Единственными британскими территориями, оставшимися в распоряжении роялистов, были острова Силли и Джерси. Задача захватить их была поручена Блейку. Весной 1651 года он начал операцию против Силли, и столица архипелага капитулировала 13 июня. Захват Джерси был отложен, так как в сентябре пришлось отражать высадку молодого короля Карла II в Вустере. Однако к концу года сдались и эти острова. Ликвидация последних сил роялистов на английской земле стала важным этапом морской карьеры Блейка.
Когда в мае 1651 года Дин вернулся на армейскую службу, а в августе умер Попхэм, парламент не сразу стал искать им замену. Вероятно, он полагал, что иметь 3 морских генералов больше не нужно. Несколькими эскадрами, которые были созданы для отражения угроз роялистов и контроля за водами вокруг Англии, вполне могли командовать вице- и контр-адмиралы. В результате Блейк остался единственным генералом и верховным командующим на море. Он оставался им до самой своей смерти.
Положение и репутация Блейка были очень высоки как в Англии, так и за рубежом. Впервые он был избран в Государственный Совет, исполнительный орган парламента, хотя он предпочел остаться довольно пассивным политиком, что было выражением его отношения к политике в целом. Впрочем, обострение отношений между Англией и Соединенными Провинциями сделало пребывание Блейка на суше недолгим. В марте 1652 года правительство поручило Блейку подготовку кораблей для летней кампании «в случае возникновения чрезвычайной ситуации».
Очистив Британские острова от роялистов, парламент не стал тратить время попусту и вознамерился вырвать прибыльную европейскую морскую торговлю из рук Голландской республики. В 1651 году был принят первый Навигационный Акт, нацеленный против голландского господства в торговле. Он запрещал импорт товаров на кораблях любых иностранных держав. Вдобавок парламент вытащил на свет уже подзабытые претензии на господство в Дуврском проливе и Ла-Манше. Командиры английских военных кораблей должны были требовать от иностранных судов спускать флаг при встрече с англичанами. Это требование оказалось искрой в пороховой бочке. Началась война между двумя протестантскими республиками.
Хотя британский флот в начале 1652 года и не был окончательно готов к войне, он все-таки был лучше оснащен, лучше обеспечен и имел лучших командиров, чем в конце прошлого столетия. Англия имела огромное преимущество в географическом положении, так как нависала над всеми голландскими торговыми маршрутами. Зато голландцы были связаны необходимостью организовывать постоянное сопровождение своих многочисленных торговых судов через проливы. Вдобавок Голландию раздирали политические споры между республиканцами и оранжистами, сепаратизм правительств отдельных провинций и неприязнь между отдельными адмиралтействами, что давало англичанам дополнительные преимущества. То, что война оказалась тяжелой, целиком объясняется стойкостью голландских моряков и талантом их командиров — Маартена Тромпа и Михаэля де Рейтера.
В мае Блейк отплыл из Даунса вместе с флотом из 25 кораблей на запад вдоль побережья Англии к Раю. 28 мая голландский флот примерно из 40 кораблей под командованием Тромпа появился возле Дувра и стал на якоря. Отношения между двумя странами были крайне напряженными, так как несколько дней назад уже имели место стычки между английскими и голландскими кораблями в Ла-Манше. 29 мая примерно в 17.00 Тромп повел свой флот вдоль побережья Англии, демонстративно нарушая требование англичан спускать флаг. Чтобы подтолкнуть голландцев признать превосходство англичан, Блейк дал 2 предупредительных выстрела под нос кораблю Тромпа. На третий выстрел Тромп ответил полновесным бортовым залпом. Начался бой.
Корабли Тромпа, вступившие в сражение без всякого строя, вскоре скучились вокруг флагмана Блейка корабля «Джеймс», который оторвался от остального флота. Для Блейка наступило тяжелое время. Хотя «Джеймс» был построен крепче, чем голландские корабли, он получил значительные повреждения, и на нем погибли 40 человек, прежде чем подоспели остальные британские корабли и тоже вступили в бой. Одновременно британская эскадра в Даунсе спешно снялась с якорей и напала на голландский арьергард. Бой продолжался около 4 часов до наступления темноты, и Тромп, потеряв 2 корабля, был вынужден отойти. С рассветом голландцы решили бой не возобновлять и предпочли отойти на восток.
Так как война стала реальностью, Блейк провел значительные реформы в методах командования флотом, в их числе были и меры, направленные на повышение профессионализма морских сил. До сих пор флоты состояли из кораблей, принадлежавших монарху или государству, и пополнялись по мере необходимости арендованными или реквизированными торговыми судами. Большая часть этих кораблей оставалась под командованием своих шкиперов, которых обычно больше всего заботила сохранность своего имущества. Поэтому они старались избегать любых опасностей. Блейк в бою не раз сталкивался с возникающими из-за этого проблемами, и по его настоянию правительство начало назначать своих офицеров командовать частными судами.
Показав, что война имеет чисто коммерческий характер, парламент приказал Блейку захватить как можно больше голландских торговых судов, так как было ясно, что они, не подозревая о начале войны, будут возвращаться домой и превратятся в легкую добычу. В начале июля 1652 года Блейк отплыл на север, чтобы перехватить конвой из Голландской Ост-Индии, который шел северным маршрутом вокруг Шотландии, а также чтобы атаковать голландские рыболовные флотилии в Северном море. Он добился большого успеха, захватив 15 судов из состава конвоя. Блейк также заставил голландских рыбаков выкинуть за борт весь улов сельди и отправил их домой с пустыми руками. Тромпу пришлось выйти в море, чтобы встретить уцелевшие суда и отогнать Блейка. Однако сильный шторм не дал двум флотам встретиться, и Тромп вернулся назад, попав под огонь критики, так как экономическое положение Голландии начало ухудшаться. В результате он был отстранен от командования.
В конце лета и осенью 1652 года Блейк крейсировал у голландского побережья, надеясь перехватить другой голландский флот, который возвращался из Ла-Манша под командованием адмирала де Рейтера. Это ему не удалось, и де Рейтер благополучно проскользнул в свои порты под прикрытием плохой погоды. Голландский флот был приведен в порядок и получил подкрепления, поэтому вскоре он вышел в море, чтобы сразиться с англичанами. Голландцами командовал адмирал Витте Корнелисзон де Витт, к которому вскоре присоединился де Рейтер.
Флоты противников состояли примерно из 65 кораблей каждый. Они встретились 8 октября у Кентиш Нок, так называлась мелководная северная часть устья Темзы. Бой начался после полудня и продолжался до наступления темноты. Ни одна из сторон не построила настоящей линии кордебаталии. Вместо этого отдельные корабли или, в лучшем случае, мелкие группы кораблей устраивали поединки между собой. Более крупные, более сильно вооруженные британские корабли с более агрессивными капитанами контролировали ход боя. Голландские корабли или «масленки», как их презрительно называли англичане, вели себя довольно нерешительно, что было следствием разногласий между командующими, которые подчинялись различным адмиралтействам. Когда на рассвете выяснилось, что голландцы потеряли 3 корабля, а остальные получили значительные повреждения, они не стали возобновлять бой.
Блейк отправил парламенту письмо с описанием хода сражения. В нем он старался убедить правительство как можно быстрее отремонтировать корабли и пополнить припасы, что позволило бы развить успех, полностью разгромив голландский флот. Однако правительство отказалось последовать его советам, ошибочно приняв небольшой успех за решающую победу. По его приказу флот Блейка был распущен, а он сам остался с 40 кораблями охранять Ла-Манш, испытывая нехватку боеприпасов и продовольствия.
После поражения де Витта голландцы снова поставили командующим флотом Тромпа. Осенью 1652 года они были заняты подготовкой флота из 80 кораблей, чтобы провести конвой из нескольких сотен торговых судов в Ла-Рошель и вернуть обратно другой конвой. Чтобы успешно выполнить свою миссию, Тромп должен был разбить Блейка, который тогда стоял в Даунсе. Силы англичан значительно уступали противнику. В декабре Тромп вышел в море, имея огромный флот из 450 торговых и военных кораблей. Узнав о выходе голландцев, Блейк собрал военный совет. Его офицеры поддержали желание своего командующего атаковать противника. Вероятно, Блейк не подозревал, насколько сильнее противник, до того момента, как два флота встретились. Однако никакие обстоятельства не могли остановить его, и 10 декабря начался бой в Данджнесса, примерно в 30 милях вниз по берегу от Дувра. Он оказался самым жарким из сражений этой войны.
