На последнем заседании первой сессии 9 декабря соборяне подвели промежуточные итоги работы и заслушали краткие отчеты о работе отделов Собора. После благодарственного молебна все оставшиеся члены Собора разъехались по домам, чтобы собраться уже в новом, 1918 году.

К святкам 1918 года, во время перерыва Собора, архимандрит Вениамин прибыл в Крым. Еще 18 ноября 1917 года на педагогическом собрании Таврической духовной семинарии было принято решение о прекращении занятий до 5 февраля 1918 года. Но и здесь для архимандрита Вениамина нашлось дело. Он был избран делегатом на Всеукраинский Собор от Крыма по трем куриям в качестве представителя духовно-учебных заведений, монастырей и как заместитель епархиального архиерея и вскоре направился для участия в первой сессии Собора в Киев.

С ходом революции на Украине усилилось национальное движение. После захвата власти большевиками в Петербурге и Москве 7 ноября 1917 года здесь была провозглашена Украинская народная республика и на повестку дня были вынесены идеи церковной автокефалии. В числе важнейших вопросов церковной жизни Украины назывался вопрос об отношении к новоизбранному Патриарху Тихону и, в частности, выдвигалось даже требование запретить его церковное поминовение на Украине.

В конце декабря 1917 – начале января 1918 года в украинских епархиях прошли выборы делегатов на Собор. Они были двухстепенными: по селам и потом лишь по уездным городам. «Благодаря этому, – пишет владыка, – не смогли процедить «селяков» и заменить их интеллигентами (как это случилось с Московским Собором при трехстепенных выборах). И Киев наполнился делегатами от земли, «дядьками», как обычно называли приятельски украинцев крестьян. Это придало удивительно народный, «мужицкий» характер Украинскому Собору и, можно сказать, спасло все дело…»

Ввиду поспешности, с которой был организован Всеукраинский Собор, его программа не была разработана и вопросы формулировались в ходе заседаний. В отличие от Всероссийского Собора, Всеукраинский, по выражению архимандрита Вениамина, был «делом не церковной нужды, а политической игрой». Несмотря на это, он стал одним из самых активных участников этого Собора и последовательно отстаивал позицию канонической целостности Украинской Церкви. Архимандрит Вениамин открыто выступил против церковного сепаратизма, находившего поддержку у Церковной Рады, организованной в конце ноября на Киевском епархиальном съезде. «Да у них и цель-то была не церковная, а исключительно политическо-национальная, притом шовинистическая, крайняя. “Прочь от Москвы!” И как можно дальше! – добавляет он. – Для них не существовало истории, не было кровного братства. Не говорю уже о вере, о Церкви. Была только шумная, бешеная вражда против великороссов, “москалив”».

Впоследствии владыка Вениамин вспоминал, что наступление большевиков способствовало тому, что попытки добиться на Соборе принятия решения об автокефалии Украинской Церкви так и не увенчались успехом. 23 января 1918 года, когда войска большевиков подошли к Киеву, Всеукраинский Собор завершал свою первую сессию. В итоге было решено обсудить вопрос о целесообразности украинизации и автокефалии Церкви на епархиальных съездах в период с января по май 1918 года.

13 февраля митрополит Харьковский и Ахтырский Антоний (Храповицкий) доложил Всероссийскому Поместному Собору о работе первой сессии Собора на Украине и об убиении митрополита Владимира (Богоявленского), дав Всеукраинскому Собору резко негативную характеристику. Вскоре из Киева в Москву прибыли и другие члены Всероссийского Собора, которые принимали участие в первой сессии Всеукраинского Собора. В пятницу, 2 марта 1918 года, в актовом зале Московской духовной семинарии архимандрит Вениамин и протоиерей Константин Аггеев сделали особые доклады о событиях на Украине для делегатов Поместного Собора. Краткое содержание этих докладов было тогда же опубликовано в Прибавлении к «Церковным ведомостям».

Главная мысль архимандрита Вениамина заключалась в том, что Всеукраинский Собор был глубоко политизирован и политические события чрезвычайно сильно отражались на настроении его участников. Если в начале Собора нельзя было ничего сказать против автокефалии Украинской Церкви, то с наступлением на Киев большевиков общее настроение поменялось и попытки добиться на Соборе принятия решения об автокефалии Украинской Церкви так и не увенчались успехом. Главное же было в том, что избранный Всероссийский Патриарх в глазах участников Всеукраинского Собора имел гораздо больший авторитет, чем сам Всероссийский Собор. Архимандрит Вениамин был убежден, что на разрыв с Патриархом не пошли бы даже украинофилы.

Тем временем, большевики взяли власть и в Крыму. 15 февраля 1918 года, в отсутствии ректора Таврической духовной семинарии, педсовет семинарии, согласно декрету № 2 Комиссариата народного просвещения Симферополя, учредил педагогический комитет Таврической духовной семинарии. А 6 марта 1918 года на заседании комитета было заслушано Постановление Комиссариата о закрытии духовной семинарии и духовных училищ. Впрочем, Комиссариат удовлетворил просьбу совета о возможности завершить учебный год при условии изъятия из курса богословских наук. 22 апреля 1918 года Симферополь был занят германскими войсками. Все постановления большевиков были отменены, и ректором семинарии вновь был назначен архимандрит Вениамин.

В конце июня – начале июля 1918 года проходила вторая сессия Всеукраинского Собора. Здесь бывшие члены Церковной рады попытались изгнать архимандрита Вениамина с Собора, так как считали его одним из наиболее опасных противников автокефалии. Они оспорили мандат архимандрита как представителя архиепископа Таврического Димитрия (Абашидзе). Однако большинством голосов его полномочия были признаны действительными. Более того, члены Собора усомнились в законности полномочий делегатов от нецерковных учреждений, по большей части приверженцев Церковной рады. В результате, мандаты значительной группы сторонников автокефалии были аннулированы. После этого работа пошла слаженнее. Был разработан проект об «автономии» церковного управления на Украине со своим Синодом, со своими Соборами, но с подчинением Всероссийскому Патриарху. Большинство соборян проголосовало «за» Патриарха, а не за «самостийную» автокефальную украинскую церковь. «И этому можно было радоваться не только с церковной стороны, – вспоминает владыка, – но и с политико-социальной. Так дело, начатое шесть месяцев тому назад, с явной разрушительно-разделительной целью, кончается блестящим единством! Какое чудо истории!»

Вызвали архимандрита Вениамина и на третью, осеннюю сессию Всеукраинского Собора. Здесь он возглавил монастырскую комиссию. Однако недоумевал, зачем нужно было в столь сложных политических условиях проводить еще одну сессию. Впоследствии он вспоминал: «Вдруг в ноябре нас зовут на третью сессию. Я теперь уже не помню, какой именно был исключительный повод, чтобы собирать нас в третий раз в такое трудное время. Неужели мы не все кончили в июне-июле? Или тут были снова свои политические мотивы?» А время наступало действительно трудное. Уже зимой 1918 года в Москве и Петрограде чувствовался голод, налицо была разруха по всей бывшей Российской империи.

Вторая сессия заседаний Поместного Собора проходила с 20 января по 7 (20) апреля 1918 года. К этому времени стало ясно, что большевики в своей деятельности последовательно придерживаются антицерковной политики. Перед самым началом заседаний, 19 января (ст. ст.), Святейший Патриарх Тихон издал Воззвание, в котором грозно обличал гонителей Церкви: «…гонения воздвигли на истину Христову явные и тайные враги сей истины и стремятся к тому, чтобы погубить дело Христово и вместо любви христианской всюду сеять семена злобы, ненависти и братоубийственной брани». Воззвание обращалось к верным: «Заклинаем и всех вас, верных чад Православной Церкви Христовой, не вступать с таковыми извергами рода человеческого в какое-либо общение». Это Воззвание имело своей целью призвать православных к защите Церкви, но не призывать их к борьбе с большевиками, как позже хотели это представить последние. Воззвание или послание Патриарха Тихона «Об анафематствовании творящих беззаконие и гонителей веры и Церкви Православной» было намеренно опубликовано до начала заседаний Собора, чтобы уберечь его от возможных репрессивных мер со стороны новой власти.