Указ этот явился основой экспедиции, навсегда прославившей имя Ф. Ф. Ушакова в истории флота.

12 августа эскадра из шести кораблей, шести линейных, репетичного фрегатов и трех авизо оставила Ахтиар. Целью был первоначально Босфор. Вперед Ушаков отправил судно «Панагия Апотуменгана» с запросом посланнику Томаре, требуется ли турецкому флоту его помощь, и просил уведомить о разрешении войти с эскадрой в Константинополь. Посланному лейтенанту Тизенгаузену флагман поручил спешно привезти сведения от Томары на эскадру, крейсирующую у Босфора.

В письме Томаре, излагая императорскую волю, объявленную в письме Кушелева, Ушаков просил дать письменное предписание и согласие Порты на проход эскадры проливами и беспрепятственное возвращение на Черное море. Докладывая о своих действиях Павлу I, флагман писал, что если авизо не успеет вскоре возвратиться, то он пошлет второе и будет продолжать крейсерство.

В тот же день, 12 августа 1798 года, Ушаков направил в контору главного командира Черноморских флотов рапорт о необходимости прислать хотя бы два пригодных для крейсерства и посылок судна и с ними недоставленные мясо, обмундирование и невыплаченное жалованье. Контр-адмиралу Овцыну флагман приказал собирать отставшие суда у Калиакрии или вблизи от Босфора, в зависимости от ветров.

Плавание не было безоблачным. Из-за крепкого ветра и волнения акат «Ирина» получил такую течь, что 15 августа пришлось его отправить в Ахтиар. Из-за серьезных повреждений руля 18 августа за ним отправился корабль «Святая Троица». Остальные повреждения исправляли на ходу. 18 августа эскадра вышла к острову Фидониси. В тот же день военный совет признал, что оставшиеся корабли после небольшого ремонта способны продолжать плавание. Контр-адмиралу Кумани Ушаков приказал поторопиться с ремонтом и отправить «Святую Троицу» к эскадре.

«Панагия Апотуменгана» прибыла в Константинополь 18 августа. 19 августа Томара писал Ушакову, что Порта уже 16 августа разрешила ввести русские суда в Босфор, и предложил поставить эскадру у Буюкдере, не дожидаясь, пока он решит с турецким правительством вопросы о возвращении эскадры и некоторые другие, ибо считал положительные ответы несомненными.

Эскадра Ушакова была 22 августа у Босфора; 24 августа моряк получил письмо Томары, но отказался идти в пролив ранее, чем получит гарантию возвращения. С этим ответом Ушаков отправил вновь к Томаре посыльное судно. 25 августа была опубликована декларация турецкого правительства, в том числе о беспрепятственном проходе проливов. Теперь эскадра могла вступать в Босфор, что Ушаков и исполнил в тот же день.

Появление русских кораблей было воспринято в Турции с радостью. Ушаков за быстрое прибытие получил от султана табакерку, украшенную бриллиантами. Первый драгоман советовался с ним о плане действий. 28 августа состоялась конференция Ушакова с турецкими официальными лицами; после обмена мнениями было принято решение две трети соединенной русско-турецкой эскадры оставить для блокады Корфу, а треть послать для крейсерства и охранения турецких владений в Архипелаге и Албании. Действия против Тулона вице-адмирал оставлял Г. Нельсону, к которому посылал с известием судно. Обо всем этом 29 августа флагман рапортовал Павлу I.

Сразу же Ушаков начал готовиться к самостоятельным действиям в Средиземном море. Еще 27 августа он запросил у Томары денег на выдачу жалованья морякам и снабжения аккредитивами, о присылке знающих Архипелаг 14 лоцманов (по одному на судно эскадры) и помощи в снабжении медикаментами. 29 августа он поручил Овцыну на акате «Святая Екатерина» вернуться в Ахтиар и готовить эскадру к выходу в море. На корабли следовало взять батальонных командиров и орудия для проведения десантов.

30 августа на конференции в Бебеке Ушаков с российским, английским министрами (послами) и турецкими официальными лицами обсуждал характер действий союзного флота. Было решено послать 2 русских и 2 турецких фрегата сопровождать 10 канонерских лодок до Родоса, а если потребуют англичане, то и до Александрии, для обстрела французских судов в порту. Чтобы узнать, требуется ли поддержка англичанам, послали кирлангич к Александрии. Основной задачей были признаны действия у Мореи, островов Занте, Кефалония, Корфу и в Венецианском заливе. Было решено также отправить отношение вице-адмиралу Нельсону, находившемуся в Сицилии. На конференции Ушаков предложил разослать для разведки авизо и заявил, что готов при необходимости выступить на помощь англичанам. В первом письме Нельсону от 31 августа Ушаков сообщил о силах своей эскадры и присоединенной турецкой и изложил свои замыслы: изгнать с Венецианских островов и материка французов, чтобы охранить берега от десантов из Анконы; крейсировать от Мореи до Родоса для прикрытия Архипелага; отделить отряд для охраны канонерских лодок, направляемых турками к Родосу или в поддержку английской эскадры у Александрии. Он уведомил британского флотоводца о сигналах флагами днем и фонарями ночью для опознания российских судов.

Тем временем в Петербурге сформулировали свой план действий, изложенный в письме Г. Г. Кушелева (август 1798 года). Напоминая о предосторожностях, Кушелев предполагал ввиду слабой подготовки турецких моряков перемешать их корабли с русскими, при защите Дарданелл расставить суда так, чтобы неприятель проходил через перекрестный огонь, использовать впереди брандеры, а в заливах — бомбардирские корабли. В крепостях следовало рекомендовать туркам иметь достаточные караульные войска и удалить французских инженеров. Если бы французы заняли Дарданеллы, флоту следовало защищать Константинополь. Он вновь сообщил о посылке атласов Архипелага и предлагал воспользоваться пребыванием в турецких водах для исправления существующих карт и съемок, изучения ветров, глубин и т. д. Продовольствие следовало получать от турок. Кушелев определял силы Нельсона в 14 линейных кораблей и 6 фрегатов, а французских в 15 линейных кораблей, несколько фрегатов и 300 транспортов с войсками, и считал, что совместными усилиями можно истребить неприятеля на рейде Александрии брандерами и «огненными ядрами». Тогда еще не было известно об уничтожении французской эскадры при Абукире кораблями Нельсона.

Ушаков деятельно готовился к плаванию в отрыве от баз. 1 сентября он обращался в контору главного командира Черноморских флотов с требованием прислать четыре легких судна в дополнение к наличным авизо, 2–4 сентября запрашивал у Адмиралтейств-коллегии материалы взамен израсходованных на ремонт кораблей и деньги, имеющие хождение за границей, ибо присланные на жалованье ассигнации ценности в Константинополе не имели. 6 сентября флагман писал лично Императору о необеспеченности эскадры обмундированием и деньгами для закупки провизии.

4 сентября Ушакову было объявлено желание турок, чтобы русские корабли следовали в Дарданеллы на соединение с турецкими. Продолжавшийся три дня сильный ветер, от которого два корабля потеряли якоря, а на двух потребовалось менять сломанные стеньги, задержал выступление. В донесении Адмиралтейств-коллегии флагман не писал о вине командиров. Зато на месте он ордером от 6 сентября высказал неудовольствие капитану 2-го ранга И. С. Поскочину за неправильные действия, в результате которых его корабль лишился якоря и задержал выход эскадры; так как Поскочин, видимо не признавая вины, оправдывался, то он получил вторую отповедь в тот же день. Турки, нуждавшиеся в русской помощи, принимали Ушакова с вниманием и уважением. Знаменитому Ушак-паше оказывали почести, позволили осмотреть арсенал, верфи и новый строящийся 120-пушечный корабль.

Только 6 сентября русская эскадра пошла через Мраморное море и 8 сентября была в Дарданеллах. Уже из Дарданелл 12 сентября Ушаков вторично обратился к Нельсону с запросом, требуются ли ему 10 канонерских лодок, либо он их вместе с 4 фрегатами употребит при Ионических островах. Флагман также интересовался, какие у английского вице-адмирала намерения и сведения о противнике. На следующий день он послал капитана 2-го ранга A. A. Сорокина с фрегатами и канонерскими лодками на Родос, а при необходимости и к Александрии. 14 сентября отряд из 2 русских, 2 турецких фрегатов и 10 канонерских лодок выступил и 26 сентября достиг Родоса. Здесь старший турецкий капитан доложил, что необходимо отремонтировать и довооружить лодки артиллерией. Сорокин оставался на Родосе, ожидая ответ английского командования, требуется ли его отряд под Александрией. Получив ответ о необходимости канонерок, 5 октября отряд направился к Александрии, куда прибыл 9 октября. Осенью суда отряда участвовали в боевых действиях и крейсировании под Александрией с английской эскадрой, а 9 декабря Сорокин с двумя русскими фрегатами (турецкие остались в помощь англичанам) присоединился к главным силам у Корфу.