Тут и сказалось то, о чем предупреждал Грейг. Первоначально Повалишин растерялся. Не зная иностранных языков, устранять последствия такой катастрофы, да еще после подпорченных отношений с датчанами, показалось ему слишком сложно. 5 января 1789 года он писал в донесении И. Г. Чернышеву:
«Возложенность на меня начальства, при толь несчастном положении эскадры при иностранном порте, в военное время, быв рассеяны по разным местам по Зунду, и в опасных состояниях, толь затрудняет, что я в сумнении нахожусь приготовить оную к действиям военным к началу открытия плавания; всякая потребность, которых не малое количество, во всю эскадру нужно необходимо получать; но по действиям идет весьма медлительно, я же не зная кроме природнаго моего языка, не имея переводчика, чрезвычайно затрудняюсь, и страшусь савершенно быть замешан, не служить пособием; ревность моя к службе, где не можно оной употреблять с успехом, как предоставить терпению, пересказывая оной чрез других, и часто бывает стечением многих обстоятельств к одному предмету не в силах объяснять, а оттого выходит не то что следовало. Сие и многое наводит страх не выполнить волю Ея Величества…»
Он предлагал прислать более опытного флагмана либо оставить Фондезина. Однако все же моряк, несмотря на трудности, энергично взялся за спасение кораблей: по пропиленному во льду каналу выводили в безопасное место корабль «Пантелеймон», берегом доставляли якоря для кораблей, лишившихся их в борьбе со стихией.
А положение действительно оказалось сложным. К 1 января 1789 года эскадра оказалась разбросанной. В гавани Копенгагена стояли корабли «Победоносец», «Мечеслав», фрегат «Надежда», катер «Меркурий» и 2 транспорта («Соломбала» и «Соловки»). На малом рейде в лед вмерзли корабли «Саратов», «Чесма», «Трех Иерархов», «Александр Невский», № 8, № 75, фрегат «Гавриил» и транспорт «Удалой». В Зунде у острова Амагера были разбросаны корабли «Северный Орел», «Пантелеймон», фрегат № 41. Катер «Дельфин» находился в гавани Ниве, а корабль № 9 — в Рамс-фьорде.
В донесении от 12 января тон Повалишина гораздо спокойнее. Он сообщал о том, что разбросанные корабли постепенно выводят в безопасные места. 13 февраля контр-адмирал докладывал о ледовых повреждениях «Пантелеймона», 17 февраля — о ходе спасения судов, поврежденных льдами: моряки отливали воду помпами, свозили на берег грузы. Повалишин советовался с Одинцовым и корабельным подмастерьем, и было решено для спасения от напора льдов после конопатки обшить четыре пояса фальшивой обшивкой ниже бархоута, защитить корму и нос, сделать в Копенгагене новые рули. Больных при команде и в больнице состояло 619 человек.
Правда, появилась новая проблема. 18 февраля обнаружилось намерение сжечь русские корабли, оказавшиеся в ледовом плену. В донесении Чернышеву в феврале Повалишин сообщал:
«Сего месяца 18 числа открыли злодейский неприятелей наших умысел к истреблению кораблей на малом рейде в эскадре моей находящихся; злодей сей, который хотя еще не открыт, уговорил шкипера Обреяна, купеческаго судна, который уроженец ирландской, стоящаго близко корабля № 8, чтоб с ветром на эскадру последовавшим зажечь свое судно, с обнадеживанием по великости зло действенной услуги и награждения соразмернаго, но невидимая рука устранила сего злодея, он прибегнул к совету о сем с другом своим, а сей ему изменил, донес здешнему министерству; оное (злодейство) открыто, судно арестовано под крепким караулом, корабельщик посажен в тюрьму».
Текст последующих донесений Повалишина Чернышеву спокойный и деловой. Контр-адмирал сообщал, что принимает провизию, что продолжаются работы по спасению аварийных кораблей. Много оказалось заболевших, и Повалишин указывал некомплект в 1027 человек. 13 марта он писал Чернышеву:
«Стужи при северных и северо-восточных крепких ветрах стоят весьма велики, и лед толще сделался, нежели пред сем был. Корабли: „Северный Орел“ и „Пантелеймон“ стоят в том же положении. Корабли сии в таком стоят страхе, что надежда к сохранению их весьма сумнительна, но буде и спасутся, то не могут без осмотра под водной части в море выдти. Фрегат № 41 в таком же положении, как пред сим доносил. Страхи наши от неприятельских покушений о истреблении здесь эскадры хотя и уменьшились, но совсем тем всякую ночь в превеликой осторожности находимся».
Чувствуется, что флагман начал входить в свои обязанности. Но в это время ему уже готовили замену. Высочайший указ Адмиралтейств-коллегии от 23 мая 1789 года гласил:
«Назначив к командованию эскадрою Нашей в Копенгагене и за Зундом находящейся вице-адмирала Козлянинова снабдили Мы его подробными наставлениями и повелели поспешать прибытием к начальству ему вверенному; между тем Мы надеемся что вы приложите всемерное старание, дабы эскадра сия приведена была как наискорее в исправность к плаванию и действиям, когда наступит к тому время, и что храня надлежащую осторожность противу неприятельских тайных и явных покушений, вы все то наблюсти не оставите, чего польза службы нашей и честь флага нашего требовать будет. Относительно снабдения помянутой эскадры, министр и агент Наши не преминут подавать вам зависящее от них пособие».
6 апреля корабли из гавани вышли на малый рейд. 7 апреля 1789 года Повалишин докладывал Чернышеву:
«Корабли и прочия суда пред копенгагенскою гаванью и в оной стоящие и на них команда обстоит благополучно, больных 512 человек.
Лед на малом фарватере течением и крепким SSO ветрами много разбило и все на рейде корабли и прочие суда к О от онаго очищены, но к W к берегу большой рейд и весь Зунд покрыты еще льдом. От 4 числа от бригадира Одинцова получил известие, что команда на кораблях „Пантелеймоне“ и „Северном Орле“, катере „Дельфине“ и фрегате № 41 обстоит благополучно, больных 160 человек; корабли сии в том же положении, лед около них хотя и становится худ, но весьма толст. Фрегат № 41 на прежнем месте. Из гавани корабли 5 числа вытянулись на рейд».
С весной опасения за корабли уменьшились. 14 апреля эскадра стала верповаться на большой рейд. 21–22 апреля прибыли корабли, зимовавшие у Амагера. Но отвечал за них уже Козлянинов, который прибыл в Копенгаген и 30 апреля принял командование. Об этом Повалишин доложил Чернышеву 1 мая.
Успел контр-адмирал послать донесение и о первых успехах катера «Меркурий» под командованием Р. Кроуна, который Повалишин выслал 19 апреля в крейсерство. 29 апреля Кроун на подходах к Карлскроне встретил шведский вооруженный катер «Снапоп» и с боя взял его. В плен попало 33 человека, убитых не было. О капитан-лейтенанте Кроуне Повалишин писал, что тот «за его храбрость и расторопность заслуживает милость B. C.».
Очевидно, в столице были довольны Повалишиным. 26 ноября 1788 года моряк был награжден орденом Святого Георгия IV степени за 18 кампаний в море. 14 мая 1789 года Безбородко писал Чернышеву, что Императрица пожаловала контр-адмиралу 3000 рублей на экипаж из денег, отпущенных на содержание эскадры в Копенгагене. Смена его Козляниновым объяснялась лишь недостаточным опытом флагмана.
Тем временем Козлянинов 16 мая послал отряд капитана Лежнева (два корабля, два фрегата и катер) для крейсерства в Скагерраке. 17 мая вице-адмирал направил Повалишина со всеми остальными линейными кораблями (кроме 100-пушечных) за остров Драге, где 16–20 июня эскадра стояла на якоре. 19 июля поступил сигнал приготовиться к походу. 21 июля 1789 года эскадра была к северо-востоку от Борнхольма, а утром 22 июля соединилась с главными силами адмирала Чичагова, которые вели 15 июля бой со шведским флотом у Эланда. Шведы перед угрозой всего Балтийского флота укрылись в главной базе, и Чичагов, недолго покрейсировав перед Карлскроной, ушел к Ревелю, оставив в море дежурную эскадру.
23–27 июля флот ходил у Борнхольма, 28–30 июля — у Готланда, 31 июля — 9 августа — у Дагерорда, Оденсхольма, Суропа, затем встал на якорь между Наргеном и Вульфом, а 16 августа — на рейде Ревеля. 27 августа по приказу Чичагова все контр-адмиралы подняли вместо флагов брейд-вымпелы, вице-адмиралы — контр-адмиральские флаги. Флот снялся с рейда за Чичаговым. 28 августа — 11 октября крейсировали в Финском заливе у Дагерорда, после чего вернулись в Ревель. 18 октября отряд Козлянинова вышел из Ревеля и 21 октября прибыл в Кронштадт; в его составе был корабль «Чесма», на котором был поднят флаг Повалишина.