Из рескрипта видно, что по принятой Павлом I классификации Круза назначили адмиралом красного флага (командиром арьергарда флота, 3-й дивизии).
Настроение Императора под влиянием событий менялось быстро, и через несколько дней милость сменилась гневом. Анонимный доносчик сообщил, что многие моряки используют казенных людей для личных нужд. Проведенное расследование установило, что у людей разных чинов, от адмирала до корабельного мастера, в услужении состояло 827 человек; первым в списке стоял адмирал А. И. Круз, которому в Кронштадте служили 12, на мызе (в усадьбе) — 14 моряков. Надо сказать, что адмирал пользовался обычной для екатерининского времени возможностью гораздо скромнее, чем менее заслуженные деятели. Генерал-адъютант Кушелев в письме адмиралу А. Н. Сенявину от 21 декабря сообщил о выговоре Павла I «за держание в дачах и на мызах казенных людей»; Император грозил поступать с теми, кто будет использовать казенных людей для своих нужд, как с нарушителями его повеления. Разумеется, повеление было выполнено, и Круз строго его придерживался.
Павел I стремился хотя бы по форме изменить многое, существовавшее при его матери. Сохранив за собой звание генерал-адмирала, он значительное внимание уделял флоту. Первоначально переменам подвергалась одежда моряков, Император преследовал нарушения в Адмиралтейском ведомстве. Но были у Павла I и более серьезные попытки улучшения флота; в частности, он сделал попытку создать курсы повышения квалификации командного состава и писал Крузу:
«С. Петербург, января 26-го дня 1797 года.
Господин Адмирал Круз! Извольте учредить по вашей дивизии класс, как для флагманов, капитанов и офицеров, в которой собираться ежедневно всем тем, кои службою того дня заняты не будут; в классе проходить все нужные для морского офицера науки: как то тактику, еволюцию, навигацию, практику, о корабельной архитектуре, равномерно читать новый устав. В прочем пребываем к вам благосклонны».
Нет сведений, как проходили эти занятия. Вряд ли флагманы и капитаны, при их высоком положении, поддержали инициативу Императора, а тот, по обыкновению, скорее всего, оставил ее, как только увлекся новой идеей.
В 1797 году монарх, пользуясь своим новым положением и властью, решил выступить в роли командующего флотом, подобно Петру I. Он указал вооружить в Кронштадте и Ревеле 24 линейных корабля, 6 фрегатов, 3 катера, люгер и 3 транспорта для маневров на Балтике; к ним должны были присоединиться вызванные из Англии 3 корабля, 3 фрегата и катер эскадры М. К. Макарова.
В ходе знаменитого плавания 7–12 июля, тешившего флотоводческую гордость Павла I, А. И. Круз командовал арьергардом. Интересно, что при подготовке расписания кораблей по эскадрам и распределении командования в расчет приняли то, что для адмирала с больными ногами именно корабль «Святой Николай» был оборудован специальным трапом.
В ходе плавания корабль А. И. Круза прижало к мели, и он был вынужден стать на якорь и отстать от эскадры, чем Император остался недоволен. Он послал своего флаг-офицера A. C. Шишкова спросить, не сделал ли кто на корабле какого упущения; адмирал твердо отвечал: «Донесите Государю, что у меня никого нет виноватого; я сам все делал. В угодность ему я больным пошел в море; самому себе я мог приказать, но с богом спорить не могу». Эти слова, приведенные в воспоминаниях Шишкова, показывают раздражение императорскими указаниями, которое проявилось и у заслуженного адмирала. Шишков утверждал, что передал слова Круза в смягченном виде. В противном случае Круз мог присоединиться к тем адмиралам, которые после маневров 1797 года ушли со службы.
После отъезда Императора с эскадры Круз также съехал на берег. Но уже 13 июля он получил указ:
«Петергоф, 13 июля 1797 года.
Господин Адмирал Круз! С получением сего имеете вы корабли дивизии красного флага, по свозе с них пороху, ввести в гавань, но, не разоружая их и не свозя никаких запасов, как военных, так и съестных, оставить совсем готовыми к выходу в море, разумея сие и о тех кораблях, кои были в Англии. Фрегаты же всей дивизии вашей должны отправлены быть с прочими в море под командою нашего контр-адмирала Шишкина, которому куда следовать и повеление от нас дано. В прочем пребываем к вам благосклонны.
Павел».
В тот же день контр-адмирал Шишкин получил указ с 5 фрегатами и катером отправиться для практики гардемаринов к острову Борнхольм и опрашивать шкиперов с целью узнать о приближении иностранных судов, а при известии о движении франко-голландского флота сообщить адмиралу A. B. Мусину-Пушкину, который стоял с эскадрой в Ревеле. 14 июля повеление быть в готовности получил от Адмиралтейств-коллегии и гребной флот.
Меры безопасности принимались на случай появления в Балтийском море эскадры, враждебной антифранцузской коалиции, которую начал создавать Павел I. Крейсерство эскадры Шишкина позволило удостовериться, что французский и голландский флоты не соединились, а у Текселя крейсирует союзная британская эскадра.
После плавания под командованием Павла I многие получили награды. А. И. Крузу вручили табакерку с монограммой Императора, украшенную бриллиантами, земельные владения и каменный дом. Высочайшая грамота гласила:
«Нашему Адмиралу Крузу. Вследствие 25-й статьи от нас изданного статута Российского ордена Всемилостивейше жалуем вам командорство, состоящее в Московской губернии, в Московском уезде из селений: села Копотни, деревни Резанцовой, деревни Лукьяновки, деревни Токаревой, деревни Денисьевой, деревни Кишкиной и деревни Гремячевой. Присвоенное кавалеру Российского ордена наименование святого Апостола Андрея под № 7-м позволяя вам пользоваться оным на основании помянутого статута и указа Нашего от 30 апреля 1797 года.
Дано в Петербурге июля 17-го дня 1797 года.
Орденский казначей
князь Алексей Куракин».
Грамота эта делала Круза дважды москвичом, а следующий именной указ, который коллегия заслушала 27 июля, закреплял имущественное положение семьи в Кронштадте:
«Состоящий в Кронштадте инженерный казенный дом с садом и со всем к нему принадлежащим повелеваем отдать нашему адмиралу Белого флага Крузу, которому тот дом всемилостивейше пожаловали Мы в вечное и потомственное владение».
Из документа видно, что А. И. Круз получил повышение, став адмиралом белого флага, командовавшим кордебаталией; после ухода в отставку А. Н. Сенявина и В. Я. Чичагова он оказался во главе Балтийского флота. 2 августа Круз принял у Чичагова дивизию белого флага.
В кампанию 1798 года адмирал получал указания уже как командующий флотом. 9 января генерал-адъютант Императора Кушелев писал Адмиралтейств-коллегии:
«Его И. В. высочайше соизволил назначить для будущей кампании Балтийского моря 15 линейных кораблей и 6 фрегатов с приличным числом катеров и других судов для посылок, которые и составят дивизию белого флага, коею командовать адмиралу Крузу, авангардией вице-адмиралу Макарову, ариергардиею контр-адмиралу Шишкину, резервною же эскадрою контр-адмиралу Карцову. От города Архангельского 5 кораблей и 3 фрегата, коими командовать вице-адмиралу Тету».
22 января Кушелев сообщил коллегии о приказе Павла I оборудовать флагманский корабль Круза специальным трапом, как «Святой Николай». В тот же день последовал указ о подготовке 2 гребных отрядов и 5 легких судов на озере Сайма.
Рескрипт Крузу от 22 апреля определил его задачи на кампанию:
«Господин Адмирал фон Круз, для кампании имеющей быть в лето сего года корабельный флот, вверенный от Нас в команду вашу, повелеваем разделить на три равные эскадры, чтобы каждая эскадра состояла из 5-ти кораблей и приличного числа фрегатов, расположа оные в крейсерство по Балтийскому морю следующим образом:
Первое, Авангардия под командою Нашего Вице-Адмирала Скуратова, долженствует иметь наблюдения свои от острова Даго до Ревеля; Кордебаталия под командою вашею, от острова Борнхольма до острова Езеля, а Арьергардия под командою Контр-Адмирала Шишкина от Любской губы до острова Борнхольма. Второе, вы собственно с кораблем Вашим, на коем будете иметь флаг свой, взяв притом еще два корабля или сорокапушечных фрегата можете переходить для осмотра из одной эскадры в другую и быть из оных в той где присутствие Ваше нужнее будет. Во время отбытия Вашего от Кордебаталии тотчас принимает оную в свое управление командующий резервною эскадрою контр-адмирал Карцов. Третье, вся цель плавания сего состоит в том, чтобы вследствие трактатов и условий соблюсти вооруженный нейтралитет и не допустить в Балтийское море никаких чужеземных военных судов, а потому и наблюдать тщательно, как оба Бельта так и Зунд. Четвертое, между крейсерующими эскадрами учредить посредством авиз и фрегатов сообщение дабы в случае ежели бы каковые обстоятельства востребовали, в котором либо пункте соединения всех эскадр, то немедленно бы возможно таковое оным сделать. Пятое, все сие должно начато быть исполнением тогда уже, когда вверенная Вам дивизия Нами осмотрена будет пред Ревелем, почему соединясь ожидать прибытия Нашего у острова Наргена. В прочем пребываем вам всегда благосклонны».