В силу произошедших в1990-е годы изменений в обеих странах российско-гвинейские отношения приобрели более прагматичный характер. В развитие правовой базы сотрудничества в 1998 году были заключены межправительственное Соглашение о безвизовых поездках по дипломатическим и служебным паспортам и Соглашение о сотрудничестве в области архивов. В ноябре 2000 года подписан

Протокол о консультациях между МИДами двух стран, в 2001 году — Декларация о принципах дружественных отношений и партнерства между Российской Федерацией и Гвинейской Республикой,

Соглашение о военно-техническом сотрудничестве и Соглашение о сотрудничестве в области высшего образования и научных исследований.

16 июне 2016 года президент России Владимир Путин встретился с президентом Гвинеи Альфой Конде на полях Санкт-Петербургского международного экономического форума. На ней Конде заявил, что его страна готова стать «штурмовой бригадой» для выхода России на рынки Западной Африки, и предложил обсудить идею создания форума Россия — Африка, а Путин назвал Гвинею давним и надежным партнером России в Африке и отметил позитивный характер российско-гвинейских отношений и указал на тенденцию роста двусторонних экономических связей.

27 сентября 2017 года президент РФ подписал указ о награждении главы Гвинейской Республики орденом Дружбы за большой личный вклад в развитие российско-гвинейских отношений.

Министр иностранных дел России Сергей Лавров в феврале 2013 года в ходе своего рабочего визита в столицу Гвинеи Конакри встречался с президентом Гвинеи Альфой Конде и министром иностранных дел и гвинейской диаспоры Гвинейской Республики Франсуа Фалем. В апреле того же года произошла встреча министров иностранных дел обеих стран в ходе рабочего визита Франсуа Фаля в Москву.

На ней были обсуждены перспективы российско-гвинейского сотрудничества с упором на дальнейшее наращивание экономических и торговых связей.

25 февраля 2015 года министр иностранных дел Гвинеи Фаль посетил Москву в составе делегации контактной группы Организации исламского сотрудничеств по Восточному Иерусалиму и Палестине.

Регулярно проводятся встречи спецпредставителя президента РФ по Ближнему Востоку и странам Африки, заместителя министра иностранных дел России с государственным министром администрации президента Гвинеи по вопросам инвестиций и государственно-частного партнерства, председателем Гвинейской части Межправительственной Российско-Гвинейской комиссии по экономическому, научно-техническому и торговому сотрудничеству.

В июле 2017 года в Конакри состоялось пятое заседание Межправительственной комиссии по экономическому, научно-техническому и торговому сотрудничеству двух сран.

Объем экономических связей между Россией и Гвинеей в стоимостном выражении пока весьма скромный, но тенденция позитивная — за 2015 год по сравнению с 2014 годом произошло увеличение в 2,2 раза. Товарооборот между странами по итогам 2016 года составил 10,7 миллионов долларов.

В структуре экспорта России в Гвинею в 2016 году основная доля поставок пришлась на следующие товарные группы: реакторы ядерные, котлы, оборудование и механические устройства; печатные книги, газеты, репродукции и другие изделия полиграфической промышленности; инструменты и аппараты оптические, фотографические, кинематографические, измерительные, контрольные, прецизионные, медицинские или хирургические; изделия из черных металлов; средства наземного транспорта, кроме железнодорожного или трамвайного подвижного состава, и их части и принадлежности; а также на разные готовые изделия.

В структуре импорта России из Гвинеи в 2016 году можно выделить фрукты и орехи; жемчуг, драгоценные или полудрагоценные камни, драгоценные металлы и изделия из них.

Локомотивом развития экономических отношений между Россией и Гвинеей является компания «Русал», которая работает в Гвинеи с 2001 года. За это время она стала крупнейшим в стране зарубежным работодателем. В Гвинее работают также дорожно-строительная компания «ЭНКО-5» (гвинейский филиал ОАО «Зарубежтранстрой»), геологоразведочная компания «Геопроспект», компания «Норд Голд», являющаяся одним из крупнейших производителей золота в мире.

Важнейшим направлением сотрудничества двух стран за последние годы является гуманитарная сфера, а именно — объединение усилий по борьбе с эпидемией лихорадки Эбола в Гвинее. 17 июля 2017 года в аэропорту города Конакри совершил посадку самолет с российской вакциной для профилактики лихорадки. В Гвинее уже начались пострегистрационные исследования вакцины, что позволит использовать ее во всем мире, в том числе в Западной и Центральной Африке.

Российская комбинированная векторная вакцина против лихорадки Эбола «ГамЭвак-Комби» была разработана в Москве в Научно-исследовательском институте эпидемиологии и микробиологии им. Н. Ф. Гамалеи. Вакцинация гвинейских добровольцев осуществляется в «Научном клинико-диагностическом центре эпидемиологии и микробиологии» в Киндии, построенном компанией РУСАЛ на территории Института прикладных биологических исследований Гвинейской Республики.

Регулярно гвинейской стороне оказывается гуманитарная помощь.

Наметился прогресс в отношении двух стран в сфере высшего образования. Так, если еще десять лет назад на учебу в вузах России на безвозмездной основе направлялись 10–15 гвинейских кандидатов, то в 2017/2018 учебном году министерство образования и науки России увеличило квоту Гвинеи до 60 стипендий.

Сотрудничество в области культуры по линии общественных и неправительственных структур носит ограниченный характер.

Дипломатические отношения СССР и Экваториальной Гвинеи установлены 7 декабря 1968 года. Посольство СССР и Российской Федерации функционировало в Малабо с 1969 по 1992 год. Его деятельность была прекращена по финансово-экономическим соображениям. Российские интересы в Экваториальной Гвинеи представляет посольство России в Камеруне. Посольство Экваториальной Гвинеи в Москве функционирует с 1981 года. В июле 2023 года в ходе саммита «Россия — Африка» президент России Владимир Путин заявил, что посольства РФ в Экваториальной Гвинее возобновит свою работу в ближайшее время.

Между СССР и Экваториальной Гвинеей были заключены: Торговое соглашение (1970), Соглашение об экономическом и техническом сотрудничестве (1971), о воздушном сообщении (1973), о культурном и научном сотрудничестве (1981), Консульская конвенция (1983), Протокол о подготовке кадров (1983), Протокол об эквивалентности дипломов (1985), Соглашение о сотрудничестве в области спорта (1989).

В начале 1970-х годов СССР оказывал содействие Экваториальной Гвинеи в изучении сырьевых запасов вод, было организовано совместное советско-гвинейское рыболовство для промысла рыбы и других продуктов моря.

Советские специалисты заложили основы геологоразведочной отрасли Экваториальной Гвинеи.

Советский Союз создал, обучил и оснастил национальную армию Экваториальной Гвинеи. База наблюдения, созданная испанцами во время колониального периода на вершине вулканической горы Пико-Басиле, в 1970-е годы перешла в руки советских спецслужб.

В 1977–1989 годах Экваториальная Гвинея закупила у СССР два самолета Як-40 и один Ан-32 (использовался как президентский самолет).

Экваториальная Гвинея признала Российскую Федерацию в качестве правопреемника Советского Союза в 1992 году.

Двустороннее взаимодействие носит традиционно дружественный характер.

6–9 июня 2011 года президент Экваториальной Гвинеи Теодоро Обианг Нгема Мбасого посетил Россию с официальным визитом, в рамках которого был подписан ряд документов, включая межправительственные соглашения о взаимной защите и поощрении капиталовложений, военно-техническом сотрудничестве, меморандум о взаимопонимании между министерствами иностранных дел относительно механизма проведения политических консультаций.

1 июля 2013 года «на полях» второго саммита Форума стран-экспортеров газа (ФСЭГ) в Москве состоялась краткая беседа Теодоро Обианга Нгемы Мбасого с президентом России Владимиром Путиным.