Советское правительство вынуждено было настаивать на выполнении ранее достигнутого соглашения о разоружении корпуса. После очередного приказа Троцкого от 25 мая 1918 г. о сдаче легионерами лишнего оружия началось заранее тщательно спланированное восстание чехословаков. О том, что это была не стихийная акция, свидетельствует уже тот факт, что выступление произошло практически одновременно на всей огромной территории от Волги до Владивостока. Всего в мятеже приняли участие около 35 тыс. легионеров, тогда как Советская власть располагала на всей этой территории лишь несколькими тысячами необученных бойцов Красной гвардии и красноармейцев. По своим последствиям для Советской России мятеж чехословаков оказался гораздо более страшным, чем февральское наступление немцев. В результате мятежа от РСФСР отпала территория, в несколько раз превышающая всю европейскую часть страны.

После поражения в мировой войне Германии и ее союзников масштабы интервенции со стороны Антанты резко возросли. Для обеспечения защиты от большевиков Крыма, Украины и некоторых других территорий страны Антанты потребовали от Германии временно воздержаться от вывода ее войск с востока. В ночь с 15 на 16 ноября в Черное море вошел флот союзников под командованием французского адмирала Амета. В течение ноября интервенты заняли Новороссийск, Севастополь, Одессу, Николаев, Феодосию. К февралю 1919 г. 60-тысячная армии Антанты контролировала Крым, часть Бесарабии и Украины. Планы Антанты в 1919 г. нацеливались на полное окружение и свержение большевизма. Предполагалось использовать силы различных антибольшевистских правительств, существовавших на юге, востоке и севере страны, а также силы государств, возникших на территории разрушенной Российской империи: республик Закавказья, Прибалтики, Польши и Финляндии.

Однако эти планы оказались сорванными в результате революционного подъема в Европе. Солдаты оккупационных армий массами отказывались сражаться, требовали возвращения на родину. В целом ряде европейских стран прокатилась волна революций. Ширилась стачечная борьба. Возникло движение солидарности с РСФСР, разворачивавшееся под лозунгом «Руки прочь от Советской России!». В самой России отряды Красной Армии стремительно продвигались на юг, грозя сбросить интервентов в море. В этих условиях 27 марта в Париже страны Антанты принимают решение об эвакуации своих войск из Одессы. В сентябре 1919 г. началась массовая эвакуация интервентов из Крыма и с юга Украины. В июне 1920 г. ими был оставлен Батум. Но вплоть до октября 1920 г. страны Антанты осуществляли военную и экономическую блокаду, поддерживали с моря вооруженные силы белых.

Мятеж чехословацкого корпуса серьезно изменил внутриполитическую ситуацию в стране. Тлевшие очаги гражданского противостояния начинают быстро перерастать в общие фронты гражданской войны. С этого времени все задачи Советской власти вытесняются задачей обороны. Выступление чехословацкого легиона и других союзных войск привело к формированию и укреплению многочисленных антибольшевистских правительств: Комитета членов Учредительного собрания (Комуча), Уральского временного правительства, Сибирского правительства и других. Как правило, такие режимы формировались с опорой на штыки интервентов, хотя в ряде случаев они возникали в результате широких антибольшевистских восстаний, как это было в августе 1918 г. в Ижевске. В большинстве случаев у руля антибольшевистских правительств оказывались местные меньшевики и эсеры. Поэтому данный период гражданской войны историки вслед за бывшим министром в правительстве Самарского комуча меньшевиком В. Майским называют периодом «демократической контрреволюции».

Закрепившись на востоке страны, войска Комуча и белочехи продвигались к Москве и на север, где надеялись соединиться с англичанами. Одновременно с этим в ряде городов вспыхивают антисоветские восстания. В Ярославле 6 июля происходит выступление Союза защиты Родины и Свободы во главе с Савинковым. Особую опасность для большевиков представлял мятеж левого эсера М. А. Муравьева. Он командовал войсками Советской республики, направленными на борьбу с чехословацким корпусом. Но, прибыв 10 июля в Симбирск, Муравьев производит аресты среди советских работников и объявляет, что отныне его целью является открытие русского фронта против Германии. Хотя мятеж Муравьева был быстро ликвидирован, советские части под Симбирском оказались серьезно ослаблены и 22 июля город был занят наступавшими силами Комуча.

Летом территория Советской России сжалась до границ средневековой Московии. Это заставило Советское правительство резко активизировать усилия по строительству Красной Армии. Уже в мае начались массовые рабочие призывы и принудительные мобилизации резервистов. К осени 1918 г. РККА насчитывала уже полмиллиона человек, а к концу гражданской войны – около 5,5 млн человек. После покушения 30 августа 1918 г. на Ленина 6 сентября 1918 г. создается Революционный военный совет республики (РВС). Впоследствии, 30 ноября, образуется Совет рабочей и крестьянской обороны, ставший, по существу, высшим чрезвычайным органом власти по вопросам обороны и организации тыла. Усилия большевиков не пропали даром, и уже осенью 1918 г. РККА очистила от контрреволюционных войск Поволжье и Урал. Тогда же благоприятная обстановка складывается и на Западном фронте, что связано с поражением Германии и выходом России из условий Брестского договора. Красными частями были заняты Псков и Нарва, освобождены значительные районы Белоруссии. Создаются Литовско-Белорусская, Латвийская и Эстляндская советские республики. Успешно действуют советские войска и на Украине. В январе 1919 г. был освобожден Харьков, в феврале – Киев, в апреле – Одесса, откуда в срочном порядке пришлось удалиться французскому флоту. В мае 1919 г. Красная армия освобождает Дон.

Вместе с тем достигнутые в конце 1918 – начале 1919 г. победы оказались временными. Весной 1919 г. положение Советской республики вновь осложнилось. Связано это было с наметившейся в конце 1918 г. консолидацией различных антибольшевистских сил. Еще 23 сентября 1918 г. на съезде представителей соперничавших друг с другом антибольшевистских правительств в Уфе было сформировано коалиционное всероссийское правительство – Уфимская директория. В дальнейшем на смену Уфимской директории приходит прямая военная диктатура адмирала А. В. Колчака. В ночь на 18 ноября при поддержке союзников, офицерства и казачества он свергает режим Директории. Вскоре Колчак будет провозглашен Верховным правителем России. Создаются все необходимые предпосылки для нанесения по большевикам комбинированного удара со стороны белых армий. Реализация планов комбинированного удара была намечена на 1919 г. В начале 1919 г. войска Колчака начинают быстрое продвижение к Волге. На юге в апреле 1919 г. генерал А. И. Деникин предпринимает наступление сразу в трех направлениях: на Царицин, Воронеж и Харьков. Летом 1919 г. войска Деникина занимают всю Украину, а осенью начинается поход на Москву. На северо-западе армия, которой сперва командовал генерал А. П. Родзянко, а затем Н. Н. Юденич, выдвигается на Петроград. Дважды, в мае и октябре 1919 г., белые вплотную подступали к городу.

Положение большевиков становится столь критическим, что на самом верху всерьез начинают рассматриваться варианты перехода виднейших лидеров режима на нелегальное положение. Только осенью 1919 г. Колчаковский фронт был прорван в районе Бугульмы. Значительные его силы оказались окружены и уничтожены. В ноябре пала столица Колчака Омск. Колчак вынужден был сложить с себя пост Верховного правителя России. Большую роль в освобождении Сибири сыграли крестьянские партизанские отряды, действовавшие в тылу белых армий. В октябре 1919 г. под Воронежем и Орлом были разгромлены войска Деникина. Деникинская армия стремительно покатилась на юг. Юденич, разбитый у Пулковских высот под Петроградом, скрылся в Эстонии. Генерал Е. К. Миллер, потеряв поддержку англичан, не смог противостоять большевикам на севере России. Огромная территория от Байкала до Крыма была возвращена под контроль Советской власти. В советской историографии 1919 год часто назывался годом решающих побед Красной Армии.