Собор славился богатой ризницей и резным барочным распятием с предстоящими. За престолом примечателен был большой крест с 14 отверстиями, в которых помещены были части св. мощей. Крест устроен был в 1816 году в память избавления от французов.

Мощи княгини Евдокии почивали в храме в посеребренной раке. У гроба основательницы в XVII веке неотлучно находились пять вознесенских стариц.

Вознесенский собор имел два придела: Успенский, освященный в 1731 году, — его устроил и в нем был похоронен московский генерал-губернатор В. Ф. Салтыков, брат царицы Прасковьи Федоровны, — и Всех Скорбящих (1732), устроенный императрицей Анной Иоанновной в память о своей сестре, царевне Параскеве.

Спасенный иконостас

В XVIII–XIX столетиях главный монастырский храм оказался зрительно оттесненным на второй план новыми монастырскими постройками. На предреволюционных фотографиях, как правило, видно лишь его мощное завершение с древними шлемовидными очертаниями глав.

Собор погиб неизученным — обмеры и научные фотофиксации, сделанные перед взрывом, фрагментарны. Перед взрывом из собора, по настоянию реставратора Н. Н. Померанцева, успели вынести резной иконостас — теперь он находится в кремлевском храме Двенадцати Апостолов. Когда комиссия описывала и фотографировала могилы цариц перед переносом их праха, в собор приходили М. И. Калинин, А. С. Енукизде и наркомвоенмор Клим Ворошилов — полюбопытствовать. Это сапоги Ворошилова видны на одной из фиксационных фотографий царских гробниц.

В начале XVII века придел Михаила Малеина существовал при Вознесенском соборе. Деревянный храм во имя этого святого упоминается в 1618 году. Это был «государев ангел», соименный царю Михаилу Федоровичу, и царь всегда молился в этом приделе в день своего ангела. Каменный храм, вплотную примыкавший к кремлевской стене, построил в 1634 году зодчий Бажен Огурцов, один из авторов кремлевского Теремного дворца — «в память дня тезоименитства» царя. Известно и имя второго мастера — Семейко Белой. Придел Феодора Пергийского соответствовал светскому имени отца царя, патриарха Филарета. Храм этот построила Великая инокиня царица Марфа Иоанновна, посвятив его престолы ангелам мужа и сына. Церковь сильно пострадала в пожаре 1737 года, после чего архитектор И. Мичурин исправлял в ней своды. Перестраивалась она также в 1757, 1823, 1891 годах. В 1823 году к храму была пристроена богадельня. Росписи внутри церкви относились к 1891 году.

Церковь Михаила Малеина превосходно изображена на акварели Ф. Алексеева «Вид в Кремле у Спасских ворот» (1800-е гг.) К высокому стройному зданию храма с проездной аркой в первом ярусе симметрично примыкают с боков двухэтажные объемы алтаря и трапезной. Отчетливо видны декоративные детали «нарышкинского» стиля, что свидетельствует о переделке храма в последней трети XVII столетия. Очень интересно завершение стен небольшими закомарами, напоминающими детали памятников конца XVI века. На фотографиях 1910-х годов видна выглядывающая из-за кремлевской стены верхняя часть церкви. Это одноглавый трехэтажный «четверик» с тонким барабаном. Рядом с ним — верх изящной восьмигранной колокольни и высокая трапезная. Колокольня XVII века также пострадала в пожар 1737 года; верх ее исправлялся архитектором Мичуриным. Среди колоколов были отлитые в 1555-м и 1698 годах.

С 1808 года в специальной нише в храме хранился знаменитый горельеф Георгия Победоносца, изваянный еще в XV веке В. Ермолиным, некогда стоявший на Спасской башне. В 1918–1920 годах в церкви была устроена выставка древнерусской скульптуры и декоративной резьбы. После сноса церкви скульптуры, как и прочие ценности монастыря, были сложены в одном из кремлевских подвалов, и разбирать их стали только в 1940 году. Статуя попала в руки работников Третьяковской галереи, посчитавших древней только верхнюю ее часть. Прочие части — конь, змей и нижняя половина фигуры св. Георгия — были отсечены и в виде 29 отдельных кусков хранятся в кремлевских запасниках; верхняя часть горельефа — в Третьяковской галерее.

Церковь Михаила Малеина разобрана в 1930 году.

На плане 1600-х годов показана старая одноглавая кубическая церковь. Это храм Афанасия и Кирилла, построенный в 1514–1517 годах на месте одноименного деревянного храма XIV века — посвящение отмечало день свадьбы Дмитрия Донского и Евдокии Дмитриевны. В 1686 году над воротами монастыря выстроили новый Екатерининский храм; в присутствии царя Ивана Алексеевича и царевны Софьи 24 ноября, в день тезоименитства их сестры царевны Екатерины Алексеевны, его освятил патриарх Иоаким. Одновременное освящение новых храмов в соседних Чудовом и Вознесенском монастырях, вероятно, было реализацией общего замысла обновления придворных монастырей.

Эту старинную церковь в 1803 году было решено «яко закрывающую при въезде великолепие всего Кремля… удалить». Закладка дожившей до XX века Екатерининской церкви (на месте старинных разобранных церквей Екатерины, Афанасия и Кирилла, Гавриила, Казанской Богоматери) состоялась 4 июля 1809 года. До 1812 года ее строил известный архитектор Карл Росси, работавший тогда в «Кремлевской Экспедиции». Это было единственное дожившее до XX века произведение Росси в Москве. Первоначально митрополит Платон утвердил проект А. Н. Бакарева, но император настоял на кандидатуре Росси; Бакарев, однако, заканчивал строительство в 1817 году, употребляя в дело материал, получаемый от разборки древнего храма Николы Гостунского на Ивановской площади.

Церковь Екатерины, выходившая на Царскую площадь Кремля, была выдержана в романтическом «готическом» стиле, считавшемся родственным древнерусскому зодчеству. В те же годы в том же стиле были оформлены верх Никольской башни Кремля и фасад Синодальной типографии на Никольской улице — центру Москвы придавали «новый древний» облик после наполеоновского погрома. Московский путеводитель 1827 года оптимистичен: «Смесь архитектуры в сем фасаде новой церкви невольно вливает благоговение на всякого проходящего… Величественная древность и изящность вкуса нынешнего времени, соединенного в оном, вливают в душу особенное благоговение». Через сто лет критики благоговения не ощущали. «Готическое здание, совершенно не гармонирующее с остальными постройками Кремля» — оценка авторов художественного путеводителя по Москве 1917 года. «Создавая новый храм, — пишет современный исследователь И. А. Бондаренко, — Росси совершенно определенно прибегал к образцам готики, фактически игнорируя существование подлинных древнерусских церквей, которые располагались тут же… преобладал отстраненный, как бы „европейский“ взгляд на проблему создания национально-романтического стиля». Интерьер храма был также выполнен в стиле западноевропейской готики, по проекту архитекторов А. Н. Бакарева и И. Т. Таманского.