26 марта (8 апреля) Соборный Совет постановил напечатать доклад в новой редакции вместе с отдельным мнением и включить в повестку Собора. Обсуждение доклада на общем заседании состоялось через неделю с 2 (15) по 6 (19) апреля. Собор постановил, во-первых, «оставить духовные семинарии и училища в существующем виде с необходимыми улучшениями» и во-вторых согласился с тем, что наряду с семинариями могут быть учреждаемы пастырские училища по соображениям всех местных условий».

Впоследствии митрополит Вениамин вспоминал об этом: «Открылся Московский Церковный собор. И там, между прочим, был прямо поставлен вопрос о закрытии семинарий и создании специальных пастырских училищ. Собор остановился на компромиссе, сохранять прежнее и строить новые школы. Но развитие революции закрыло и то, и другое. Таков был путь Промысла Божия. И я думаю, что оно было своевременно. Требовалось изменение подготовки пастырей. Подобным образом и духовные академии давали лишь около 10 процентов в духовенство. И они были закрыты. За границей уже стали открывать училища со специальным пастырским назначением и духом. На родине же нашей за это время стали подбирать духовенство не по образовательному цензу, по нравственно-индивидуальному. Это исконный и лучший путь. Но Церковь в свое время хотела бы воссоздать и школы, но с иным духом и строем. Этого мы ждем. Старые школы не умели воспитывать нас».

Тогда же, на Соборе, архимандрит Вениамин выступил по этому вопросу со своим «Отдельным мнением», предположительно составленным около 23 марта (5 апреля). Этот документ не был напечатан в приложении к докладу и остался лежать в архиве. В этом документе он прорабатывал вопросы поступления в семинарию, внутренний распорядок, расписание, размещение в епархиальных зданиях и источник финансирования. В программу архимандрит Вениамин включал не только широкий круг богословских дисциплин, но и некоторые общеобразовательные предметы. Например, предполагалось изучение современного гражданского законодательства. Но всему этому в ближайшее время не суждено было сбыться. Хотя проект новой духовной школы все же был, отчасти, воплощен в жизнь в 20-х годах XX века настоятелем Даниловского монастыря архиепископом Феодором (Поздеевским) в виде богословских курсов, которые просуществовали, однако, недолго.

Всю зиму, лето и осень 1918 года архимандрит Вениамин провел в разъездах по осколкам бывшей Российской империи. Он вспоминал: «…революция покатилась дальше по провинциям: по городам и селам. Прокатился по стране и я, точно для того, чтобы посмотреть для памяти: где что творилось тогда?.. Москва, Тверь, Владимир, Тамбов, Смоленск, Орша, Могилев, Киев, Полтава, Кременчуг, Херсон, Севастополь, Симферополь прошли перед моим взором за эти полгода». Побывал он последний раз и на своей малой Родине. Приехал домой к празднику Пасхи. «Доехал я до Кирсанова… – пишет владыка. – “Мой” город… Крестный отец, бывший управляющий имением, из которого был удален мой отец лет уже тридцать тому назад, М.А. Заверячев, был в то время уже в городе. <…> Имения все были заняты крестьянами; он должен был скрыться в городе со своей женой. <…> С вокзала я и зашел к ним. Был вечер. Мне и себе они сварили уху из большущей рыбы и подали вкусного свежего ржаного хлеба. Боже, какая сладость после Москвы-то! Съел я один ломоть и стыжусь спросить: а можно ли другой? Все же осмелился, спросил. Конечно, можно! Ну, уж я и наелся! Утром я был дома в селе Чутановка. Там тоже хлеба вдоволь». Однако недолго оставалось быть тамбовщине сытой хлебами. Вскоре сюда пришла продразверстка, а затем и антоновское восстание, которое огнем и кровью прошло по этой земле, расколов ее пополам.

Навестив в последний раз своих родителей, архимандрит Вениамин навсегда покидал родные края. «Я после Пасхи вынужден был уезжать к себе в семинарию, в Крым, – вспоминает он, – и последних дней Собора не видел. Кажется, они были бледны: членов было уже немного. Революционная междоусобная борьба разгоралась все сильнее, лучше было разъезжаться по домам и там ждать развития сложных политических событий».

В сентябре Собор был распущен и все его материалы изъяты, а место его заседания – Московский епархиальный дом – было реквизировано.

Подводя итог Собору, можно вновь привести слова самого владыки Вениамина, который писал, что «вне всякого сомнения, Собор имел чрезвычайно важное значение для Русской Церкви, поставив ее на собственные ноги во внутренней жизни и дав ей четкую организацию, начиная Патриархом и кончая простыми женщинами, членами приходских советов».

Сам архимандрит Вениамин оказался на Соборе весьма заметной фигурой, нередко заявлял об особом мнении по тем или иным вопросам, не боясь пойти против большинства. Каждое свое высказывание он сверял не с сиюминутными желаниями общественного настроения и политическим моментом, а со Словом Божиим и церковными канонами: «Святые отцы говорили, что грех мысли гораздо тяжелее всех остальных грехов. Если же я, как член Собора, проведу какую-нибудь мысль, которая повредит Церкви, то Господь с меня гораздо строже взыщет, чем за другой мой личный грех», – напоминал он на Соборе себе и другим.

Вплоть до созыва очередного Поместного Собора, Собор 1917–1918 гг. наделил всех своих членов полномочиями соборян. Однако собраться новому Собору, который был запланирован на 1921 год, было уже не суждено. Высший Церковный Совет, сформированный на Соборе, просуществовал недолго. Уже в 1921 году, в связи с истечением трехлетнего межсоборного срока, прекратились полномочия избранных на Соборе членов Синода и Высшего Церковного Совета, и новый состав этих органов был определен единоличным Указом Патриарха в 1923 году. Указом Патриарха Тихона от 18 июля 1924 года Синод и Высший Церковный Совет были распущены. В условиях жесточайших гонений на Церковь о нормальном существовании церковного управления уже нельзя было говорить.

По воспоминаниям владыки, еще на Киевском Всеукраинском Соборе среди архиереев возникла мысль возвести его в сан епископа Севастопольского. 9 февраля 1919 года в Покровском соборе Севастополя состоялось его наречение. Оно было совершено после Литургии Одесским митрополитом Платоном (Рождественским), Таврическим архиепископом Димитрием (Абашидзе) и рядом других епископов, находившихся в это время в Крыму накануне своего отъезда в Ставрополь, в ставку Деникина, для организации Собора духовенства юго-востока России. 10 февраля 1919 года, согласно решению Священного Синода Украинской Автономной Церкви, действовавшего тогда под председательством митрополита Платона (Рождественского), и с разрешения Патриарха Тихона, архимандрит Вениамин был хиротонисан во епископа Севастопольского, викария Таврической епархии, и определен на должность настоятеля Херсонесского монастыря в Севастополе. Хиротонию в том же Покровском соборе Севастополя возглавил святитель Димитрий (Абашидзе) в сослужении других иерархов.

Новопоставленному епископу Вениамину шел 39-й год. Жизнь, как и эпоха, поделилась для него теперь на «до» и «после». «Между прочим, – вспоминал он, – на Литургии, во время самого момента хиротонии (после “Святый Боже”), в моей мысли пронеслись слова: “Отныне ты должен отдать, если потребуется, и жизнь за Меня”, – как бы голос Господа Иисуса Христа».

По чину архиерейской хиротонии старший рукополагавший архиерей владыка Димитрий вручил епископу Вениамину архипастырский жезл и напутствовал следующими словами: «Ты ныне причислен к лику вселенских святителей: Василия Великого, Григория Богослова и Иоанна Златоуста. Ты принял апостольское служение. И вот тебе завещание: не бойся говорить правду, пред кем бы то ни было, хотя бы то был и сам Патриарх или другие высокие в мире люди». Позже владыка Вениамин написал: «Я считаю наставления новопоставленным архиереям голосом от Самого Бога и запомнил святительское слово моего архиепископа (которого любил и люблю) на всю жизнь. По мере сил я выполнял эти слова».