Вскоре монголам пришлось пережить еще одну неудачу: среди лошадей начался мор, из каждых четырех оставалась в живых лишь одна. Так, не получив ни даров, ни выкупа, ни просто награбленной добычи, Ильяс Ходжа вынужден был поспешно покинуть сначала окрестности Самарканда, а потом и Мавераннахр. В городе было большое ликование. Самаркандская оборона показала, как много может сделать народ, когда руководство им попадает в энергичные и верные руки.

Источники скупо говорят о мероприятиях сербедаров в области внутренней жизни Самарканда. У историков XV в. имеется лишь несколько замечаний на этот счет. Шереф ад-дин приводит стих: «О боже, да не будет того, чтобы нищий стал почтенным человеком!» Этих слов мы не встречаем у Низам ад-дина Шами, предшественника Шереф ад-дина Али Иезди. Однако Низам ад-дин Шами говорит о насилиях, которые якобы творили сербедары в отношении к населению Самарканда.

Хондемир даже отмечает, что сербедары начали творить насилия над имуществом райатов (податное земледельческое и ремесленное население). По-видимому, самаркандские сербедары провели какие-то демократические мероприятия. В речи Маулана Задэ, между прочим, говорится о незаконном взимании Хусейном с мусульман джизьи, которая, по-видимому, была отменена сербедарами.

Весть о победе сербедаров над Ильясом Ходжи дошла до эмира Хусейна и Тимура. Зиму последний проводил в Кеше, а Хусейн - на берегу Аму-Дарьи. Весной они сошлись и направились к Самарканду. Остановились они у самого города, в местности Кан-и-Гиль. Оба эмира дали знать сербедарам, что одобряют их поведение и хотят их видеть. Сербедары поверили «добрым» намерениям эмиров, и действительно, на приеме им было оказано много знаков внимания. Однако, когда на следующий день они вновь появились в ставке Хусейна и Тимура, их вероломно схватили, связали и казнили, всех, за исключением Маулана Задэ, которого своим заступничеством перед Хусейном спас Тимур. Что руководило Тимуром в его отношении к Маулана Задэ. По-видимому, между Хусейном и Тимуром существовало разногласие по вопросу о сербедарах. Есть основание думать, что Тимур имел с некоторыми из них старые связи, особенно с сербедарами из среды знати.

Покончив с сербедарами, особенно с таким ярким из них, как Абу Бекр, Хусейн и Тимур вновь подчинили себе Самарканд.

Произошло это в конце весны 1366 года. Совместное пребывание в лагере в Кан-и-Гиль было в известной мере испытанием «дружбы» Хусейна и Тимура. Между обоими эмирами начались недоразумения, которые трудно было преодолеть. Разногласия между ними в отношении к сербедарам осложнялись жадностью Хусейна, который хотел заставить некоторых сподвижников Тимура уплатить ему большие денежные суммы, которые они якобы были должны. Потеряв много имущества во время «грязевой битвы», эмиры эти сильно обеднели и не имели возможности отдать долги. Тимур не хотел ставить своих сподвижников в трудное положение и лично пришел им на помощь. Этим актом щедрости он приобрел в среде своих военных помощников большую популярность. Хусейн же, напротив, нажил немало недругов среди влиятельных людей. Уже в лагере под Самаркандом оба эмира почувствовали, что каждый из них является помехой для другого. Расхождения между ними с каждым годом усиливались, и бывали периоды, когда оба эмира втягивали в круг своих интересов, взаимных схождений и расхождений других мавераннахрских владетелей. Феодальная анархия в стране не могла продолжаться до бесконечности. Наряду с феодальными сепаратистскими силами, в самом обществе того времени накапливались силы, заинтересованные в феодальном объединении, в сложении прочной государственности. Объединения хотели купцы, ремесленники и мусульманское духовенство, а также массы земледельческого населения. Хотя между Тимуром и Хусейном не было таких резких противоречий, какие в свое время имелись между Кебек-ханом и чагатайскими кочевыми беками, однако Тимур лучше, чем Хусейн, понимал требования времени и не покладая рук подготовлял в среде духовенства и городского населения сочувствующие ему группы.

В конце 60-х годов Хусейн взял курс на укрепление принадлежавшего ему города Балха. Он перестроил в нем цитадель - Хиндуван - и возобновил ее стены. В балхскую цитадель он свез свое большое имущество и много оружия. Тимур прекрасно понимал, что все эти мероприятия направлены главным образом против него. Не раз он уговаривал Хусейна не строить в Балхе новых укреплений, однако последний его не слушал. Тогда Тимур решил предупредить Хусейна и самому напасть на него. В 1370 г., собрав хорошо вооруженное войско, Тимур осадил Балх и после значительных усилий и больших потерь пробил брешь в стене Балха и овладел городом. Испуганный и растерявшийся Хусейн спрятался в цитадели.

Видя полную безнадежность своего положения, Хусейн запросил Тимура, какие гарантии тот сможет ему дать в случае, если он сдастся. Тимур просил передать, что обещает сохранить ему жизнь и ничего больше. После этого Хусейн в сопровождении нескольких нукеров вечером вышел из ворот балхской цитадели. Подходя к ставке Тимура, он вдруг струсил, повернул назад и скрылся в первом попавшемся минарете. Случайно забрел туда какой-то человек, узнал Хусейна и, несмотря на обещание молчать, выдал его людям Тимура. Слова, данного Хусейну, Тимур не сдержал: хотя сам он ничего не предпринимал, он не помешал одному из своих союзников - Кейхосрау, владетелю Хутталяна, - убить Хусейна на основе права кровной мести.

Взятие Балха и смерть Хусейна в 1370 г. были в жизни Тимура крупнейшими и решающими событиями. Еще до взятия балхской цитадели к Тимуру явился шейх Береке, родом из Мекки, ставший впоследствии его главным духовником, и вручил ему барабан и знамя (символы власти), предсказав великое будущее. Тогда же Тимур, чувствуя себя фактически хозяином большей части Мавераннахра, провозгласил Суюргатмыша из чагатайской ветви Чингисидов ханом, точнее подставным ханом. На собравшемся после падения Балха курултае начальников тимурова войска (командиры туменов и тысяч) Тимур был провозглашен единым государем Мавераннахра. У Тимура в то время не было соперников ни по личным качествам, ни по тому влиянию, которым он пользовался среди остальных феодальных владетелей страны.

Это прекрасно сознавали и представители мусульманского духовенства. В Балх к Тимуру пришли из Термеза известные термезские шейхи братья Абу-л-Маали и Али Акбар с титулом Худаванд-задэ. Свидание их послужило началом прочных связей с представителями мусульманского духовенства, которые продолжались у Тимура в течение всего его долгого правления.

Одним из первых приказов Тимура было разрушение балхской цитадели и предоставление города на разграбление воинам в наказание жителей за поддержку Хусейна. В цитадели Балха Тимур захватил огромную казну, часть которой он в качестве добычи и как награду роздал своему войску. Из Балха Тимур направился в свой родной Кеш (Шахрисябз), где вновь роздал награды своему войску. Здесь ему пришлось прежде всего заняться внутренними делами. Победа над Хусейном сделала Тимура первым среди остальных владетелей Мавераннахра. Курултай же в Балхе, на котором, кроме подчиненных ему начальников, были и его союзники - другие владетели авераннахра, - своим постановлением узаконил Тимура в качестве единовластного правителя. Тимур прекрасно понимал, главная задача, которая поставлена перед ним всей политикой обстановкой того времени, заключается в преодолении раздробленности и объединении отдельных владений в прочное и сильное государство. Еще в Кеше он назначил одного из близких своих сподвижников - эмира Давуда - эмиром дивана, т.е. сделал его как бы своим везирем. Опираясь на проведенное в жизнь Кебек-ханом (1318-1326) административное деление Мавераннахра на тумены, Тимур провел ряд назначений на должность начальников туменов и на должность тысячников, считая необходимым обеспечить себя достаточным количеством войск.