Ничто не может лучше показать преданность Фаррагата своему долгу и его верность Соединенным Штатам, — которая никогда не была поколеблена, — чем его действия в тот период, когда южные штаты начали рассматривать вопросы об отделении. Правительство Вирджинии в конце концов 17 апреля 1861 года приняло Ордонанс об отделении. Хотя Фаррагат родился в Тенесси, его дом находился в Норфолке. Здесь он «ожидал приказов», пока правительство штата обсуждало вопрос об отделении. Подобно остальным жителям города, Фаррагат горячо спорил с друзьями о целесообразности такого шага. После нескольких недель дебатов мнение начало склоняться в пользу отделения, против чего всегда выступал Фаррагат. Он начал замечать, что к нему стали относиться прохладно, как к «не сохранившему верность Вирджинии».
Он ясно дал понять всем друзьям и жене, что останется верен Союзу, однако внезапность, с которой был принят Ордонанс об отделении, застала Фаррагата врасплох. В Норфолке вспыхнула настоящая лихорадка. Друзья, с которыми он обсуждал события, в большинстве своем были такими же офицерами, жившими в Норфолке. Раньше они высмеивали Фаррагата за то, что он защищал решение Линкольна поддержать форт Самтер. Кроме того, присяга обязывала их защищать конституцию. И теперь они начали жаловаться Фаррагату, что должны либо выйти в отставку, либо покинуть Норфолк. В этот момент он сказал жене, что должен немедленно выехать из Норфолка, прямо в этот же день. И она должна решить, что будет делать.
Вирджиния Фаррагат была связана с Норфолком гораздо крепче, чем ее муж, но ответила сразу и без колебаний: она последует за ним, куда бы он ее ни повел. Это был очень волнующий момент, после чего им пришлось действовать и действовать быстро. Семья покинула дом, где прожила много лет, и даже не смогла попрощаться с родственниками и друзьями. Во второй половине дня Фаррагаты отплыли из Норфолка на пароходе, направляющемся в Балтимор.
Фаррагаты были очень религиозными людьми, их привязанность к дому была сильной. Это был один из самых черных дней в их жизни. Когда они стояли на палубе парохода, уносящего их из Норфолка, они уже начали ощущать тяжесть трагедии, которая поразила страну. Раскол больно ударил по ним, так как они потеряли все, что накопили до этого дня. И в глубине души они должны были сознавать, что с этого момента у них нет обратного пути.
Без происшествий прибыв в Нью-Йорк, Фаррагаты быстро переехали в маленький городок Гастингс-он-Гудзон, где сняли небольшой домик. Они стал их семейным гнездом на время войны. В результате имя Фаррагата оказалось прочно связано с названием городка. Сразу после прибытия в Гастингс Фаррагат сообщил в морское министерство о своем новом месте жительства, причинах переезда и попросил зачислить на службу. В Вашингтоне в это время царил хаос, чтобы не сказать паника. Морской министр Гидеон Уэллес был бывшим газетчиком, но уж никак не моряком. Хотя какое-то время он служил на флоте во время Мексиканской войны, но совершенно не разбирался в проблемах, обрушившихся на него. Среди прочих вопросов, решать которые пришлось Уэллесу, была верность морских офицеров.
Не доверяя решительно никому, Уэллес потребовал, чтобы все офицеры принесли новую присягу, но даже после этого он чувствовал себя не слишком уверенно. Фаррагат сразу дал новую присягу, как только это ему предложили. Однако он был старшим офицером, имел за плечами 50 лет службы. Вдобавок он родился на Юге и был женат на двух женщинах из Норфолка. До самого последнего дня он считал Вирджинию своим родным штатом. Уэллес и командование флота просто не могли поверить людям с таким прошлым.
Вскоре после того как ему исполнилось 60 лет, Фаррагат отправился в Вашингтон, чтобы лично просить о возвращении на службу, но ничего серьезного не добился. Лишь решение Союза привести в действие план «Анаконда» повернуло ход событий в его пользу. Этот план предусматривал медленное удушение Юга путем блокады — а потом и захвата — всех морских портов и установление контроля Севера над рекой Миссисипи. Юг лишался возможности продавать хлопок и табак, что подрывало его экономику. Он также не мог ввозить различные военные материалы, производимые только в Европе. Северяне планировали заблокировать любой, самый маленький заливчик или порт, чтобы не допустить их временного использования. Для выполнения этой колоссальной программы требовалось огромное количество независимых мелких эскадр, которые должны были по мере необходимости взаимодействовать между собой.
На Миссисипи ситуация была несколько иной. Если морские силы захватят реку, ее порты потеряют всякое значение для Юга, в чьих бы руках они ни находились. Первоначальный план предусматривал совместное наступление армии и речной флотилии вниз по течению из города Каир в штате Иллинойс.
Существует некоторая неясность, где и когда родился план одновременного наступления из Мексиканского залива, чтобы начать захват Миссисипи с юга и соединиться с силами юнионистов, идущими вниз по течению. Большинство историков сходятся на том, что это было предложением морского министра Уэллеса, однако позднее на авторство стал претендовать его амбициозный заместитель Густавус В. Фокс, отставной морской офицер. Это же заявлял капитан 2 ранга Дэвид Диксон Портер, второй сын знаменитого командира «Эссекса» Дэвида Портера, но его претензии совершенно необоснованны и выглядят пустым хвастовством. Самым важным пунктом стало решение создать отдельную эскадру специально для захвата Нового Орлеана, причем в кратчайшие сроки, так как требовалось заблокировать реку и перекрыть доступ в нее с моря.
Теперь надо было выбрать командира, который сумел бы наилучшим способом решить эту задачу. Позднее Уэллес напишет, что он с самого начала имел в виду Фаррагата, хотя не отвечал на его просьбы принять на службу. Уэллес утверждал, что на его выбор повлиял тот факт, что Фаррагат немедленно и без колебаний покинул мятежный штат. Последовали несколько совещаний, так как выбор командира эскадры для захвата Нового Орлеана имел большое значение. Однако все говорило в пользу Фаррагата, и в конце 1861 года его кандидатура была утверждена.
До этого момента бюрократическая машина вертелась очень медленно. Теперь дело переходило в руки исполнителей. Фаррагат показал другую сторону своей натуры, менее известную, чем импульсивность. Он оказался человеком, способным медленно и кропотливо готовить операцию. Такое сочетание встречается довольно редко, штабисты, как правило, не умеют командовать в бою. В начале 1862 года он отправился в Мексиканский залив. Несмотря на ядовитую критику со стороны своего подчиненного Дэвида Диксона Портера, который писал прямо заместителю морского министра Фоксу, за несколько недель Фаррагат перевел свои корабли через илистые мели в устье Миссисипи, чтобы приступить непосредственно к штурму Нового Орлеана.
Основу системы обороны города составляли два форта — Джексон и Св. Филипп, которые были расположены на обоих берегах реки, примерно на одной трети расстояния от дельты до города. По приказу морского министра Уэллеса (вероятно, написанному Фоксом) предписывалось «подавить» форты мортирным огнем с канонерок Портера перед тем, как пройти мимо них. Фаррагат прождал результата целую неделю. Так как Портер не сумел разрушить форты, Фаррагат приказал своим кораблям сниматься с якоря и прорываться мимо укреплений. Это они и сделали 24 апреля 1862 года, пройдя под ужасным обстрелом. Фаррагат пишет, что «подобного огня мир еще не знал». Все корабли были повреждены, причем некоторые довольно тяжело. Эскадра понесла потери в личном составе, хотя они оказались не столь серьезными, как предсказывали пессимисты. Флот начал подниматься вверх по реке, сметя маленькую речную флотилию конфедератов и обменявшись несколькими залпами с батареями, которые южане спешно построили в нескольких милях ниже города. Наконец, когда все корабли Фаррагата подошли к Новому Орлеану, делегация старших офицеров юнионистов сошла на берег, чтобы потребовать сдачи города. Город сдался, несмотря на шумные протесты возмущенных толп.
