Только братство мусульман оказало эффективное сопротивление британскому господству, что гарантировало ему легитимность в глазах мелкой буржуазии Египта. Правительство официально распустило мусульманское братство в 1948 году после убийства ненавистного шефа полиции Салима Заки во время волнений в медицинской школе Каирского университета. К тому времени в рядах организации уже насчитывалось более миллиона человек — притом что население Египта составляло восемнадцать миллионов жителей. Братство было хорошо организовано. Оно состояло из кооперативных «семейств» — ячеек, насчитывавших не более пяти членов. В случае опасности братство было трудно обнаружить и невозможно уничтожить. Вскоре в «Обществе братьев-мусульман» возникла силовая структура, и она глубоко укоренилась в исламистском движении. С одобрения Банны в братстве появился «секретный отдел». Хотя большинство акций организации было направлено против британцев и быстро уменьшающегося еврейского населения, она вскоре взяла на себя ответственность за взрывы в двух каирских кинотеатрах, убийство видного судьи, покушения на жизнь нескольких членов правительства. К тому времени, когда правительство в целях самозащиты ликвидировало Банну, секретный отдел приобрел большое влияние, не поддающееся контролю рядовых членов братства.
В ответ на обстрелы своих баз в январе 1952 года британские силы напали на полицейские казармы в городе Исмаилия, на территории зоны канала. В течение двенадцати часов они вели непрерывный огонь и убили пятьдесят полицейских-новобранцев. Сразу после выпуска новостей взволнованные толпы египтян вышли на улицы Каира. Они сожгли старый британский бордель при клубе «Торф» и известный Отель Шеферда. Поджигатели во главе с членами секретного отдела перерезали брандспойты пожарных машин, затем двинулись дальше по европейскому кварталу, сжигая все кинотеатры, казино, бары и рестораны. К утру от квартала остались лишь руины и густое черное облако. Было убито по меньшей мере тридцать человек, разрушено более семисот зданий, пятнадцать тысяч человек остались без работы и двенадцать — лишились крова. Космополитический Каир умер. Должно было родиться что-то новое. В июле того же года военная хунта привела к власти молодого армейского полковника Гамаля Абделя Насера. Короля Фарука посадили на яхту. Правительство уступило власть, не оказав никакого сопротивления. Впервые за две тысячи пятьсот лет Египтом управляли египтяне.
Кутуб возвратился домой, в пригород Хельван, в древности известный целебными серными водами, и занялся прежней деятельностью в Министерстве просвещения. Он занял двухэтажную виллу на широкой улице, где росли палисандры. Огромный, во всю стену кабинета, шкаф Кутуб заполнил пластинками с классической музыкой. Раньше в этой комнате заседали заговорщики, планировавшие революцию: Насер и военные специалисты действовали в согласии с мусульманскими братьями. Несколько офицеров, в том числе будущий преемник Насера Анвар Садат, имели тесную связь с братством. Если бы попытка переворота потерпела неудачу, «братья» должны были помочь офицерам бежать. В случае беспрепятственного свержения правительства «братья» получали право участвовать в перевороте.
Кутуб опубликовал открытое письмо лидерам революции, советуя им произвести чистку старого коррупционного аппарата и установить «справедливую диктатуру». Насер пригласил Кутуба стать советником Совета революционного командования. Кутуб надеялся на портфель министра, но когда ему предложили на выбор посты министра просвещения и генерального директора Каирского радио, он неожиданно отказался от обоих. Насер назначил его главой Революционного издательского отдела, но после нескольких месяцев работы Кутуб оставил и эту должность. Переговоры между ними были острыми, что соответствовало ситуации. Обе организации хотели управлять страной, но ни одна фракция не получила народной поддержки.
Как это неоднократно происходило в истории Ближнего Востока, шла борьба, круг участников которой быстро сужался к выбору между военным обществом и религиозным. У Насера была армия, у «братьев» — мечети. Политическая мечта Насера — построить современный, справедливый, светский и промышленно развитый панарабский социализм, где все проявления жизни были бы под тотальным контролем государства, обеспечивающего благо. Мечта имела мало общего с теократическим исламским правлением, которого добивались Кутуб и его собратья. Исламисты требовали полностью изменить структуру общества — так, чтобы каждый мусульманин достиг самого чистого состояния духа. Это могло быть сделано только через строгое выполнение законов шариата. Все, что им не соответствовало, было, как утверждали исламисты, не исламом, а джахилией — состоянием языческого мира до получения Пророком откровения от Аллаха. Кутуб выступал против равенства, потому что Коран говорил: «Мы создали вас, как класс на классе». Саид осудил национализм, потому что это противоречило идеалу мусульманского единства. Ретроспективно нетрудно увидеть, что Кутуб и Насер неправильно понимали друг друга. Единственное, что их объединяло, — величие собственных идей и враждебность к демократическому строю.
Насер впервые бросил Кутуба в тюрьму в 1954 году, но после трех месяцев освободил и позволил стать редактором мусульманского журнала «Аль-Ихван аль-Муслимин», печатного органа братства. Возможно, Насер надеялся, что эта показная милость укрепит его авторитет среди исламистов и воспрепятствует их выступлениям против светских идеалов нового правительства. Или он полагал, что Кутуб достаточно наказан пребыванием в тюрьме. Насер, как и король Фарук, недооценивал непримиримость врага.
В то время как Насер договаривался с британцами о соглашении, которое положило бы конец оккупации, Кутуб написал немало резких критических передовиц, призывающих к джихаду. В августе 1954 года правительство закрыло журнал. К тому времени неприязнь между «братьями-мусульманами» и военными лидерами достигла уровня ненасильственной оппозиции. Стало ясно, что Насер и не собирался производить исламскую революцию. Кутуб был настолько взбешен, что создал тайный заговор с египетскими коммунистами, закончившийся неудачной попыткой свергнуть Насера.
Идеологическая война достигла кульминации ночью 26 октября 1954 года. Насер обратился к огромной толпе на площади в Александрии. Вся страна не отрывалась от радиоприемников, когда член мусульманского братства вырвался вперед и восемь раз выстрелил в египетского президента. Он ранил охранника, но в Насера так и не попал. Это был поворотный момент его правления. Несмотря на хаос и панику, Насер продолжал говорить. «Пусть они убьют Насера! Кто такой Насер, если он один из многих? — кричал он. — Я жив, но даже если я умру, то все вы — Гамаль Абдель Насер!» Если бы покушавшийся попал, то он, возможно, стал бы героем, но неудача принесла Насеру невиданную ранее популярность. Это позволило ему повесить шестерых заговорщиков и посадить тысячи других в концентрационные лагеря. Насер думал, что он сокрушил «братьев» раз и навсегда.
Рассказы о мучениях Саида Кутуба в тюрьме создали своего рода «Страсти» исламских фундаменталистов. Говорят, что в момент ареста у Кутуба была сильная лихорадка, но офицеры государственной безопасности надели на него наручники и бросили в тюремный автомобиль. В пути он несколько раз терял сознание. На протяжении многих часов его держали в клетке с бешеными собаками и затем избивали во время долгих допросов. «Революционные методы применялись к нам в полном объеме», — сказал он на суде, подняв рубашку, чтобы показать следы пыток.
Благодаря признаниям других членов братства результаты судебного расследования стали настоящей сенсацией, представив картину запланированного государственного переворота: разрушение Александрии и Каира, взрывы мостов на Ниле и многочисленные убийства. Беспрецедентная волна террора должна была быть направлена на то, чтобы превратить Египет в примитивную теократию. Улики доказывали, однако, что братья оказались слишком неорганизованны. Три помощника верховного судьи, одним из которых был Анвар Садат, наблюдали за этими слушаниями. Суд приговорил Кутуба к пожизненному заключению, но когда его здоровье ухудшилось, срок сократили до пятнадцати лет.