Особое значение сохранению линии кордебаталии придавали боевые инструкции Королевского Флота (так назвал английский флот Карл II после реставрации) в течение следующих двух англо-голландских войн. 22 ноября 1664 года, когда уже неофициально началась вторая война, брат Карла, герцог Йоркский Джеймс, выпустил пересмотренный вариант инструкций 1653 года. Изменений было немного, но имелись два достаточно серьезных. Прежде всего, капитан должен был «занять такое место в строю, которое было предписано ему боевым приказом», и он должен был «сражаться с противником согласно предписанному порядку». Из этих уточнений становится ясно, что теперь каждый корабль получал точно определенное место в строю.

10 апреля 1665 года Джеймс выпустил аналогичные инструкции, но всего лишь через 8 дней он издал 10 дополнительных инструкций, которые ясно показывают, что он собирается сосредоточить тактическое управление флотом в своих руках. Этот документ также впервые определяет промежуток между кораблями в линии кордебаталии — половина кабельтова (100 ярдов). Эту дистанцию Королевский Флот будет соблюдать почти 200 лет. В конце мая, накануне боя у Лоустофта, принц издал два дополнительных набора инструкций, еще больше усилив положения предыдущих. При Лоустофте Джеймс одержал решительную победу над голландским флотом, который совсем немного уступал по силам английскому. Однако он не сумел организовать преследование разбитого противника, и был отправлен на берег. Вместо него командующими были назначены принц Руперт и герцог Албемарл. Их первые боевые инструкции, датированные 1 мая 1666 года, были повторением инструкций, которые в 1653 году подписал Албемарл, будучи еще генералом Монком.

Хотя на бумаге кильватерная колонна считалась неприкосновенной святыней, в море ее уважали не столь сильно. Во время боя у Лоустофта в нарушение всех инструкций Джеймса его собственный флот раскололся на 4 или 5 отдельных колонн. Когда в июне 1666 года Руперт и Албемарл были разбиты де Рейтером в Четырехдневном сражении, клерк Адмиралтейства Сэмюэль Пепис в своих знаменитых дневниках приводит фразу адмирала сэра Уильяма Пенна, который, впрочем, в бою не участвовал: «Мы должны сражаться в колонне. Если мы сражаемся беспорядочно, дело заканчивается показательным разгромом. Голландцы сражаются иначе. Если мы хотим разбить их, мы тоже должны сражаться иначе». Но эти заключения сделаны адмиралом, который не любил ни одного из командующих, и, скорее всего, они преднамеренно неправильны. Как следует из дневников Пеписа, Пенн прекрасно знал, что истинной причиной поражения была стратегическая, а не тактическая ошибка. Еще перед боем Руперт и Албемарл поступили довольно глупо, разделив свои флоты. В результате Руперт появился в районе боя лишь на третий день. Вдобавок, по мнению Пенна, оба они с точки зрения тактики были в значительной степени авантюристами. Однако он должен был знать, что ни Руперт, ни Албемарл не получили полной свободы действий. Несмотря на пропасть, которая часто возникала между доктриной и практикой, Королевский Флот твердо придерживался кильватерной колонны как основного боевого порядка.

В начале Третьей англо-голландской войны герцог Йорк снова стал командующим флотом. Весной 1672 года он издал боевые инструкции, которые вобрали в себя почти все положения более ранних вариантов. В конце 1672 или начале 1673 года были отпечатаны книги с походными и боевыми инструкциями. Последние состояли из 26 статей, которые собрали все самое полезное из инструкций, появившихся с 1653 года. Эти «Инструкции по наилучшему управлению флотом Его Величества во время похода» и «Инструкции по наилучшему управлению флотом Его Величества во время боя» несколько раз переиздавались и продолжали использоваться до 1688 года, когда Славная Революция сбросила Джеймса с трона. Королевские инструкции были заменены другими, изданными в 1689 году. Они были названы более кратко: «Походные и боевые инструкции». К этому времени линия кордебаталии стала основным боевым строем практически всех европейских парусных флотов.

Но прежде чем полностью реализовать потенциал нового строя, требовалось упорядочить состав флота. Раньше маленькие корабли пятого и шестого рангов могли свободно ввязываться в свалку, пытаясь найти противника соответствующих размеров, либо объединяясь в группы для атаки более крупных кораблей. Теперь с этим было покончено, они должны были держаться в строю и сражаться с соответствующим противником, который мог оказаться значительно сильнее. Разнобой в размерах кораблей мог нарушить целостность линии кордебаталии всего флота, что стало ясно во время англо-голландских войн. Поэтому в 1677 году британский парламент утвердил постройку 30 крупных военных кораблей, которые можно назвать первыми специально спроектированными линейными кораблями, хотя тот термин появился только в самом конце столетия. Они ничем принципиально не отличались от остальных военных кораблей, главное изменение было скорее тактическим, чем технологическим. В будущем в линии кордебаталии могли находиться только корабли первых четырех рангов. На корабли пятого и шестого рангов возлагалось ведение разведки, патрулирование, сопровождение конвоев, рейдерство, доставка донесений. Те корабли, которые входили в состав флота в момент начала боя, должны были занять место на противоположном от противника борту. Они должны были повторять сигналы адмирала, защищать линию от атак вражеских брандеров, принимать сдачу капитулировавших вражеских кораблей. Корабли четвертого ранга, вооруженные 50–60 пушками, которые могли действовать и в качестве крейсеров, сначала составляли львиную долю линейных кораблей. Такое положение сохранялось до середины следующего века, когда развитие кораблей третьего и пятого рангов вытеснило их из линии кордебаталии и из крейсеров.

Все эти новинки окончательно оформили превращение военного корабля из «пехотно-десантного судна» в орудийную платформу. Однако кильватерная колонна не только максимально увеличила огневую мощь флота. Она позволила командующему добиться, пусть не всегда удачно, того, что современная военная теория называет «2 К» — командование и контроль. Это было особенно важно еще и потому, что пока не существовало надежной системы сигнализации. Для подачи сигналов еще в XIV веке использовались флаги, однако они не имели точного значения. Различные размеры и цвета флагов еще не означали различных букв и цифр. Эти флаги указывали на различные статьи боевых и походных инструкций. Конкретную статью указывали сам флаг, место, где он был поднят, поднятые вместе с ним флаги или пушечные выстрелы.

Эта система была крайне несовершенной и не позволяла свободно управлять флотом. Например, основные инструкции 1653 года состояли из 14 статей, 4 из которых были выжидательными приказами (например, не стрелять по противнику, так как существует опасность попасть в свои корабли), а 2 были информативными сообщениями. Их должны были поднимать корабли, выходящие из строя для ремонта повреждений или терпящие бедствие. И лишь 8 были конкретными приказами соответственно тактической ситуации. В то время для доставки приказов командующего флотом командирам эскадр использовались фрегаты и малые суда. Однако эта система тоже работала не лучшим образом. Требовалось резко увеличить количество стандартных приказов в более развернутых боевых инструкциях, что и произошло в конце столетия. Можно сказать, что адмирал, пытающийся сказать что-либо флоту, был просто немым.

Историки часто описывают эволюцию тактики парусных флотов как спор двух школ — догматиков и «активистов». Обе школы считали линию кордебаталии самым подходящим строем для начала боя, но дальше их взгляды расходились. Формалисты считали, что строй кильватерной колонны следует сохранять до полного уничтожения врага. Зато «активисты» выступали за более энергичные действия и полагали, что при некоторых обстоятельствах этот строй можно ломать, чтобы добиться решающей победы.

Но это лишь самое общее изложение взглядов обеих школ, которое позволяет провести различие между взглядами отдельных адмиралов, например, Пенна и Албемарла. В то же время не следует забывать, что адепты каждой школы в свою очередь делились на партии, которые активно отстаивали свои взгляды, хотя не сохранилось следов этих бумажных баталий. Триумф линейной тактики не был следствием победы партии формалистов. Он стал результатом сочетания целого ряда факторов. Прежде всего, сам строй кильватерной колонны оказался очень выгодным. Он позволял максимально использовать огневую мощь флота и прикрывал наиболее уязвимые места корабля — нос и корму, если не считать головной и замыкающий корабли. Требовалось окончательно подавить вольницу капитанов кораблей и командиров эскадр. Колонна позволяла компенсировать несовершенство системы связи. Да и вообще, этот строй соответствовал духу эпохи, который на первое место ставил такие качества, как порядок, организованность, управление.