Во время войны Сталин поручил Байбакову открыть новые нефтяные месторождения. Зная реальные ресурсы своей отрасли и трезво их оценивая, Байбаков сказал, что это невозможно. Сталин ответил: «Будет нефть — будет Байбаков, не будет нефти — не будет Байбакова». Вскоре были открыты месторождения в Татарии и Башкирии.

Действительно ли состоялся такой диалог между наркомом и вождем, никто не знает, но в ряду знаменитых исторических баек о Сталине он фигурирует.

Параллельно с поиском новых нефтеносных территорий началось восстановление производства на освобожденной от оккупантов земле. Байбакову пришлось курировать и то, и другое, действуя на два «фронта». Уже в феврале 1943 года появились первые группы специалистов на промыслах Кубани. Нужно было повторно разбуривать нефтяные площади, заново строить электро- и компрессорную станции, восстанавливать линии водоснабжения и электропередачи, почти с нуля создавать все нефтепромысловое хозяйство. Но как подступиться к этому? Остро не хватало техники. Ее фактически не было. Краснодарский нефтяной комбинат не имел ни одной землеройной машины, и его начальник в отчаянии обратился к населению. Пришли женщины, дети, старики…

Байбакова поражала профессиональная хватка и сметка мастеров нефтяного дела: «Бурились новые скважины рядом со старыми. Но и некоторые старые скважины вводились в действие хитроумным способом, предложенным кубанскими промысловыми инженерами и мастерами. Суть его такая: прорезали “окна” в колонне выше места ее закупорки и опускали так называемую “колонну хвостовика” до нефтяного пласта. Уже тогда нефтепромысловики поняли, что повышение добычи нефти связано с искусственным воздействием на нефтяной пласт для увеличения нефтеотдачи: с 1945 года на старых месторождениях управления “Хадыжнефть” начали применять закачку воздуха в нефтяные залежи, а с 1951 года в управлении “Черноморнефть” с той же целью стали использовать метод нагнетания воды в пласты».

В середине декабря 1942 года благодаря стойкости защитников Сталинграда фронт значительно отодвинулся от Баку. ГКО принял решение вернуть в строй временно законсервированные нефтяные скважины Азербайджана. Возобновить добычу кавказской нефти требовала военная техника, переживавшая перебои с топливом. По решению ГКО вернулись из эвакуации в Баку часть нефтяников и часть оборудования. На бакинских промыслах вновь начались буровые работы, возродилась и дальнейшая разведка нефти. Все это делалось, отмечал Байбаков, при огромной нехватке квалифицированных рабочих. Их заменяли пенсионеры и вернувшиеся с фронта инвалиды. Бурильщиками, как и в начале войны, продолжали работать женщины и подростки. Но в какой-то момент обстановка на фронтах улучшилась, и ГКО освободил от воинского призыва тысячи юношей для работы на нефтепромыслах и заводах. Была также объявлена досрочная демобилизации из действующей армии специалистов-нефтяников, высококвалифицированных рабочих. Спустя много лет Байбаков скажет, что эти решения принимались «как в расчете на послевоенные годы, так и на тот, согласно сталинскому предвидению, вероятный случай, если они, вчерашние союзники, попытаются нас “раздавить”». До конца своих дней он свято верил, что СССР существует во враждебном окружении, что вчерашним союзникам и Западу в целом доверять нельзя — нет у них иной цели в жизни, кроме как «нас раздавить».

В июне 1944 года произошло событие, во многом определившее судьбу советской энергетики: в Яблоновом Овраге Куйбышевской области скважиной № 41 были открыты нефтяные девонские отложения. Тем самым подтвердились настойчивые прогнозы академика И. М. Губкина и было положено начало промышленной разработке невиданных по тому времени запасов нефти во «Втором Баку».

По воспоминаниям Байбакова, дело было так. Скважину № 41 начали бурить 26 сентября 1943 года как эксплуатационную. Проектная глубина бурения составляла 1 050 метров на уже известный эксплуатационный горизонт. Однако, когда забой этой скважины достиг 1 014 метров, и угленосная свита была вскрыта полностью, оказалось, что скважина как эксплуатационная не представляет особой ценности. Но у старшего геолога промысла И. С. Квиквидзе, убежденного приверженца прогнозов Губкина относительно запасов нефти в этом районе, возникла мысль продолжить бурение скважины как разведочной, до полного вскрытия песчано-глинистой пачки среднего девона. По существовавшему положению, решение о бурении каждой скважины могло принимать только Геологическое управление наркомата. А тем более, если речь шла о скважине девонской. Ни одна из подобных, пробуренных ранее, не дала положительных результатов. С одной стороны, риск напрасной траты времени и средств был велик: идет война, каждая копейка на учете. С другой стороны, никто из серьезных специалистов не сомневался в верности гипотезы Губкина.

«И вот, — вспоминает Байбаков, — позвонил мне в наркомат секретарь Куйбышевского обкома партии Я. М. Агарунов, ведавший вопросами нефтедобычи, и попросил поддержать энтузиастов, санкционировать перевод скважины в разведочную категорию, объяснив, что потребуется для проверки гипотезы пройти еще 500–600 метров. Дело, мол, трудоемкое, рисковое, но зато сулящее очень многое. “Риск должен оправдаться”, — подумал я и решил взять на себя ответственность, дал “добро” губкинцам, пожелав им успеха. Дал разрешение, а душа болела: как там? Рука сама тянулась к телефонной трубке, но я крепился, надеясь на удачу бурильщиков. И вот свершилось изумительное событие, а для нас, нефтяников, поистине великое: девон был открыт!»

Девятого июня 1944 года первая в СССР девонская фонтанная скважина вступила в строй с дебитом 212 тонн чистой нефти в сутки. Крупным событием, подтвердившим большие перспективы девонской нефти, стало открытие девонских залежей на Туймазинском месторождении в Башкирии. В 1944 году скважина № 100 дала фонтан нефти с дебитом более 200 тонн в сутки. В СССР началась новая нефтяная эра, и Байбаков гордился своей причастностью к этому.

Для СССР нефть всегда была стратегическим ресурсом. В годы войны ее значимость возросла многократно. Поэтому за всем, что происходило в «нефтянке», бдительно следил НКВД. За любое, даже ничтожное, происшествие можно было заработать срок. Именно это едва не случилось с геологами, открывшими в Башкирии Кинзебулатовское месторождение. Произошло вот что. Поисковая скважина № 5 выдавала только горько-соленую воду, и было принято решение о ее ликвидации. В скважину опустили заряд для отрыва обсадной колонны (трест испытывал нехватку труб, поэтому решили здесь их не оставлять). После того как произвели подземный взрыв, из скважины неожиданно вырвался мощный фонтан нефти. Но вместе с радостью появился и повод для тревоги: нефть потекла в реку Тайрук (первоначальный дебит скважины, по некоторым данным, составлял 2 000 тонн в сутки). Это была катастрофа. В течение пяти суток нефтяники ликвидировали последствия аварии. Ее причины затем тщательно расследовали в Наркомате безопасности, следователи пытались найти доказательства чьей-то вины. И «нашли»: геологам и буровикам инкриминировали «попытку сокрытия месторождения от народа».

В Башкирию срочно выехал Байбаков. «Даже при первом знакомстве с работой геологов по выявлению Кинзебулатовского месторождения у меня сложилась твердая уверенность, что их не только нельзя обвинять в каких-то неправильных действиях, а следует, наоборот, поощрить. Ибо только благодаря высокой квалификации геологов, их тщательной работе по изучению своеобразного строения разреза западного склона Урала была установлена промышленная нефтеносность Кинзебулатовской складки».

Перед приехавшим в Ишимбай Байбаковым стояла и вторая задача: найти резервы для увеличения нефтедобычи. Как решалась эта задача, рассказал в своих воспоминаниях академик РАН А. А. Трофимук, тогда — главный геолог треста «Ишимбайнефть» и один из первооткрывателей Кинзебулатовского месторождения:

«Николай Константинович вызвал меня, главного геолога “Ишимбайнефти”, и начальника планового отдела А. Машковского. Нам следовало выявить причины снижения добычи и дать предложения по ее подъему. Первоначально мы представили Н. К. Байбакову формальный анализ причин снижения добычи нефти и дали предложения по ее стабилизации. Ознакомившись при нас с нашими выкладками, Н. К. Байбаков сказал: “Почему нет подробного анализа работы всего фонда скважин? Какие меры будут приняты для интенсификации добычи нефти из пласта? Какой прирост дает и может дать обработка забоев скважин соляной кислотой, термохимическое воздействие на пласт?”…Очень неловко чувствовали мы себя под напором глубоко продуманных решений, предлагаемых Н. К. Байбаковым. Извинившись перед ним за свою поспешность, мы обещали к следующему утру дать подробный анализ как причин падения добычи нефти, так и мер по его предотвращению и последующему наращиванию добычи. Всю ночь мы трудились и к утру представили глубокий, всесторонний анализ причин падения, дали подробный расчет источников наращивания добычи. Николай Константинович, ознакомившись с нашей работой, сказал: “Теперь удовлетворен вашей работой. Более того, я использую ваш доклад в качестве хорошего примера того, как нужно анализировать состояние нефтедобычи и обосновывать мероприятия по ее подъему”».