Однако решение властей оказалось не таким, на которое рассчитывали авторы плана побега. Пилсудского было решено перевести в петербургскую психиатрическую больницу Николая Чудотворца, и 15 декабря 1900 года он покинул Варшаву.

После 11 месяцев тюрьмы под денежный залог в 500 рублей была освобождена Мария Пилсудская. Как уже говорилось, закон не предусматривал наказания жены за преступления мужа, а Мария настаивала, что любовь не позволяла ей сообщить властям о его противоправной деятельности. Но ей запретили оставаться в Царстве Польском и отправили под надзор полиции в Вильно.

В петербургской больнице Виктора поместили в общей палате с настоящими сумасшедшими, которых он очень боялся. Директор больницы, поляк Отгон Чечот, как и его варшавский коллега, распознал симуляцию, но не сообщил об этом полиции. Это избавило Пилсудского от необходимости и дальше притворяться больным, что было для него крайне важно, ибо он находился на грани нервного срыва и физического истощения.

А в это время Сулькевич по-прежнему обдумывал план побега своего друга. Задачу облегчало то, что Пилсудского содержали в обычной палате, никаких стражников к нему не приставляли. В конечном счете было решено внедрить в больницу надежного социалиста, который должен был на месте найти наилучшее решение.

Таким человеком стал член петербургской организации ППС Владислав Мазуркевич, как раз в это время закончивший Военно-медицинскую академию и намеревавшийся устроиться врачом в Лодзи. Приехавшему в марте в Петербург Сулькевичу удалось уговорить молодого эскулапа посодействовать побегу Пилсудского. Чечот легко согласился принять Мазуркевича на работу в свой госпиталь, хотя тот и специализировался в области кожно-венерических болезней. Какую-то роль сыграло и то, что отец молодого медика был человеком с широкими связями, за него хлопотал даже столичный градоначальник генерал Клейгельс.

Прошло больше месяца после трудоустройства польского венеролога в больницу для умалишенных, прежде чем появилась реальная возможность осуществить задуманный побег. Мазуркевичу доверили самостоятельное дежурство в ночь с 14 на 15 мая по новому стилю (с 1 на 2 мая по ст. ст.), когда в России отмечали государственный народный праздник, установленный властями для того, чтобы отвлечь людей от празднования Дня международной солидарности трудящихся.

Побег прошел удачно, хотя и не совсем в соответствии с первоначальным планом. Вначале все шло хорошо. Заступив на дежурство, Мазуркевич посетил Пилсудского в его палате, а затем приказал санитару привести к нему «больного» для осмотра. Поскольку тот буйным не числился, врач на время осмотра санитара из кабинета отпустил. Пилсудский переоделся в цивильное платье и двинулся вслед за Мазуркевичем к главному входу, около которого его ожидали Сулькевич и Констанций Демидович-Демидецкий, вооруженные револьверами. Они должны были переправить беглеца лодкой на Васильевский остров, где была приготовлена конспиративная квартира.

И в этот момент Мазуркевич заметил, что у входа дежурит незнакомый ему привратник. Поэтому он вывел Пилсудского на улицу через неохраняемый служебный выход, и они, меняя пролетки, добрались до конспиративной квартиры на 10-й линии Васильевского острова. Здесь они встретились с Сулькевичем и его коллегой, которые решили уже, что план освобождения провалился. Не дожидаясь, пока жандармы хватятся беглеца, Сулькевич и Пилсудский, оба в фуражках таможенников, немедленно выехали в Ревель (ныне Таллин). Оттуда их путь лежал на Полесье, в имение Левандовских Чистолужа, где к ним присоединилась Мария Пилсудская, тайно покинувшая Вильно. В этой глуши, вдали от населенных пунктов, супруги провели около месяца.

Пилсудский и организаторы побега понимали, что оставаться ему в России в данный момент нельзя, надо уезжать за рубеж. Но прежде чем это сделать, «товарищ Виктор» посетил Киев, где в это время как раз печатался 39-й номер «Роботника», а оттуда выехал в Замостье (Замосць), чтобы нелегально перейти границу с Австро-Венгрией. 20 июня 1901 года чета Пилсудских была уже во Львове. У Юзефа наконец-то появилась возможность отдохнуть и восстановить силы в спокойной обстановке, не опасаясь полиции, провала, тюремного заключения, каторги или ссылки в отдаленные районы Российской империи. К тому же у него вновь, как уже было во время сибирской ссылки, возникло подозрение, что в тюрьме он заразился туберкулезом, даже сейчас одной из страшных, трудно излечимых болезней. К счастью, его страхи оказались безосновательными.

Старый знакомый Пилсудского по Лондону Игнаций Мосьцицкий, делавший в это время научную карьеру в университете во Фрибурге в Швейцарии, приглашал приехать в эту альпийскую республику, где политэмигранты из России чувствовали себя в не меньшей безопасности, чем в Англии. Но Швейцария была не по карману семье, глава которой не имел ни профессии, ни постоянных доходов. Местом отдыха был избран уже достаточно популярный в это время городок Закопане, расположенный высоко в польских Татрах. Здесь чета Пилсудских провела два месяца. По признанию Пилсудского, он в это время в основном предавался лени, ему не хотелось ни читать, ни писать и даже вести долгие беседы. Такое полное расслабление помогло ему быстро восстановиться после почти 15-месячного заключения в варшавской Цитадели и петербургской психиатрической клинике.

Аресты в начале 1900 года стали серьезным испытанием для ППС. Наборщик Рожновский, предупрежденный Марией Пилсудской через домработницу о провале типографии, немедленно выехал в Вильно, чтобы сообщить неприятную новость Сулькевичу Многоопытный Сулькевич, поняв, что после ареста Пилсудского и Малиновского ППС оказалась обезглавленной, решил безотлагательно воссоздать ЦРК. В его состав он включил Рожновского, а также хорошо себя зарекомендовавших Феликса Сакса из Варшавы и Генрика Сарчевича из Белостока. Казалось, что негативные последствия ареста Малиновского и Пилсудского удалось минимизировать. Но уже ближайшие дни принесли новые неприятности. В конце февраля были арестованы Рожновский и Сахс. Затем полиция разгромила организацию ППС в Домбровском бассейне.

Вдобавок ко всему партию постиг раскол. Ее ряды покинула группа активистов во главе с Кульчицким, создавшая Польскую социалистическую партию «Пролетариат» («Третий пролетариат»). В ППС было известно, что Кульчицкий при аресте в 1895 году дал признательные показания. После его побега из ссылки в 1899 году ЦРК решил, что он не должен оставаться на нелегальной работе в России, и ввел его в состав Заграничного комитета ППС. Кульчицкий выехал в Австро-Венгрию и поселился во Львове, в то время преимущественно польском городе.

Узнав о лодзинском провале, он, далеко не во всем соглашавшийся с Пилсудским, решил вернуть польское социалистическое движение к его истокам. Кульчицкого не устраивало, в частности, чрезмерное увлечение руководства партии пропагандой в ущерб активной организационной и воспитательной работе в рабочей среде. Главным в деятельности социалистов он считал установление в России конституционного строя и ради этого настаивал на тесном взаимодействии с русскими революционерами. По его мнению, важным средством дестабилизации царизма и пробуждения масс должен был стать индивидуальный террор в отношении представителей власти.

И все же, несмотря на все обрушившиеся в начале 1900 года на ППС удары, партия устояла на ногах. На свободе остались ее такие опытные и энергичные деятели, как Сулькевич и Войцеховский, прекрасно понимавшие, что для вывода партии из кризиса нужно безотлагательно возобновить печатание «Роботника» и пополнить состав ЦРК новыми членами, тем более что, согласно решениям III съезда ППС, это можно было сделать путем кооптации. Все вопросы, связанные с изданием центрального органа, были поручены Войцеховскому курсировавшему в 1900 году между Англией и Царством Польским. Уже 20 апреля 1900 года тираж очередного, 36-го номера газеты, напечатанный в Лондоне, был передан Сулькевичу. В августе через границу был переправлен новый печатный станок для издания «Роботника» в России. Местом расположения типографии выбрали Киев.