В XVII веке центр управления радонежскими землями переместился в село Воздвиженское, через которое была проложена новая Переяславская дорога. В начале 1620-х годов в Воздвиженском был построен путевой дворец. Во время походов московских государей на богомолье он служил последним «станом» перед Троицким монастырем. С Воздвиженским связаны драматические события, предшествовавшие приходу к власти Петра I. В 1682 году здесь по приказу царевны Софьи были казнены князья Иван и Андрей Хованские, а в 1689-м, потерпев поражение в борьбе за престол, сама Софья из Воздвиженского была отправлена Петром I в заточение. На Поклонной горе, между Воздвиженским и Троицким монастырем, на месте древней деревянной часовни, посвященной Стефану Пермскому, в XVII веке была построена каменная шатровая часовня «Крест». В 1612 году близ нее войско К. Минина и Д. Пожарского получило благословение на освобождение Москвы. Разрушение этого памятника в 1932―1935 году обеднило архитектурный облик окрестностей Радонежа.

Большой интерес представляют селища XIII―XVII веков, обнаруженные на пашнях, в лесах и на древних полянах — «осёлках» — как называют их старожилы. Поляны сохранились благодаря тому, что после запустения селений на них из века в век устраивались покосы. И сегодня на «осёлках» можно видеть средневековые пруды, контуры полей, дороги, проложенные в XIV―XVI веках. «Осёлки» Радонежа — такие, как Дуденево, Фомино, Белухинское, — принадлежат к тем местам, где ощущение подлинности исторической обстановки особенно сильно.

Дороги Радонежа — своего рода путеводные нити, помогающие увидеть местность приблизительно такой, какой ее видели в прошлом. Межевая книга 1542―1543 годов сохранила древние названия больших дорог, расходившихся от центра удельного княжества. На север, по правому берегу Пажи, вела дорога на Хотьков монастырь, сохранившаяся среди старых еловых лесов. По левому берегу шла Инобожская дорога, соединявшая город с Инобожской волостью. По имени радонежской волости Тешилово получила название Тешиловская дорога. В юго-восточном направлении, через село Воздвиженское, пролегали дороги на Стромынский монастырь и «городок» Шерну. Главной же дорогой, проходившей через Радонеж, была Древняя Переяславская, или, как именовал ее Епифаний Премудрый, «великий и широкий путь вселюдскый». Эта дорога, соединявшая Московское княжество с Ростовом и Заволжьем, в районе Радонежа сохранилась на протяжении 10 км. Переяславская дорога и долина реки Пажи — две главные исторические оси, определившие конфигурацию охранной зоны.

Устойчивой была и структура крестьянских угодий: поля, окружающие село Городок, и большая часть лугов сохранили свои границы с XVI века. Скрытые среди приречных лесов и лежащие в стороне от больших дорог, луга Радонежа — особая часть его ландшафта. Ни об одном из угодий так охотно не вспоминают старожилы, как о своих покосах: лугах, кули́гах, ха́лугах. Царский луг назван по своему расположению у подножия Воздвиженской горы, на которой стоял государев дворец, луг Чуне́ва — по имени деревни, исчезнувшей в опричнину. С лугами связаны различные поверья. Бе́сову кули́гу, например, обходили стороной — чудилось, что там ходят казненные стрельцы. На лугу Гуля́ни устраивались праздники. В 1920-е годы, когда размеры крестьянских наделов расширились, практически все исторические луга были расчищены под покосы. В настоящее время около половины их заброшено, хотя хозяйства остро нуждаются в кормовых угодьях. Вокруг села Городок, впрочем, и теперь устраиваются большие покосы. В это время, которое приходится на июнь и совпадает с праздником троицы, Радонеж оживает, приобретая свой традиционный колорит.

Установление местоположения древних храмов, селений и дорог позволило по-новому взглянуть на пространственную структуру окрестностей Радонежа.[22] Церкви и села основывались с тонким учетом визуальных связей. Так следы села Морозова, принадлежавшего в XV веке боярам радонежских князей Кучецким, были обнаружены на вершине холма, откуда открываются виды на Хотьковский монастырь и Преображенскую церковь села Городок. В XVIII веке поселение было перенесено не более чем на 200 метров, но этого оказалось достаточно, чтобы зрительные связи были утрачены. Знание местности и древние традиции проявлялись и в том, как прокладывались дороги. От Тешиловской и Инобожской дорог открываются виды одновременно на Преображенскую и Воздвиженскую церкви так, что они как бы направляют движение путника. Трудно представить все богатство визуальной композиции Радонежа в тот период, когда существовали церкви Рождества Христова, Афанасия Великого и другие еще неизвестные нам архитектурные сооружения. Сегодня лишь отдельные мелодии напоминают о некогда существовавшей симфонии зрительных впечатлений. Но подобно тому, как, услышав колокольный звон, на мгновение мысленно представляешь невидимую церковь, отдельные зрительные впечатления порой помогают восстановить образ утраченных памятников. Если взглянуть на городище Радонежа с запада, из-за реки Пажи, оно визуально накладывается на Преображенскую церковь, и кажется, что среди валов городища стоит древний храм Рождества. Стены города и храм находились как бы в центре чаши, образованной высокими берегами Пажи. В плане линия берега представляла собой почти полную окружность. Со стороны посада, там, где эта линия была разомкнута, возвышалась церковь Преображения, построенная точно на таком расстоянии от храма Рождества, чтобы придать всей композиции сферическое построение.

Градостроительная композиция Радонежа формировалась под влиянием тех представлений об организации пространства, которые сложились в XIV веке в Троицком монастыре. В их основе лежало понимание религиозно-нравственной ценности «Бого-зданного» мира, проявляющейся в красоте девственной природы и произведений человеческих рук. Основание храма или селения, любая форма устроения земли мыслились как узнавания «Божественного смысла» природы, тех вечных начал, которые роднят человека и окружающий его мир. В этом заключались истоки гармоничности ландшафтов Радонежа.

Округа Радонежа дошла до нашего времени в малоизмененном виде во многом благодаря тому, что северная железная дорога, проложенная в 1862 году, оставила село Городок в стороне. Иначе сложилась судьба памятников Радонежа. К началу 1960-х годов их состояние было удручающим. В письме, опубликованном в газете «Советская культура» в феврале 1966 года, Леонид Леонов, Сергей Коненков и Павел Корин с возмущением писали: «В самой церкви размещен склад грязной соли местного колхоза, тут же селитра и мазут на белокаменном полу, хотя в этой церкви в 1959 г. были обнаружены художественные и исторические ценности, восходящие ко времени Дмитрия Донского. Рядом построен свинарник… Мусор и кучи навоза придвинулись вплотную к крепостным воротам… и стенам церкви». «Памятники Радонежа, — отмечали далее авторы письма, — беспредельно дороги русской истории, и мы не имеем права допустить их гибели. Радонеж должен стать заповедным местом… для чего следует обозначить границы охранной зоны, освободить от склада церковь и провести восстановительные работы и вообще сделать весь этот историко-мемориальный комплекс филиалом Загорского музея-заповедника». В марте 1966 года Мособлисполком дал указание перенести на другое место скотный двор, отремонтировать здание церкви и запретить захоронения на кладбище. Первые два пункта были выполнены, чему в немалой степени способствовали усилия общественности и, в частности, энтузиаста охраны памятников Радонежа скульптора Ф. Ф. Ляха. К сентябрю 1968 года реставрация церкви, осуществленная Московской Патриархией, была завершена. В 1971 году церковь была передана Загорскому музею, который на следующий год открыл в ней выставку «Древний Радонеж» (автор Л. М. Спирина). К 1975 году был демонтирован скотный двор, а в 1976-м к селу Городок подведено шоссе.

Инициаторы организации музея «Древний Радонеж» сознавали, насколько важно сохранить его уникальные окрестности, и по их инициативе в 1977 году президиум центрального совета ВООПИК принял решение о необходимости разработки охранной зоны и создания в Радонеже заповедника. Эта мера, однако, не была реализована своевременно. Между тем фронтальное наступление на ландшафты Радонежа уже началось. В 1970―1972 годах окрестности села Воздвиженского были искажены карьерами вдоль строившейся тогда трассы нового Ярославского шоссе. Это повело к утрате древнейшего поселения славян (Гольневское). Непоправимый урон природному богатству нанесли рубки Загорского лесхоза. Были уничтожены реликтовые дубравы и ельники, обезображено селище Дюденево XIV века, на протяжении 2 километров рубкой и корчевкой сметена с лица земли Старая Переяславская дорога, по которой шли русские войска на Куликово поле. До сего времени здесь ведутся «показательные рубки» для иностранных специалистов.[23] В 1979―1982 годах в районе Радонежа без согласования с органами охраны памятников было построено 22 поселка (коллективные садоводства), насчитывающие 2,5 тысячи домов. Под участки вырублено 100 гектаров леса, в основном лесопарков. В результате были разрушены памятники археологии и природы XIV―XVII веков, искажены долины рек, застроена заповедная территория, соединявшая ансамбль Хотькова монастыря с округой Радонежа. В непосредственной близости от села Городок были размещены поселки «Орбита», «Дубки», «ВНИИЛМ». И наконец, пренебрегая категорическими возражениями Министерства культуры РСФСР, напротив музея «Древний Радонеж», в зоне памятника, был построен поселок «Подмосковье» МК и МГК КПСС, вследствие чего снивелированы часть радонежского посада и селище Гусинцы XIV―XVI веков. Такова была ситуация, когда в 1982 году началась разработка проекта зон охраны.