Валленштейн не располагал столь значительными силами, какие были у Бюкуа, поэтому он рассчитывал на подмогу поляков и предложил отвести войска от Праги. Однако это решение не было поддержано другими сторонниками Бочкаи, которых возглавлял Матиаш Турн. В результате чешская армия разделились — большая часть ушла с Валленштейном на восток, а примерно треть осталась с Турном оборонять столицу.

В марте 1619 года, захватив Циттау, Литомержице и Мельник, Бюкуа подошел к Праге. Город обороняли примерно 10 000 солдат Турна, которые были разбиты на подступах к столице и заперлись в Старом городе. Левый берег Влтавы с Пражским Градом оказался в руках имперцев, началась осада Старого города. Меж тем Валленштейн соединился с Жолкевским и двинулся на запад. Внезапно пришло известие о смерти Казимира V. 30-тысячное польское войско отказалось помогать пражанам, если не будет санкции от нового короля — это дало Бюкуа необходимое время, чтобы провести все необходимые осадные предприятия и отрезать Турна от внешнего мира. Когда в начале лета новый король Станислав I отдал приказ Жолкевскому идти на Прагу, было поздно — 15 июня Прага выбросила белый флаг.

После капитуляции столицы Бюкуа двинулся на восток — с юга ему подошли резервы и Австрии, и он считал себя в силах разбить повстанцев. Тем не менее, численный перевес был у поляков и чехов — армия Валленштейна и Жолкевского в сумме превышала 40 000 и считалась огромной по средневековым меркам. Кроме того, с юго-востока на соединение с ними шел «богемский король» Янош Бочкаи.

22 августа произошло сражение при Садове — одно из крупнейших за всю войну. В ходе битвы польская тяжелая кавалерия — крылатые гусары — первой же атакой смели порядок немецкой пехоты, прорвав оборону Бюкуа, и тем самым решив исход в пользу поляков. Даже гибель гетмана Жолкевского в самом начале боя не смогла переменить его ход — имперцы оказались разбиты на голову и откатились на запад. В самой Чехии эта победа подстегнула повстанцев к выступлению против Габсбургов — в Валленштейне видели освободителя страны от немцев-евангелистов, многие даже предлагали возвести его в короли и создать независимое от Венгрии королевство.

Меж тем Янош Бочкаи терпел поражения — его союзники румыны зависли при осаде Ужгородского замка, где засел верный Габсбургам Дьёрдь Другет, а главные силы Бочкаи под командованием Габора Бетлена были остановлены на берегу Моравы. Это дало Морицу I необходимую паузу, чтобы укрепить оборону Бюкуа на пражском направлении.

Осенью и зимой 1619–1620 годов под руку Валленштейна перешли вся Силезия, Моравия и часть Богемии. Однако к тому времени разногласия между чехами и поляками, поляками и венграми, и венграми и чехами накалились до предела. Станислав I Ягеллон требовал признания себя королем Богемии или хотя бы передачи Силезии к Польше. Бочкаи наотрез отказывался признавать это, понуждая Бетлена продолжить наступление на Прагу. В то же время Валленштейн вел сложную интригу, чтобы стать богемским королем под польским протекторатом.

Это все ослабляло позиции союзников — в итоге Станислав I в одностороннем порядке отдал приказ Станиславу Конецпольскому, возглавившему польскую армию после гибели Жолкевского, занять Силезию и впредь не оказывать поддержку чехам, если не будет признан ее переход под власть Ягеллонов. Бочкаи немедленно объявил польскому королю войну и потребовал от Валленштейна отбить Силезию, но тот, понимая слабость своих сил, уклонился от исполнения этого приказа.

Румынский король Николае I, опасавшийся быть втянутым в войну с Польшей, немедленно прекратил поддержку Бочкаи и увел свои войска из-под Ужгорода. Меж тем Тилли разбил венгров при Братиславе и двинулся на Эстергом и Буду. Надежда на подход союзников для Валленштейна угасла — в апреле 1620 года он попытался организовать избрание самого себя богемским королем, но из-за того, что городские слои не хотели видеть его на троне, вынужден был обратиться к полякам — 20 июня в Брно Станислав I был провозглашен королем Богемии.

Станислав I, стремясь к расширению своих владений на западе, столкнулся с проблемами на востоке, погубившими в итоге его государство. В январе 1620 года на Украине вспыхнуло восстание казаков, во главе которого встал гетман Петр Сагайдачный. Если прежние восстания проходили под знаменем расширения численности и привилегий реестровых казаков, то Сагайдачный впервые поднял лозунг изгнания польского дворянства со всей территории Украины и защиты православия от притеснений со стороны католической церкви — это придало его движению необычайную массовость и уже 23 сентября 1620 года в бою при Синяве казаки разбили 30-тысячное польское войско.

Угроза утраты контроля над Украиной вынудила поляков перебросить часть сил из Силезии на восток, но использовать их они не успели — в декабре 1620 года резко ухудшилось здоровье Станислава I, а 13 июля 1621 года он скончался.

Династия Ягеллонов, правившая Польшей и Литвой почти два с половиной века, пресеклась. Ни у Станислава I, ни у пятерых его братьев детей не было, как и у многочисленных сестер и кузенов. В этой ситуации передача трона по наследству была невозможна. Понимая тот факт, что с его смертью возникнет династический кризис, Станислав I в апреле 1620 года издал «Золотую буллу», в которой передал право избрать нового короля после своей смерти в руки шляхты. Таким образом, наследственная монархия Ягеллонов в Польше уступила место выборной.

10 апреля 1622 года в Варшаве открылось заседание сейма, который должен был избрать нового польского короля. Кандидатами было шесть человек:

Ближайшим родственником Ягеллонов был Кристофер Ваза — сын Екатерины Ягеллонки, приходившийся двоюродным братом Станиславу I. Он был королем Швеции в 1592–1595 годах, однако в дальнейшем его свергли эрикианцы во главе с Густавом II. Его избрание поставило бы Польшу в положение конфликта со Швецией, поэтому большой популярностью кандидатура Кристофера не пользовалась. Кроме того, он был уже стар — на момент созыва сейма экс-королю исполнилось 60 лет, три его сына уже скончались, поэтому после смерти Кристофера с большой долей вероятности потребовались бы новые выборы.

Франция — союзница Польши в Тридцатилетней войне — выставила сразу 2 кандидатуры в короли. Одним из них был кузен короля Генриха II — герцог Орлеанский. Он был молод, зато его мать происходила из шведской династии Ваза, поэтому ожидалось улучшение отношений со Швецией. Сезар де Бурбон был старше и не столь знатен, но происходил из протестантской ветви династии Капетингов, хоть сам и исповедовал католичество, поэтому его кандидатура имела вес в среде евангелической и реформатской шляхты. Генрих II рассчитывал избранием родственника на польский трон не только продлить участие Польши в войне, но и убрать из Франции хотя бы одного из амбициозных феодалов.

Протестанты рассчитывали на избрание или Альбрехта Прусского, или Иоганна Австрийского — первого хотели видеть королем сторонники войны с Габсбургами, второго, напротив, сторонники мира. Наконец, православная шляхта Литвы поддерживала избрание русского царя Андрея IV Ивановича Шуйского, с которым связывали возможность быстро покончить с восстанием Сагайдачного. Однако, не смотря на многочисленность, она была достаточно скромно представлена на сейме.

Перерыв в войне, вызванный выборами в Польше, дал Габсбургам возможность раз и навсегда покончить с сопротивлением в Венгрии — к 1621 году Бочкаи лишился Словакии, Эстергома, Буды и откатился назад за Тиссу. Надежды на него у чехов полностью рухнули, как и их надежды на помощь поляков — в январе 1622 года Валленштейн все же добился от сословий избрания себе королем под именем Альбрехта II.

Наступление Габсбургов в Венгрии имело одно косвенное последствие — популярность кандидатуры Иоганна Австрийского на выборах польского короля резко упала. Напротив, значительно выросла поддержка кандидатов-французов.

Янош Бочкаи внезапно умер от оспы 31 мая 1622 года в Коложваре, в возрасте 41 года. К тому времени Мориц I отбил у него практически всю Трансильванию, поэтому, когда Бочкаи скончался, не оставив детей, венгерское дворянство в полном составе перешло на сторону Габсбургов. На этом война в Венгрии закончилась.