Только 9 июля эскадра вышла в Белое море, 15 июля миновала мыс Норд-Кап. 4 августа получил повреждение руля и течь флагманский корабль № 9, коснувшийся мели. 2 октября 1788 года Адмиралтейств-коллегия слушала рапорты Повалишина и командира корабля № 9 Жохова о том, что корабль недалеко от Рамс-фьорда стал на мель, но волны его сдвинули, и при ударе сломало крючья креплений руля. Оказалось, что ошибка в счислении места равнялась 43 немецким милям. 5 августа Повалишин, перейдя на корабль № 75, отправил поврежденный корабль в Христианзанд для ремонта и зимовки. Жохов с 4-го по 14 августа боролся за спасение корабля и привел его в Христианзанд, за что получил похвалу коллегии. Остальные продолжили путь. Но привести эскадру на Балтику Повалишину сразу не довелось. 21 августа с датского судна была доставлена депеша о начале войны со Швецией. Пройдя Каттегат, эскадра 24 августа встала на рейде Эльсинора, а 29 августа прибыла на Копенгагенский рейд. К этому времени в районе Копенгагена стояла эскадра вице-адмирала Фондезина из трех 100-пушечных кораблей. В письме адмиралу Грейгу 18 июля И. Г. Чернышев писал, что после прихода Повалишина у Фондезина будет 8 кораблей и 3 фрегата, с которыми он будет способен на самостоятельные действия. Существовал расчет и на поддержку датского флота.
В высочайшем указе адмиралу Грейгу от 25 июля эскадра Повалишина лишь упомянута. В ответном всеподданнейшем донесении от 9 августа Грейг писал: «В разсуждении же отряда небольшой эскадры в Средиземное море, если бы корабли, пришедшие из города Архангельскаго под командою контр-адмирала Повалишина, были обшиты, то по окончанию здешней кампании, узнав подробно все обстоятельства, можно бы оные корабли вместе со 3-мя 100-пушечными послать будущею зимою в Средиземное море». Но война со Швецией заставила оставить корабли на Балтике.
В. П. Фондезин 25 августа рапортовал, что корабли из Архангельска пришли на рейд Эльсинора. Вице-адмирал намеревался, пополнив запасы на кораблях Повалишина, выйти в море всеми силами, атаковать и разбить шведский флот, если бы тот вышел из Гельсингфорса. Тем временем эскадра Повалишина прибыла в Копенгаген, и 1 сентября контр-адмирал писал И. Г. Чернышеву:
«По продолжительному моему от Архангельска плаванию и по постигшему несчастному приключению с кораблем № 9, наконец с оставшимися 4-мя кораблями и 2-мя фрегатами 23 числа августа пришел на гельсинорский рейд благополучно, и за противным ветром был на оном по 28 число, а онаго числа на копенгагенский рейд прибыл благополучно.
27 числа августа получил я от Самоила Карловича ордер, которым повелевает, что по воле Ея И. В. с порученною мне эскадрою должен я состоять в его команде, и для подкрепления морских Ея И. В. сил у Копенгагена находящихся явиться к главному над ними начальнику вице-адмиралу Фондезину. И в силу сего соединился с оным вице-адмиралом».
До присоединения к Фондезину Повалишин принимал из адмиралтейства пушки. Так как в Копенгаген прибыло судно с 43 30-фунтовыми орудиями из Каррона, было решено установить их на корабли копенгагенской эскадры. Таким образом решили проблему пушек, утонувших у бара.
Между тем 6 июля Грейг нанес поражение шведскому флоту при Гогланде и заблокировал его в Свеаборге. 26 августа он в письме Безбородко предложил копенгагенской эскадре Фондезина зимовать в Христианзанде (Норвегия), ибо корабли Повалишина не были обшиты и могли пострадать от льдов, но их можно было за зиму обшить сосновыми досками. Фондезину был послан Высочайший указ от 2 сентября идти на зиму в Христианзанд, чтобы бороться с неприятельской торговлей и поддерживать датчан. В письме 4 сентября Фондезину Грейг ставил ему задачу не допускать шведский флот в Карлскрону, бороться с судоходством в проливах при участии кораблей Повалишина.
Рескрипт адмиралу Грейгу от 2 сентября включал строки: «…я ожидаю известия о прибытии архангелогородской эскадры, чтобы, поруча начальство контр-адмиралу Повалишину, вице-адмирала Фондезина отозвать по причине приписываемой ему нерешительности».
Как бы в ответ на рескрипт от 2 сентября в письме к Безбородко 5 сентября Грейг высказывал свое мнение: «Г. Повалишин будучи хорошим офицером, в то время когда находится под командою старшаго над ним, не может быть, по мнению моему, сам отдельным начальником, особенно в то время когда эскадра наша должна будет действовать сообща с эскадрою иностранною». Он рекомендовал П. И. Ханыкова и предлагал дать ему чин флагмана, а прочих отчислить к адмиралтейству.
Грейг послал 10 сентября 1788 года ордер Фондезину о задачах соединенной эскадры: крейсировать до середины или конца ноября, не допуская прорыва шведов из Свеаборга в Карлскрону, после чего ремонтировать суда в Копенгагене и идти на зимовку в Христианзанд; как осенью, так и весной следовало держать в проливах отряд кораблей для борьбы с вражеским судоходством, а главные силы вернуть в Копенгаген лишь весной.
Фондезин этих указаний не выполнил. Организовав кровавую и бесполезную вылазку на мирное селение в Швеции, он нарушил добрые отношения с датчанами. 24 сентября вице-адмирал сообщал Чернышеву, что эскадра Повалишина до 23 сентября не могла выйти с Копенгагенского рейда из-за противного ветра. Соединившиеся эскадры отправились для крейсерства у Карлскроны и Эланда. Получив сообщение из Ревеля, что балтийские эскадры идут на зимовку, уже 11 октября Фондезин собрал военный совет, который постановил находиться в море до 20 октября, и 29 октября русско-датская эскадра вернулась в Копенгаген. 6–12 ноября присоединились 3 корабля, присланные для подкрепления из Ревеля. Но Фондезин не возобновил крейсерство. Более того, он 22 ноября в нарушение ордера Грейга решил оставить эскадру на рейде Копенгагена из-за недостатка воды и провизии. Последствия решения сказались быстро. 3 декабря крейсерская эскадра Одинцова (2 корабля, 2 фрегата и катер), вышедшая 22 ноября, вернулась из-за льда и быстро вмерзла в лед, как и все остальные корабли, большинство которых стояло на рейде. А 4 декабря началась подвижка льдов, создавшая угрозу судам. Такое положение вещей было нетерпимо. 17 декабря Фондезин получил высочайшее повеление передать линейные корабли Повалишину; 22 декабря он сдал ему и эскадру, и транспортные суда.
Высочайший указ контр-адмиралу от 18 ноября гласил:
«Указали мы вице-адмиралу Фондезину возвратиться сюда, сдав вам команду, до будущего соизволения Нашего, над всеми там имеющимися морскими нашими силами. Во ожидании покуда можно будет доставить подробные наставления о предлежащих на следующую кампанию действиях, повелеваем вам: 1) взять меры, по соглашению с министром нашим бароном Криденером, о помещении для пребывания на зимнее время кораблей, фрегатов и прочих судов в порте датском, который за выгоднейший, удобнейший и безопаснейший признан будет; 2) пещися о доставлении всего надобнаго для пропитания людей и для приведения в наилучшую исправность вооружения под ведомством вашим имеющегося; а как датское правительство при начатии военных действий получило не малое количество сухарей из заготовленных для флота нашего, то и нужно, чтоб оные в натуре возвращены были для продовольствия эскадры нашей; о прочей же провизии и других потребностях распорядите с бароном Криденером и с агентом нашим Конингом. Потребные в прочем деньги доставлены вам будут от нашего генерального прокурора князя Вяземскаго; 3) покуда есть удобность, да и при наступлении весны, как скоро можно будет, старайтеся посредством легких судов беспокоить шведскую торговую навигацию и их транспорты, с наблюдением однако осторожности, дабы наши легкие суда не попались в руки неприятеля; 4) хранить также всю нужную осторожность, дабы неприятель не предпринял чего вреднаго против эскадры нашей, когда оная в порте находиться будет; 5) вообще советовать с министром нашим и его мысли на пользу службы нашей приемля за благо, с оными сображаться, а при том нам часто о всем нужном доносить».
