В промежутках между этими событиями «государственное знамя» так же, как и «государственный скипетр» и «государственная держава», надолго исчезало в Оружейной палате.

Поскольку в те времена едва ли не любая акция в России, будь то дела внешние или внутренние, освящалась именем Петра I, создание нового коронационного знака с символикой, появившейся при Петре I, выглядело данью дочери великому отцу. Не случайно именно Елизавета Петровна, став императрицей, незамедлительно вернула из ссылки обер-церемониймейстера своих родителей графа Ф. Санти, отправленного туда, как уже говорилось выше, в 1727 году.

Гербовая реформа, которую провел Александр II, включала в себя и создание государственного флага. Упорядочение имперской геральдической атрибутики обусловливалось стремлением царя упрочить монархическую власть в России. Позднее пресса так описывала действия Александра II, утвердившего 11 июня 1858 года Государственный флаг: «Соответственно же высокознаменательному государственному значению Российского герба, проявление его единодушно с Царем всеми гражданами государства Русского узаконил славный Царь-Освободитель Император Александр II Именно в годы светлого возрождения России после тяжкого Севастопольского погрома, в годы высокого подъема Русского народного духа, Царь-Освободитель, наш Император Александр II для всенародного проявления Российского герба в его упрощенной символизации, издал в 1858 году закон, установляющий, чтобы все „знамена, флаги и другие предметы, употребляемые для украшений при торжественный случаях, были из Гербовых цветов Империи Русской“.

Далее обычно приводилось описание Высочайше утвержденного рисунка и расположения гербовых цветов Империи на знаменах, флагах: «Расположение сих цветов горизонтальное, верхняя полоса черная, средняя желтая (или золотая), а нижняя белая (или серебряная). Первые полосы соответствуют черному Государственному орлу в желтом или золотом поле, и кокарда из сих двух цветов была основана Императором Павлом I, между тем как знамена и другие украшения из сих цветов употреблялись уже во время царствования Императрицы Анны Иоанновны. Нижняя полоса белая (или серебряная) соответствует кокарде Петра Великого и Императрицы Екатерины II; Император же Александр I, после взятия Парижа в 1814 году, соединил правильную гербовую кокарду с древнею Петра Великого, которая соответствует белому или серебряному всаднику (Святому Георгию) в Московском гербе».

На первый взгляд в этом пространном обосновании цветов Государственного флага содержится историческая основа. Однако в нем много натяжек и неточностей, например, кокарда при Петре I еще не существовала, всадник на груди двуглавого орла в петровское время не был белым.

Черно-желто-белый флаг называли после царского указа «Гербовым народным флагом». Пресса усердствовала в доказательствах, что «флаг состроен по Государственному гербу», что народ при помощи постоянного созерцания этого флага приобщался к употреблению «гербовых символических цветов Империи Русской». Тем не менее черно-желто-белый флаг обществом воспринимался как флаг правительственный, в отличие от петровского бело-сине-красного, который постепенно приобретал статус «обывательского» (гражданского).

Сосуществование двух флагов до 70-х годов XIX века было не столь заметным, ибо украшение флагами зданий не вошло еще в обычай: они украшались вывешенными коврами и гирляндами цветов. Однако вопрос о «двойственности» государственного российского символа (флаг получает этот статус уже во многих странах) постепенно начинает возникать. По-разному эта двойственность воспринималась и русской общественностью.

Владимир Иванович Даль, член-корреспондент Петербургской Академии наук, автор известнейшего на всю Россию «Толкового словаря живого великорусского языка», например, вопрошал: «Все народы Европы знают цвета, масти, краски свои – мы их не знаем и путаем, подымая разноцветные флаги невпопад. Народного цвета у нас нет; цвет армии – зеленый и алый; казенный цвет – военный, георгиевский – белый, жаркой, черный (серебро, золото, чернь) и это же цвет значков (кокард); знамена наши и крепостные флаги разноцветные; морской военный флаг – белый с Андреевским крестом; торговые – белый, синий, красный, вдоль. Какие же цвета подымать и носить на себе, какими украшать здания и прочее при мирных народных торжествах?»

Защитники «русского самодержавства» считали, что ни о каком флаге, кроме узаконенного императором, речь в государстве идти не может. Пугали их и красные знамена, которые стали появляться на улицах столицы как символ антиправительственных политических движений. В частности, известно одно из первых использований красного флага на демонстрации студентов и разночинцев на площади у Казанского собора в Санкт-Петербурге в 1876 году.

Бело-сине-красные стяги время от времени «выходили» на городские улицы; например, ими был окружен памятник Пушкину в Москве 6 июня 1880 года. С ними не раз приходили к памятнику гренадерам, павшим под Плевной в 1877 году, в день рождения великого поэта. По-видимому, из-за того, что общество расходилось во мнении по поводу национального флага, на страницах печати появились его новые проекты. В одном журнале национальный флаг предлагалось изобразить в цветах мужицкого праздничного кафтана: синее поле, пересеченное узкой красной полосой.

В этих условиях император Александр III, только что подписавший законы о Большом, а затем Среднем и Малом государственных гербах и увеличивший свой гербовой титул присоединением эмблемы Туркестана, так же обратил внимание на тот факт, что дома в столице украшаются разными флагами, и поспешил заявить о желании «в русской столице… видеть национальные флаги». Вскоре министр внутренних дел граф Дмитрий Андреевич Толстой представил царю доклад, освещавший проблему национального флага России. 28 апреля 1883 года появилось распоряжение Александра III: «Полиция наблюдает, чтобы в тех торжественных случаях, когда признается возможным дозволить украшение зданий флагами, был употребляем исключительно русский флаг, состоящий из трех полос: верхней – белого, средней – синего и нижней – красного цветов». Однако от имперских цветов окончательно не отказались, ибо не было Высочайшего повеления об упразднении черно-желто-белого флага.

Последний российский император Николай II перед коронацией, которая проходила как и всегда в Успенском соборе Московского Кремля, повелел изготовить новое коронационное знамя по типу аналогичных знамен своих предшественников, однако отличающееся необыкновенной роскошью. Золотая ткань полотнища была специально выткана на известной фабрике Сапожниковых, навершие изготовила знаменитая ювелирная фирма Карла Фаберже.

Тем не менее перед коронацией, в марте 1896 года, по указанию Николая II «для рассмотрения вопроса о Российском национальном флаге было собрано под председательством генерал-адъютанта Посьета Особое совещание из представителей от Императорской Академии Наук и министерств: Иностранных и Внутренних дел, Морского, Финансов и Юстиции». Это совещание пришло к единодушному мнению, что именно бело-сине-красный флаг имеет полное право называться Российским, или национальным, и цвета его – белый, синий и красный – именоваться государственными. Бело-сине-красный флаг устанавливался единым для всей Российской империи, не исключая и Финляндию.