Спасский монастырь, который иногда называли «царской комнатной обителью», служил и молельней великих князей, и их усыпальницей до тех пор, пока эта миссия не перешла к Архангельскому собору и Вознесенскому монастырю. Здесь было пять княжеских могил 1331–1399 годов: четыре великие княгини — супруги Ивана Калиты, Ивана Красного, две жены Симеона Гордого — и сын Дмитрия Донского княжич Иван. Есть летописное известие 1472 года, когда «обретоша во церкви Спаса княгиню Марию великого князя Семена Ивановича нареченную во мнишеском чину Фетинию, в теле неврежену ничим же, только риса истле и посла князь велики по игумению Олексеевскую и повеле ея облещи во все ризы мнишеския и обличе ея». Могилы эти были со временем забыты и вновь обнаружены в 1836 году. Историки считают погребения князей в «родовом» монастыре проявлением древней традиции домонгольской Руси, со временем вытесненной традицией новой — погребения в городском соборе.

В конце XIV века в северном приделе Спасского собора похоронили известного русского просветителя, создателя пермской азбуки св. Стефана Пермского, умершего в Москве 23 апреля 1396 года. Его мощи пролежали в соборе открыто до Смутного времени, когда их скрыли от поляков; рядом с ракой хранился когда-то и посох Стефана.

Из Спасского монастыря в Кремле вышло много настоятелей и основателей провинциальных обителей, а многие его настоятели сделались видными иерархами русской церкви. Первый спасский архимандрит Иоанн стал впоследствии епископом ростовским. Архимандрит Сергий сопровождал русского митрополита Пимена в поездке в Константинополь в 1389 году. Во второй половине XV века спасский архимандрит занимал второе место в иерархическом порядке настоятелей русских обителей. В 1483 году Елисей, архимандрит Спасского монастыря, был одним из претендентов на пост новгородского архиепископа, но жребий выпал не ему.

Спасские архимандриты были духовниками великих князей: из них наиболее известны Митяй (Михаил), которого Дмитрий Донской хотел сделать русским митрополитом, Трифон, венчавший великого князя Ивана III с первой женой Марией в 1452 году, и Вассиан (Рыло). Стремительное поставление Митяя в спасские архимандриты прямо в день его пострижения вызвало неудовольствие духовных лиц: «Иде до обеда белец сый, а по обеде архимандрит, до обеда мирянин, а по обеде мнихом начальник, и старцем старейшина, и наставник, и учитель, и вождь, и пастух». Трифон взял на себя княжеский грех: будучи еще игуменом Кирилло-Белозерского монастыря, разрешил в 1446 году великого князя Василия Темного от крестного целования прекратить борьбу за московский престол против князя Дмитрия Шемяки. Вассиан прославился своим вкладом в окончательное освобождение Московской Руси от татаро-монгольского ига: в 1480 году, во время «стояния на Угре», когда Иван III порывался оставить рубеж обороны, Вассиан, тогда уже архиепископ ростовский, в посланиях всячески удерживал от этого великого князя — и оказался прав: первым отступил хан Ахмат.

В монастыре совершались крещения и бракосочетания членов великокняжеской семьи. Как и положено, 6 августа, в день Преображения, на Яблочный Спас, здесь, как и в любом Преображенском храме, святили яблоки. Только подносили их потом членам великокняжеского семейства.

Перед смертью великие князья и княгини XIV века принимали в Спасском монастыре пострижение и схиму. Сын Ивана Калиты Симеон Гордый, как и отец, постригся здесь, приняв имя Созонта. Архимандриты Спасского монастыря заверяли в XIV–XV веках духовные грамоты (завещания) великих князей и княгинь.

Спасский монастырь был и центром раннего московского летописания и книжности. О первом его архимандрите Иоанне летопись говорит, что был он «мужем сановитым и словесным и любомудрым сказателем книгам, и учительным божественных писаний». Его преемник, также Иоанн, под старость оставил настоятельство и принял обет безмолвия.

Митрополит Киприан перед смертью в 1406 году завещал спасскому архимандриту Игнатию закончить начатую им «летопись русскую от начала земли Русския вся по ряду».

1382 годом датируется первое восстановление монастыря, пострадавшего при захвате Москвы ханом Тохтамышем; при погроме был убит архимандрит Симеон. Дмитрий Донской завещал монастырю ежегодное пожертвование в 15 рублей. Храм Спаса на Бору, как и другие кремлевские церкви, неоднократно страдал от регулярных пожаров (1445, 1476, 1488, 1493, 1547, 1571, 1591, 1701, 1737, 1767) — и каждый раз вновь отстраивался.

После пожара 1488 года великий князь Иван III, нуждаясь в месте для строительства нового дворца, перевел обитель в 1491 году на берег Москвы-реки. Так появился сохранившийся доныне Новоспасский монастырь (по некоторым данным, перенос монастыря произошел в 1462 году).

Возможно, и монастырское кладбище прямо под окнами дворца (на его остатки часто натыкались при строительных работах XIX века) казалось великому князю неуместным, в прямом смысле слова. И его не остановило даже сопротивление духовенства, даже слова новгородского архиепископа Геннадия, бывшего архимандрита кремлевского Чудова монастыря: «Ныне беда настала земская да нечисть государская великая: церкви старые исконные вынесены из города вон, да и монастыри старые исконные с места переставлены».

Монастырские кельи и прочие строения разобрали, но церковь Спаса Преображения на Бору была восстановлена и стала великокняжеским придворным храмом. С Постельным крыльцом дворца его соединяла лестница. Именовать церковь стали «Верховою», или «Спасскою на Царском дворе»; впоследствии храм получил статус придворного собора. Он был центром особой сакральной зоны, недоступной иностранцам. Павлу Алеппскому, автору описания путешествия Антиохийского патриарха Макария в Россию в царствование Алексея Михайловича, удалось проникнуть на «особую внутреннюю дворцовую площадку, недоступную для посторонних… На ней малая церковь, скрытая и вросшая в землю, в честь божественного Преображения; как говорят, она была первой, построенной в Москве».

В XVI–XVII веках в храме совершались ранние обедни для дворцовых слуг: «ключники, и стряпчие, и сытники, и приспешники, и повары тут приходят, и рано для их служба живет, чтоб отправясь, шли всяк на свой приспех, к царскому столу готовить». Стоглавый собор (1551) предписывал: «как час ударит дни, звонити и пети обедни на другом часу у Спаса на царском дворце».

Жизнь многих исторических личностей связана в эту эпоху со Спасом на Бору. Протопоп собора Симеон был духовником удельного князя Андрея Старицкого — и был послан великим князем в погоню за его духовным сыном, когда государь решил «поймать» мнимого заговорщика. В середине XVI века протопопом собора некоторое время служил известный писатель той эпохи, автор «Повести о Петре и Февронии» Ермолай-Еразм. В храмовый праздник здесь обычно служил патриарх. В летописях отмечено, что ночью с 24 на 25 августа 1530 года в Москве поднялся невиданный ветер, началась гроза, а потом сами собою зазвонили колокола Спасского собора. В эту ночь родился Иван Грозный. В 1652 году на место настоятеля храма приглашали еще не опального протопопа Аввакума, «да бог не изволил», замечает он в «Житии». Из деятелей позднего средневековья известен спасский иеродиакон Афанасий Иванов, участник общественно-идеологической полемики между «мудроборцами» и «латиномудрствующими», в 1680-е годы выступивший с «Обличением на новопотаенных волков», которое разошлось по Москве в десятках рукописных копий.

В 1812 году Спасский собор пережил разорение; в алтаре французы хранили сено, солому и овес для личных лошадей Наполеона, часть храма стала конюшней, часть — солдатской казармой. При этом в тайниках собора лежали сокровища из кремлевских храмов, спрятанные перед приходом Наполеона — французы их не обнаружили. После возобновления, в 1817 году, он был приписан к дворцовому храму Спаса Нерукотворного и потерял статус собора, чего простые москвичи не заметили и называли Спас на Бору по-старому, собором.