Ордер на арест Радека был выдан 16 января, и сразу же начались лихорадочные поиски по всей территории Германии. Задержать его удалось 12 февраля в Берлине. Как свидетельствуют архивные документы прусского министерства юстиции, этот успех полиции сразу же привел к ожесточенным спорам между военными и органами юстиции. Полковник Рейнгард, подчиненные которого препроводили Радека в Моабит и составляли там часть охраны политических заключенных, 14 февраля оправдывал перед прокурором д-ром Вайсманом из Первого земельного суда необходимость содержания Радека в наручниках, применения других мер безопасности и запрещения свиданий тем, что речь идет об опасном преступнике – «военнопленном, шпионе воюющей державы». Рейнгард опасался также самоубийства, бегства или попыток освобождения извне. Именно он ходатайствал о предании Радека военному суду, так что Радек мог легко разделить участь Карла Либкнехта и Розы Люксембург.

Следственный судья отменил содержание Радека в наручниках, а прусский министр юстиции послал в тот же день, 14 февраля, телеграфный протест Национальному собранию в Веймаре против вмешательства военных. Оба защитника Радека, д-р С. Вайнберг и д-р К. Розенфельд, получили возможность беседовать с ним, но вначале лишь в присутствии следственного судьи. Кроме того, пока еще действовало распоряжение, согласно которому при ежедневных прогулках на Радека следовало надевать наручники, из-за чего тот вплоть до отмены этого распоряжения отказывался от прогулок. […]

Предварительное расследование вскоре село на мель, так как активного участия Радека в январском выступлении доказать не удавалось. При нем в числе прочего были обнаружены написанные им брошюры и еще не опубликованные рукописи, в содержании которых обвинение не могло найти чего-нибудь важного для себя. Хотя Радек еще в апреле протестовал против продолжительности содержания под военным контролем, но его условия существенно улучшились еще в марте. Он находился в камере на третьем этаже тюремного здания на Лертерштрассе, причем камера запиралась двумя замками, а перед дверьми постоянно дежурил охранник. Ночью военная охрана навешивала третий замок. […]

К этому же времени относится письмо Радека Альфонсу Пакве, которое тот передал министру иностранных дел (это письмо находится в архивном наследии Брокдорфа-Рантцау). Радек писал Пакве 11 марта, после завершения мощных мартовских выступлений, продолжавшихся с 3 по 8 марта. В этом письме, которое Радек писал с надеждой, что оно будет прочитано, утверждалось, что в Германии пока еще нет революционной рабочей партии; Независимая социал-демократическая партия – это «партия инвалидов», КПГ – пока еще только направление, но не партия с прочными традициями, как у большевиков в 1917 г., и с армией, стоящей на ее стороне. Таковы два решающих заключения Радека, сделанные им на основе событий 1919 г. Для своих немецких читателей он продолжал: пламя революции перекинется на страны Антанты. Однако отношения между Германией и Россией он желал видеть поставленными прежде всего на здоровую основу экономического сотрудничества. Эту новую программу, как видно из дневников, Радек пытался внушить многим влиятельным лицам, посещавшим его в заключении.

Между тем немецкие власти после безрезультатного завершения предварительного следствия попали в затруднительное положение: что делать с Радеком. Ситуация осложнялась еще и тем, что Радек 19 июня был назначен представителем Украинской советской республики и что русское правительство взяло за Радека немецких заложников. Выдачу Радека странам Антанты, о чем ходатайствовало прусское министерство юстиции, министерство иностранных дел санкционировать не могло. Затруднения возникали со всех сторон. Когда советский нарком иностранных дел Чичерин пригрозил 12 июня: «У нас имеется в запасе кое-что более сильное», в записях МИДа появилось смущенное примечание: «В данный момент мы ничего не можем сделать».

18 июня в Прусском земельном парламенте был сделан малый запрос, поскольку в Радека во время прогулки в тюремном дворе стреляли из близлежащей казармы. Эту ситуацию, складывающуюся все больше в его пользу, Радек использовал в своем письме новому министру иностранных дел Герману Мюллеру от 4 июля 1919 г., в котором он крайне искусно обыграл все слабые места позиции социал-демократического министра. Чиновники МИДа, ответственные за русскую политику, в частности референт Аго фон Мальтцан, не были в состоянии решительно противостоять совместному сопротивлению военных кругов (военный министр Носке), юстиции (прусское министерство юстиции), рейхскомиссара по контролю за общественным порядком и антисоветских сил в собственном министерстве. Однако после того, как прокурор отказался от предъявленного обвинения и ходатайствовал об освобождении Радека на заседании рейхскабинета 26 июня 1919 г., правительство решило освободить Радека в обмен на немецких заложников, среди которых находились работники МИДа, и выслать его в Россию. Инициатива была передана, таким образом, министерству иностранных дел, которое должно было связаться с русским правительством по техническим вопросам обмена и взять на себя ответственность за дальнейшее пребывание Радека в Берлине вплоть до его отъезда.

12 августа 1919 г. прокурор возбудил ходатайство об окончании предварительного следствия, прекращении дела Радека и его освобождении совместно с привлекавшимися по тому же делу Линой Беккер и Гертой Остерлих. О какой-либо компенсации за содержание под стражей не могло быть и речи, «так как производством по делу не было установлено ни то, что он невиновен, ни отсутствие против него обоснованных подозрений». Такой элегантной формулировкой прокурор уклонился от дальнейшей ответственности, которая теперь полностью ложилась на МИД, о чем следовало достичь договоренности с военными. 16 августа Радек послал радиограмму в Наркомат иностранных дел в Москву, сообщив, что он вплоть до выезда будет находиться под военной охраной.

С этих пор начался второй период пребывания Радека в Берлине в 1919 г., состоящий из длительных переговоров относительно маршрута, по которому Радек должен быть выслан из Германии. Первоначально предполагалось, что обмен Радека на заложников будет произведен под гарантией британского правительства на литовской границе. Но предварительно советское правительство должно было дать заверение, что оно после возвращения Радека не будет давать ему новых поручений в Германии и воспрепятствует любой попытке Радека выехать в Германию (6 августа). Радек лично предпочел бы дорогу через Данию, где он хотел бы работать вместе с Литвиновым, который устанавливал первые контакты с британскими посредниками в Копенгагене; этот процесс чрезвычайно нервировал германский МИД, который опасался, что англичане опередят немцев в Москве в восстановлении экономических связей.

В начале октября 1919 г., согласно уведомлению военного министра, направленному министру иностранных дел, появилась возможность отправить Радека в Москву самолетом вместе с турецкой делегацией (дело с индексом «Мюллер» от 5 октября 1919 г. в папке: МИД 581). Речь шла о знаменитом полете Энвер-паши из Германии в Россию. Радек описывает в своих дневниках посещения в августе в самом начале его содержания под стражей в Моабите. Рабенау во втором томе биографии Секта, изданной в Лейпциге 1940 г. (с. 306), отмечает, что турки вылетели в Москву в апреле 1919 г. Но приводимое там же письмо Энвер-паши из Москвы фон Секту относится лишь к августу 1920 г. Независимо от того, имела ли место непосредственная встреча Радека с Сектом, что было подтверждено, но затем опровергнуто генералом Кестрингом, нет сомнения, что Энвер-паша способствовал косвенным контактам между этими столь противоположными личностями.

В деле МИД 582 содержится запись от 13 декабря 1919 г. о посещении советского уполномоченного по делам военнопленных Виктора Коппа, прибывшего незадолго до этого в Берлин, в сопровождении капитана фон Геерингена из представительства военного министра на Шарлоттенштрассе; они посетили МИД с целью оформления для Радека удостоверения с фотографической карточкой в связи с предстоящим в ближайшие дни вылетом в Россию. Так как по погодным условиям полет пришлось отменить (это удостоверение осталось в архивных делах, и на фотографии обросший бородой Радек похож на пророка), начали хлопотать о переезде через Польшу, который затем и состоялся.