В сентябре 1917 года постановлением преподавательской корпорации Таврической духовной семинарии и по благословению архиепископа Таврического Димитрия (Абашидзе) архимандрит Вениамин повторно занял пост ректора этой семинарии (до 1919 года). А 6 октября 1917 года, уже как член Поместного Собора Православной Российской Церкви, он пишет на имя митрополита Московского Тихона (Беллавина) прошение «отправиться в г. Симферополь, чтобы вступить в определение должности». Вскоре, 10 октября, он посылает из Симферополя телеграмму с ходатайством о продлении отпуска еще на неделю по «обстоятельствам семинарии».

В «Тверских епархиальных ведомостях» в это время сообщалось: «Ректор семинарии архим[андрит] Вениамин покидает тверскую семинарию; он, возвращается на место прежнего своего служения – ректора Таврической духовной семинарии, согласно избранию учительской корпорации последней. Оставить Тверь о. ректора побудило нездоровье и неподходящий для него тверской климат. Тверская паства очень сожалеет об уходе уважаемого о. архимандрита Вениамина. Она любила его, как хорошего и неутомимого проповедника слова Божия, как инициатора и душу местных религиозно-просветительских и благотворительных обществ. Тверякам хорошо известно, с какой любовью и интересом посещались всегда и духовными, и светскими лицами беседы основанного о. ректором религиозно-философского кружка».

Тверской период служения архимандрита Вениамина подошел к концу, он снова возвращался в Крым, где ему было суждено много потрудиться и где, согласно давнему чаянию архиепископа Димитрия (Абашидзе), он будет возведен в святительский сан, а впоследствии и возглавит духовенство армии и флота вооруженных сил Юга России.

Служение в Твери пришлось на трудное военное и предреволюционное время. За этот период на Тверской кафедре сменилось два архиерея. Из Тверской семинарии была выделена Кашинская духовная семинария. Произошла смена гражданской власти. Все эти волнения внешнего мира не поколебали будущего святителя, твердо стоявшего на камне веры. Характеристики, данные архимандриту Вениамину разными лицами, не были простыми дежурными фразами. Они действительно отражали подлинный дух его служения на ниве Божьей, результатом которого стало его избрание от нижних чинов Тверской епархии на Поместный Собор Российской Православной Церкви 1917–1918 гг.

Священный Собор Российской Православной Церкви 1917–1918 гг. известен, прежде всего, восстановлением Патриаршества и устроением церковной жизни в новых, изменившихся в ходе революции, условиях. Член Собора митрополит Вениамин (Федченков) писал, что «вне всякого сомнения, Собор имел чрезвычайно важное значение для Русской Церкви, поставив ее на собственные ноги во внутренней жизни и дав ей четкую организацию, начиная Патриархом и кончая простыми женщинами, членами приходских советов».

Весной 1917 года, лишившись «тесного» покровительства в лице монархической власти, Русская Православная Церковь приступила к активной подготовке созыва Собора. Выработкой материалов к нему занялся Предсоборный совет. Он работал в Петрограде с 12 июня по 1 августа 1917 года и подготовил для будущего Собора целый пакет законопроектов. Все они должны были по принятии их Собором составить новую нормативно-правовую базу существования Русской Церкви.

В конце июля – начале августа 1917 года по всей России состоялись выборы делегатов на Собор. Выборы были трехступенчатыми: 23 июля в приходах избирались выборщики, 30 июля выборщики на собраниях в благочиннических округах избирали членов епархиальных избирательных собраний, а 8 августа епархиальные собрания выбирали делегатов на Собор.

Кандидатура ректора Тверской духовной семинарии архимандрита Вениамина была выставлена на голосование в общем епархиальном собрании Тверской епархии низшими клириками и набрала наибольшее количество голосов. В самом факте избрания его на Собор «от дьячков» можно было увидеть отголоски той «церковной революции», которая летом 1917 года коснулась Тверской епархии и выражалась, в частности, в удалении правящего архиепископа Серафима (Чичагова) от управления епархией. Сам архимандрит Вениамин эти события не застал. Еще 15 апреля 1917 года, ввиду обострившейся болезни туберкулеза, он взял отпуск и уехал на излечение в Севастопольский Георгиевский мужской монастырь. Позже он продлил свой отпуск до 5 августа, проведя, таким образом, в Крыму все лето.

Возможно, сословная близость и сыграла здесь решающую роль. Знали или нет выборщики о крестьянском происхождении архимандрита, уже не столь важно. По словам владыки, они понимали, что он желает защищать не чьи-то сословные интересы (священников, монашествующих или псаломщиков), а веру, Церковь и Родину. То, что почувствовали простые дьячки и псаломщики, поверив в молодого архимандрита-ректора, являло собой глубокую и искреннюю веру простого народа, которой обладал молодой архимандрит. Сам он писал: «Я лично всегда верил в “мужиков”, в их здравый смысл, который в конце концов поправит дело. И особенно верил в сметку великодержавного великорусского племени. Не буду вдаваться в подробности и причины этой особенности народа, но скажу: помимо иных естественных причин и его целины, здесь немалое значение имело и здоровое Православие, – в отличие от искусственного католицизма, и от сентиментального протестантизма, и ублюдочного однобокого сектантского рационализма…» Простая вера и глубокие богословские познания, как нельзя лучше подходили для делегата в Москву. Поэтому лучшего защитника Православия на Соборе, чем архимандрит Вениамин, тверские дьяконы и псаломщики найти не могли. «На всем Московском Соборе, – продолжает архимандрит Вениамин, – кажется, еще одно духовное лицо прошло подобным образом – архимандрит, настоятель монастыря Костромской епархии. Прекрасная душа! Другие члены из низшего клира были, в общем, хорошие люди, совсем не социал-дьячки».

Священный Собор Православной Российской Церкви был открыт 15 августа 1917 года торжественным богослужением в Успенском соборе Кремля. На него съехались представители всех епархий, прибыли люди различных сословий, состояний и возрастов. Всех их объединяло одно – дело великого церковного строительства и забота о будущем России. В состав Собора входили 564 члена, в том числе 227 – от иерархии и духовенства, 299 – от мирян. Невиданное доселе дело.

О первом торжественном богослужении владыка Вениамин вспоминает так: «Я стоял на левом клиросе среди других духовных. Рядом с нами было царское место – красивый резной золоченый балдахин. А в другой стороне, около правого клироса, было патриаршее место, более простое, даже архитектурно аскетическое, старинное, древнее. И оно было пустым 217 лет. Но все же стояло, дожидаясь своего времени».

В последующие дни соборные заседания проходили в отремонтированном Московском епархиальном доме в Лиховом переулке, а также в духовной семинарии и синодальном училище. Общие заседания Собора велись в церковном зале в епархиальном доме в первую половину дня. «Впереди были возвышенные места для президиума и архиереев, сидевших лицом к Собору, [состоящему] из духовенства и мирян, – вспоминает владыка. – Сзади епископов – алтарь. Все мы находились как бы перед лицом Самого Бога». Заседания по различным отделам проходили во второй половине дня. В отделы предварительно записывались соборяне для обсуждения и выработки конкретных законоположений по тем или иным церковным вопросам: административным, епархиальным, приходским, учебным, богослужебным, экономическим и т. д. Далее законопроекты должны были поступать для обсуждения и принятия на общем заседании Собора.

На тот момент ректор Тверской духовной семинарии, а с сентября 1917 года избранный и утвержденный ректор Таврической семинарии, архимандрит Вениамин принимал самое активное участие в работе соборных отделов о Высшем церковном управлении, о церковной дисциплине, о проповедничестве, богослужении и храме, о епархиальном управлении, о монастырях и монашестве, о духовных академиях и духовно-учебных заведениях, в уставном отделе. Он постоянно принимал участие в различных комиссиях, в подсчете голосов, неоднократно выступал на общих заседаниях Собора.