Но согласие его с правительством Елиас-Ходжи продолжалось недолго, по следующим причинам: известно, что Чингис-хан и первые его потомки были язычниками и во владениях их была полная веротерпимость; но в XIV столетии ханы потомства Гулагу, Батыя, Джагатая и их вельможи начали принимать магометанскую веру, особенно в местах, где была оседлость, где были построены мечети и школы и где была сильная корпорация магометанского духовенства и потомков Магомета. Кочевой же народ, особенно к северу от Сыр-Дарьи, по-прежнему оставался при языческих верованиях и обрядах, что ставило его в частые столкновения с магометанами. Войска Тоглук-Тимура состояли преимущественно из язычников, к которым принадлежало много узбеков.
Судя по названию некоторых племен узбеков, надобно полагать, что это были остатки прежних кочевых народов, населявших при Чингис-хане степи к северу от Тянь-Шаньского хребта, которые, не желая покориться ему, укрылись в ущелья Алтайского, Саянского и Тянь-Шаньского хребтов и в леса Сибири. Но когда между потомками Чингис-хана начались междоусобия, когда власть ханов ослабела, тогда узбеки в свою очередь начали делать набеги на земли джагатайских ханов, однако, вероятно, не имея еще достаточных сил, чтобы быть самостоятельными, подчинились хану Тоглук-Тимуру, с которым и перешли через реку Сыр. Составляя своевольные общины, не подчиненные строгой дисциплине, подобно прежним нашим казакам или туркменам, они, при вторжении в земли между реками Сыр и Аму, грабили мирных жителей, не щадя духовенства и потомков Магомета. Эти грабежи и неуважение к духовному сану были причиной частых столкновений узбеков с Тамерланом, ревностным магометанином. Узнав, что 70 человек из потомков Магомета были схвачены узбеками и посажены в оковах в тюрьму, Тамерлан немедленно велел освободить их. Эти и другие столкновения с узбеками навлекли на него гнев узбеков и Елиаса-Ходжи, который, вероятно, написал об этом своему отцу. По приказанию Тоглук-Тимура велено было умертвить Тамерлана, но приказ этот по какому-то случаю попал в руки Тамерлана.
Угрожаемый этою опасностью и не видя возможности быть полезным своим соотечественникам, он решился собрать смелых и решительных воинов, чтобы с ними прогнать узбеков. Но намерение его было открыто, и он с 60-ю воинами был принужден бежать за р. Аму, с тем чтобы укрыться в бадахшанские горы, в ожидании, пока ненависть к узбекам, за их грабежи и притеснения, не доставит ему более соучастников и не даст возможности произвесть с успехом восстание. На пути к Бадах-шану он заехал к отшельнику Емир-Халалу, который указал ему на степи Ховарезма, в которые он мог безопасно удалиться и скрываться, в ожидании благоприятного времени для произведения восстания. На пути в эти степи к нему присоединился также недовольный узбеками потомок Чингис-хана, правитель области Балха, эмир Гуссейн, с небольшою свитой.
Правитель Ховарезма Текель-Багадур, узнав о месте, где скрывался Тамерлан, и получа приказание Елиас-Ходжи истребить шайку Тамерлана, пошел против него с тысячным отрядом конницы и напал на Тамерлана; нападение это было отбито. Тамерлан сам обладал необыкновенною силой и, начав с 12-летнего возраста ходить с отцом на войну и заниматься воинскими упражнениями, был уже опытный воин. Шайка его состояла из самых решительных и отборных воинов, сражавшихся отчаянно; возобновлявшиеся атаки кончились тем, что у неприятеля осталось только 50 человек, а у Тамерлана 10, из них 7 на лошадях и 3 пеших; Текель должен был удалиться. Находясь в таком несчастном положении, Тамерлан шатался по степям туркестанским, везя на крупе своей лошади жену свою, сестру эмира Гуссейна, в ожидании счастливого оборота своей судьбы. Однажды, когда он прибыл для ночлега к одному колодцу, то трое из его пеших спутников, пользуясь темнотою ночи, украли трех лошадей и скрылись, и так у Тамерлана осталось всего 4 лошади на 7 спутников. Во время его странствования с одного места на другое, какой-то владелец Али-бек Тшун-Гарбани, вероятно желая угодить Елиас-Ходже, схватил Тамерлана и засадил его в яму, наполненную разными насекомыми (наказание, употребляемое в ханствах Средней Азии и ныне), в которой Тамерлан просидел 62 дня. Один из преданных ему людей, бывший потом у Тамерлана министром, успел освободить его из этого заключения. Тамерлан, сопровождаемый 12-ю конными воинами, отправился опять странствовать по степи; на другой день их выезда, когда он остановился у одного домика, на него напали туркмены: во время этой схватки один из туркмен, узнав Тамерлана, остановил своих товарищей и, бросясь к ногам Тамерлана, просил прощения. Тогда все товарищи туркмена согласились быть его спутниками, и их набралось уже до 60-ти человек. Тамерлан, опасаясь быть захваченным узбеками в ховарезмских степях, решился отправиться в Хорассан, в надежде собрать там войско Для изгнания узбеков. На пути к нему присоединилось еще несколько воинов, а также потомков Магомета, так что свита его взросла до 200 человек. На совещании решено было идти в Бухарию, расположить всю свиту в скрытых местах в окрестностях Бухары, а самому Тамерлану отправиться в Самарканд, разведать о расположении жителей к правлению Елиас-Ходжи и подготовить восстание для изгнания Елиас-Ходжи и узбеков. На пути к ним присоединилось еще несколько недовольных, что дало Тамерлану надежду набрать до 2000 чел., готовых следовать за ним. Отделясь от свиты, Тамерлан ночью вошел в Самарканд, где остановился у своей старшей сестры и скрывался здесь 48 дней, подготовляя средства к восстанию. Но узнав, что один из жителей Самарканда хотел открыть его убежище, Тамерлан ночью вышел из Самарканда, уведя с собою 50 чел. конных и роту (сотню) пеших воинов, которые, во время следования к р. Аму, увидя туркменский табун, завладели им и поехали к месту сбора его товарищей, которых набралось до 1000 человек.
Так как этих сил было недостаточно для вступления в борьбу с Елиас-Ходжой и узбеками, могшими выставить против него стотысячную армию, то Тамерлан решился идти в Кандагар, в ожидании, что новые притеснения узбеков и его подвиги в Хорассане увеличат число его сподвижников. Во время следования, в окрестностях Кандагара к нему присоединилось еще до 1000 человек из местных жителей; с помощью их он завладел областью Кермессир. Здесь, по приглашению владетеля области Сеистана, Тамерлан начал войну с его врагами и во время одного сражения был ранен в руку и ногу, почему должен был возвратиться в Кермессир. По выздоровлении он направился к Балху. Так как слава его росла, то на пути к нему присоединилось еще несколько сот воинов, большею частию высших сословий. Из них он выбрал 313 человек самых преданных, мужественных и даровитых помощников, которые потом послужили ему учителями для устройства многочисленной армии, как увидим ниже.
Предпринимая отчаянную войну для изгнания узбеков и усиливая себя войсками, Тамерлан озаботился их содержанием. Чтобы иметь склад запасов, он овладел замком Аладжу, гарнизон которого, состоявший из 300 воинов, присоединился к его отряду. Прибыв в окрестности Балха, он послал разведчиков за р. Аму, которые, возвратясь, объявили ему, что Елиас-Ходжа с войсками находился в окрестностях г. Тармеда и что войска эти производили всякого рода жестокости и грабежи. Это увеличило отряд Тамерлана постоянно прибывавшими воинами, почему он и решился начать военные действия против своих врагов, хотя силы их были в десять раз более его сил; но он был уверен, что ненависть к узбекам, при малейшем его успехе, будет быстро увеличивать его силы, что и случилось. Необыкновенное искусство и мужество доставляли ему в стычках и битвах почти постоянный успех, и, после множества удачных сражении, он успел прогнать узбеков за р. Сыр (1369-1370 г.).
Не имея подробных планов той местности, на которой происходили эти битвы, нельзя судить о достоинстве распоряжений и тактических движений Тамерлана; поэтому считаю бесполезным описывать их. Можно только делать заключение о мужестве и искусстве Тамерлана из того, что, начав войну с 2000-м войском против 20000-й армии узбеков, противопоставленной ему, кроме 80000, находившихся в крепостях между реками Аму и Сыром, он успел победить их и прогнать за р. Сыр.