нахимов успешно использовал для обучения команд, и 10 июня Корнилов, посетивший эскадру, был убежден в ее хорошей морской и боевой подготовке.

29 июня крейсерство завершилось. Эскадра вернулась в Севастополь. Ее сменила вторая эскадра под командованием начальника 4-й флотской дивизии контр-адмирала Новосильского. Но предвоенная обстановка требовала быть настороже. Уже 30 июня Нахимов приказал командирам пополнить запас воды. Беспокоясь о боеготовности кораблей, он 6 июля писал о необходимости унифицировать размеры трубок для бомб, 25 июля — о непригодности материала, отпущенного для зарядных картузов, 13 августа рапортовал о результатах испытания фонарей применительно к условиям боевой службы.

В августе Нахимов подготовил отчет о проведенных в июне учениях, в котором показал, каких успехов добились моряки. В частности, он описал примерный бой корабля «Гавриил» с кораблем «Селафаил» и фрегатом «Флора», отметив основные ошибки и возможности обеих сторон. 29 июня произошел учебный бой между эскадрами Нахимова и Юхарина.

Тратить много времени на отчеты и отдых не приходилось. На Кавказе возникла опасность восстания горцев, побуждаемых турецкими и британскими агентами. Чтобы ликвидировать угрозу с юга, где у границ России накапливались турецкие войска, потребовалось перебросить на Кавказ 13-ю пехотную дивизию из Крыма. 15 сентября В. А. Корнилов предписал Нахимову порядок перевозки войск и высадки их в районе Сухум-Кале. 8 сентября Меншиков издал приказ о разделении флота на 3 эскадры. Первую составили 9 кораблей и 2 парохода под флагом Нахимова, вторую из 2 фрегатов, 10 транспортов, 5 пароходов и шхуны возглавил контр-адмирал Вульф, а третью из 5 более старых кораблей и фрегата — контр-адмирал Новосильский.