Подводя на тот момент итог своей жизни, он продолжал: «25 лет прошло уже с тех пор, как мы с матерью шли босиком справляться об экзаменах. Как скоро пролетело это время учения! В целом я учился 21 год! Сколько небывалых штормов пронеслось за эту четверть века… Не верится! И куда унеслась та патриархальная пора детства?! Точно был счастливый детский золотой сон! А уж не воротиться ему никогда: минувшее минуло. Грядет что-то новое… Что-то будет… Неясно впереди».

Впереди его ждали тяжелые испытания периода гражданской войны в Крыму и долгие годы изгнания за пределами своей Родины.

Архиепископ Таврический и Симферопольский Димитрий (Абашидзе) весной 1918 года во время оккупации Крыма германскими войсками обратился к своей пастве со следующими словами: «Мы не касаемся новой власти. Не наше дело входить в рассуждение о власти земной. Власть всякая должна устанавливаться народом, и мы одинаково обязаны признавать ее и молиться за нее, как за добрую власть, так и за злую. За первую – благодарить Господа, ибо она является благословением Божиим народу, а злую считать попущением Промыслителя за наши грехи».

Напомним, что архиепископ Димитрий управлял Таврической епархией с 1912 года, сменив на кафедре духовного наставника владыки Вениамина – епископа Феофана (Быстрова). В 1921 году архиепископ Димитрий уйдет на покой. В 1923-м его арестуют и вышлют из Крыма. Старец обоснуется в Киеве, где примет схиму и будет совершать тайные богослужения и рукоположения священнослужителей. После оккупации немцами Киева в 1941 году схиархиепископ Димитрий поселится в Киево-Печерской лавре и там мирно отойдет ко Господу. Уже в начале XXI века он будет причислен к лику местночтимых святых Киевской епархии.

Замечательные люди окружали владыку Вениамина на протяжении всей его жизни. Он так же не раз проповедовал, что спасаться во Христе можно при любой власти. А власть в Крыму в тот период переходила из рук в руки довольно часто. Расправы матросов с офицерским составом Черноморского флота сменились господством оккупационной германской администрации, под защитой которой с полуострова вывозилось имущество и продовольствие. После поражения немцев в войне на смену первому краевому правительству пришло второе. А в ноябре 1918 года к Севастополю подошла эскадра Антанты, состоящая из английских, французских, греческих и итальянских судов. Но и это еще не было финалом сложных перипетий гражданской войны.

Назначение епископа Вениамина в феврале 1919 года на Севастопольскую кафедру привело к значительному оживлению религиозной жизни в городе. Владыка почти ежедневно совершал богослужения в городских храмах, произносил вдохновенные проповеди с церковного амвона, организовывал крестные ходы. При поддержке нового епископа стали активнее действовать братства и сестричества. Более того, они были созданы теперь во всех храмах викариатства. По инициативе владыки в ряде приходов Севастополя стали создаваться детские религиозные организации. Все это привлекало внимание к личности молодого архипастыря, и вскоре он приобрел всеобщую любовь своей паствы.

В апреле 1919 года Крым вновь был занят большевиками. Летом 1919 года епископ Вениамин был арестован. Поводом к аресту послужил донос. По неосторожности он сказал двум незнакомым женщинам, что «большевики скоро уйдут» и тут же понял свою ошибку. С волнением он стал ожидать ареста. Через несколько дней рано утром к нему постучались. «И странно, – вспоминает владыка, – когда уж меня пришли арестовывать, пропали всякий страх и тоска».

При обыске Херсонесского монастыря, где епископ был настоятелем, компрометирующих материалов на него найдено не было, кроме одной фотографии, на которой был изображен его давний выпускник семинарии теперь уже в чине царского офицера. Власти заподозрили неладное и фотографию приняли за главную улику контрреволюционной деятельности святителя. Заинтересовались епископом Вениамином не столько из-за провокации подосланных женщин, сколько по подозрению в укрывательстве белых. Фотография царского офицера должна была это подтверждать. Вместе с владыкой арестовали и других начальствующих монахов из Инкерманского и Георгиевского монастырей.

После ареста его провели под конвоем через город и поместили вместе с другими заключенными в подвал ЧК (Чрезвычайной комиссии по борьбе с контрреволюцией, спекуляцией, саботажем и преступлениями по должности). По воспоминаниям владыки, примерно 27 человек сидели и спали на полу. В камере было душно, и спасало только маленькое окошко сверху, которое держали открытым день и ночь. «Весь город уже узнал о моем аресте от тех случайных прохожих, которые видели меня еще рано утром: “Архиерея арестовали!” – вспоминает митрополит Вениамин. – Это вызвало в массе народа сильное чувство неожиданного и большого события. А, слава Богу, простой народ везде (и доселе благодарю Бога!) относился ко мне с любовью, тем более сочувствовал он мне теперь в аресте, за которым часто стояла другая опасность…» А именно – расстрел.

В тот же день владыку вывели под охраной на крыльцо здания, где расположилась «чрезвычайка». Перед зданием собралось большое количество народа, больше женщины, с требованием освободить епископа. Власти требовали от владыки успокоить толпу. Но его слова потонули в шуме и тогда арестованного вернули назад в арестантскую комнату. Тем временем народ не утихал. В городе объявили военное положение: разместили пулеметы и стали грозить открыть огонь по толпе. Только после этого люди разошлись.

В течении восьми дней владыка Вениамин содержался в отделении местной ЧК. «Мебели было – всего одна мягкая кушетка, – вспоминает он. – Сидели и спали мы на полу. Вши ползали по нам, как и везде в подобных местах. Кушетку арестованные предоставили мне, как знак почитания старшего по чину. Но я спал и на голом полу: мне казалось, там чище и меньше насекомых, чем на кушетке». Вместе с заключенными монахами в камере организовали ежедневные утренние и вечерние богослужения. Начальство два дня «дозволяло» эти службы, но из-за привлечения внимания к молитвенному пению, доносящегося через каменную стену ну улицу, разрешило было молиться только тихо и без пения. В остальном заключение проходило в беседах, знакомстве с новой обстановками и заключенными, и ожидании своей дальнейшей судьбы. Наконец, вызвали в низкую просторную комнату на суд. Пятерых монахов и епископа Вениамина судили пять человек следователей, записывая с каждого показания. И после небольшой беседы отправили назад в камеру. Вечером их выпустили. Формально «на поруки» одного священника.

Вскоре советская власть оставила Крым. На полуостров вошли части Добровольческой армии генерала Деникина. После этого двое сотрудников ЧК, в том числе сотрудник, проводивший допрос владыки, были арестованы и приговорены к смертной казни. Получив от своих бывших гонителей письмо с просьбой о заступничестве, епископ Вениамин сумел добиться у коменданта Севастополя отмены смертного приговора. В дальнейшем он также неоднократно будет обращаться с просьбами о помиловании к генералу Деникину, а затем и к генералу Врангелю, пока тот не издаст специальный указ, запрещающий подобные обращения к главнокомандующему. А в шутку будет говорить: «У меня два главных врага: это жена и владыка».

Взаимоотношения новой власти с Церковью в то время были довольно тесными и неоднозначными. Еще в мае 1919 года в Ставрополе Кавказском с одобрения и поддержки Антона Ивановича Деникина прошел Юго-Восточный Русский Церковный Собор, целью которого было упорядочить церковную жизнь на территориях, занятых Добровольческой армией. Член Поместного Собора 1917–1919 гг. князь Григорий Николаевич Трубецкой так вспоминал о нем: «Собор производил гораздо больше впечатление делового съезда, чем Собора. Выборы в него были произведены наспех, не от епархий, а от епархиальных советов, куда попали хозяйственные батюшки; меня поражала та плоскость серого обыденного утилитаризма, в которой вращались все их рассуждения, – никакого духовного подъема не замечалось». На Соборе, однако, делегаты решили главную задачу – создание Временного высшего церковного управления (ВВЦУ) на Юге России.