Однако так как окончание постройки лодок, наряду с броненосцами, задерживалось, да и результаты ежегодных учебных десантов оставляли желать лучшего, то не допускавший в этом деле риска И.А. Шестаков настоял на отсрочке операции до полной готовности, так при нем и не достигнутой. Между тем, возрождение Черноморского флота с одной стороны заставляло Турцию прислушиваться к пожеланиям России, с другой же — беспокоило султана и толкало его в объятия Тройственного союза. Более вероятным становилось и проникновение через проливы английской Средиземноморской эскадры, способной при содействии турок поставить Черное море под свой контроль.
Еще одним последствием Афганского кризиса стала попытка управляющего придать большее значение подготовке к борьбе с Англией крейсерами, базирующимися на Владивосток. Считая, что угроза крейсерской войны в Тихом океане может заставить англичан уступить России в интересующих ее внешнеполитических вопросах, он в 1886 году решил усилить Тихоокеанскую эскадру, финансовые же ограничения заставили его сделать это за счет упразднения отряда судов в Средиземном море, несмотря на сопротивление Министерства иностранных дел и диаметрально противоположные предложения контр-адмирала Н.И. Казнакова, доказывавшего большое значение крейсерства у Дарданелл и в Архипелаге. Составленный вслед за тем лейтенантом М.К. Истоминым план содействия Босфорской операции атаками английской эскадры и турецких войсковых транспортов миноносцами на подступах к Дарданеллам был в целом одобрен, но никаких мер к обеспечению его реализации в течение нескольких лет не принималось. В Средиземном море, к некоторому ущербу для внешней политики, остался единственный станционер.
Тихоокеанская же эскадра, с 1887 года постепенно увеличивавшаяся в полном соответствии с расчетами И.А. Шестакова, к концу 1880-х годов достигла намеченной им численности, однако параллельное усиление английской эскадры, китайского и японского флотов, в составе которых появились достаточно мощные броненосцы, свело все усилия российского Морского министерства на нет. Выдвинутый было управляющим в 1887 году, но весьма мало обоснованный план высадки десанта в английских колониях, после его смерти не получил развития. Да и в целом этот второстепенный, по сравнению с европейским, театр, даже в случае достижения господства на нем, не позволял существенно влиять на внешнюю политику Англии, а тем более стран Тройственного союза, что и было учтено преемником И.А. Шестакова, вице-адмиралом Н.М. Чихачевым.
На протяжении 1880-х годов, при обострении ситуации на дальневосточных границах империи, возможность которого связывалась главным образом с военно-политической активизацией Пекина, планировалось по примеру прошлых лет посылать в Тихий океан балтийские эскадры. Другие варианты развития событий практически не рассматривались, хотя возможное столкновение с Японией поставило бы российский флот в трудные условия, а исход его в значительной мере зависел бы от позиции Англии, в руках которой были сосредоточены средства ремонта и снабжения судов в прилегающих к Японии водах.
Что касается Балтики, то руководящие круги морского ведомства считали достаточными имевшиеся средства обороны Петербурга с Кронштадтом, Свеаборга и финляндских шхер. Сверх того, на совещаниях 1881 года положения разработанных в 1854–1855 и уточнявшихся в 1863–1864 и 1877–1878 годах оборонительных планов были объединены с общим указанием на необходимость активных действий и отвлечения германского флота крейсерскими операциями в океане. Опасность высадки десанта на берега Княжества Финляндского и прибалтийских губерний, отличавшихся прогерманскими симпатиями влиятельных слоев населения, осознавалась, но первоначально не рассматривалась. Впрочем, сближение с империей Гогенцоллернов в 1881 году, казалось, устраняло угрозу столкновения в ближайшем будущем,
Тем не менее, И.А. Шестаков прислушался к доводам Н.М. Чихачева, призванного им на пост начальника ГМШ, и согласился дополнить систему базирования Балтийского флота опорным пунктом в Либаве, позволявшим выводить корабли в открытое море даже зимой. Правда, управляющий не признал возможным устроить там крупный военный порт, что ставило решение Особого совещания 21 августа 1881 года относительно борьбы с германским флотом на более твердую почву, а полагал достаточным иметь только морскую станцию», едва отвечавшую потребностям крейсерской войны.
Зато адмирала увлекла мысль дополнить оборону побережья Финского залива устройством передовой позиции для миноносцев в Моонзунде, подсказанная ему капитаном 2 ранга Ф.В. Дубасовым. Однако реализовать этот замысел, предполагавший некоторое смещение рубежа постоянно контролируемых Балтийским флотом вод на запад и юг, за пределы Финского залива, но оставлявший без должной защиты большую часть Курляндского побережья на фланге войск, располагавшихся вдоль границы с Германией и прикрывавших стратегическое развертывание армии, И.А. Шестаков не успел. Сменивший его Н.М. Чихачев, с одной стороны считавший необходимым базирование на незамерзающий порт броненосной эскадры, способной оспаривать у немцев господство на театре или угрожать коммуникациям вторгшихся на Балтику англичан, а с другой — крейсеров большого водоизмещения, пригодных для длительных действий в Атлантике и Индийском океане, на основных путях британской морской торговли, предпочел обустроить Либаву, где уже реконструировался коммерческий порт и намечалось сооружение крепости.
Впрочем, до конца 1880-х годов российский флот, постепенно увеличивавшийся, продолжал опираться практически на прежнюю, все более устаревавшую систему военных портов: на Дальнем Востоке — плохо оборудованный Владивосток, на Черном море — Николаев и расширявшийся с 1884 года, но еще не вполне обустроенный Севастополь, на Балтике — надолго замерзавшие и удаленные от границ Германии Кронштадт, Свеаборг и Ревель. Эта система, позволявшая решать отдельные задачи береговой обороны и обеспечить Босфорскую операцию, не удовлетворяла потребностям войны с Германией или Англией. Последнюю Шестаков считал главным противником России. Однако, хотя она была уязвима лишь в океанах, на торговых коммуникациях, Морское ведомство не сумело расширить возможности для ведения успешной крейсерской войны. У него по-прежнему отсутствовали угольные станции, равно как и система снабжения и осведомления крейсеров в целом, не было достаточного числа кораблей с большой автономностью, высокой скоростью и сильным вооружением.
Правда, поиски мест для устройства легальных или секретных опорных пунктов в дальних морях продолжались на протяжении всех 1880-х годов, но успеха не имели. Кроме того, министерство весьма неспешно обновляло состав морально и физически устаревавших крейсеров, поэтому они становились оружием скорее психологическим, нежели боевым, что во многом подтвердилось в дни Афганского кризиса. Наконец, все более сомнительной становилась сама идея крейсерской войны, особенно с Англией — одним из важнейших, наряду с Германией, торговых партнеров России. Даже кратковременная приостановка экспортно-импортных операций могла отозваться неприемлемо высокими экономическими потерями, далеко превосходящими ожидаемые военно-политические приобретения. Заметно осложнились бы и внутрихозяйственные связи, так как в силу географического положения страны важнейшие морские пути дальнего каботажа легко блокировались.
Но именно крейсера, как и в предыдущий период, оставались единственным инструментом морского ведомства, использовавшимся для решения внешнеполитических задач. Несмотря на пребывание в Средиземном море броненосца «Петр Великий», крейсера обеспечивали присутствие российского флага в египетских водах во время кризиса 1882 года. Они же в 1886 году были посланы к берегам Болгарии и участвовали в международной морской блокаде Греции, правда, учитывая специфику российско-греческих отношений, не проявляя излишней активности. Следует отметить, что количественная и качественная неравноценность представлявших Россию корабельных соединений иностранным лишь подчеркивала ограниченность находившихся в ее распоряжении средств воздействия на международную политику. Тем не менее, благодаря подобным акциям Петербургу удавалось сохранять свое место среди великих держав.
